| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-31页 |
| 1 紫菜的生物学特性 | 第13-18页 |
| ·紫菜的分类 | 第13页 |
| ·紫菜的繁殖和生活史 | 第13-15页 |
| ·在自然苛刻环境下紫菜的生理特征 | 第15-17页 |
| ·紫菜的价值 | 第17-18页 |
| 2 藻类抗逆分子机制的研究进展 | 第18-28页 |
| ·藻类响应高温胁迫的分子机制 | 第18-20页 |
| ·藻类响应高光胁迫的分子机制 | 第20-21页 |
| ·藻类响应渗透压胁迫的分子机制 | 第21-27页 |
| ·在逆境胁迫下核基因与质体基因的协同表达 | 第27-28页 |
| 3 第二代测序技术及其在功能基因组研究中的应用 | 第28-29页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第29-31页 |
| 第二章 坛紫菜转录组测序及分析 | 第31-56页 |
| 1 材料 | 第31-32页 |
| ·样品来源 | 第31-32页 |
| ·主要试剂及配制方法 | 第32页 |
| 2 方法 | 第32-35页 |
| ·RNA 提取及质量检测 | 第32-34页 |
| ·文库的构建及测序 | 第34页 |
| ·测序数据的分析 | 第34-35页 |
| 3 结果 | 第35-51页 |
| ·实验样品 RNA 制备的质量检测 | 第35-37页 |
| ·测序数据质量情况汇总和转录本的拼接 | 第37-39页 |
| ·基因注释 | 第39-44页 |
| ·坛紫菜响应逆境胁迫的相关基因 | 第44-46页 |
| ·MAPK 信号途径相关基因 | 第46-50页 |
| ·细胞凋亡途径相关基因 | 第50-51页 |
| 4 讨论 | 第51-56页 |
| ·多种类型 MAPK 信号途径参与响应逆境胁迫 | 第51-52页 |
| ·坛紫菜响应失水胁迫的相关基因 | 第52-53页 |
| ·坛紫菜响应光胁迫相关基因 | 第53-54页 |
| ·抗氧化系统 | 第54页 |
| ·其他胁迫响应相关基因 | 第54-56页 |
| 第三章 坛紫菜失水/复水胁迫下表达谱（DGE）特征分析 | 第56-92页 |
| 1 材料 | 第56-57页 |
| ·样品来源 | 第56-57页 |
| ·主要试剂及配制方法 | 第57页 |
| 2 方法 | 第57-59页 |
| ·RNA 提取及质量检测 | 第57页 |
| ·文库的构建及测序 | 第57页 |
| ·测序数据的分析 | 第57-59页 |
| 3 结果 | 第59-87页 |
| ·实验样品 RNA 制备的质量检测 | 第59-60页 |
| ·测序数据的产出和表达谱 reads 的注释 | 第60-61页 |
| ·实验的可重复性 | 第61-63页 |
| ·不同处理组之间的差异表达基因分析 | 第63-64页 |
| ·MWL 组与 CON 组之间的基因表达比较 | 第64-79页 |
| ·SWL 组与 MWL 组之间的基因表达比较 | 第79-83页 |
| ·REH 组和 SWL 组的比较 | 第83-87页 |
| 4 讨论 | 第87-92页 |
| ·细胞凋亡相关基因在坛紫菜失水/复水胁迫周期中的耐受机制 | 第87-88页 |
| ·分子伴侣在坛紫菜失水/复水胁迫周期中的耐受机制 | 第88-89页 |
| ·抗氧化系统在坛紫菜失水/复水胁迫周期中的耐受机制 | 第89-90页 |
| ·坛紫菜新基序类型的 MAPK 可能响应不同外界胁迫因子 | 第90页 |
| ·坛紫菜早期光诱导蛋白在失水胁迫中的耐受机制 | 第90-92页 |
| 第四章 坛紫菜和条斑紫菜的质体基因组以及在响应失水胁迫中质体基因与核基因的协调表达 | 第92-110页 |
| 1 材料和方法 | 第92-94页 |
| ·藻体材料和 DNA 提取 | 第92页 |
| ·基因组测序、拼接、注释和分析 | 第92-94页 |
| ·系统发生分析 | 第94页 |
| 2 结果 | 第94-105页 |
| ·坛紫菜和条斑紫菜质体基因组的结构和基因内容 | 第94-96页 |
| ·坛紫菜、条斑紫菜和 P. purpurea 质体基因组的比较 | 第96-98页 |
| ·红色支系和绿色支系质体基因组的保守特性和变异性 | 第98-100页 |
| ·基于质体基因组的坛紫菜和条斑紫菜种系发生关系 | 第100-102页 |
| ·在失水胁迫下坛紫菜质体基因与核基因的协调表达 | 第102-105页 |
| 3 讨论 | 第105-110页 |
| ·Pyropia 质体基因组的特征 | 第105-106页 |
| ·条斑紫菜质体基因组数据的修正 | 第106页 |
| ·在红色支系中质体 DNA 的复制 | 第106-107页 |
| ·红藻质体基因组的进化 | 第107-108页 |
| ·坛紫菜在响应失水胁迫中质体基因与核基因的协调表达机制 | 第108-110页 |
| 第五章 结论及后续工作 | 第110-112页 |
| 1 结论 | 第110页 |
| 2 后续工作 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-130页 |
| 附录 | 第130-139页 |
| 学术成果 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
