基于Hi-C数据特征的染色体3D结构建模
目录 | 第1-5页 |
摘要 | 第5-6页 |
Abstract | 第6-7页 |
缩略语表 | 第7-8页 |
1 前言 | 第8-18页 |
·研究问题的由来 | 第8-10页 |
·文献综述 | 第10-16页 |
·3D基因组研究方法 | 第10-12页 |
·3D基因组结构剖析 | 第12-15页 |
·3D基因组建模方法 | 第15-16页 |
·研究目的 | 第16-18页 |
2 材料与方法 | 第18-32页 |
·数据来源 | 第18页 |
·数据预处理 | 第18-20页 |
·AutoChrom3D实现方法 | 第20-27页 |
·染色质粗粒化 | 第20页 |
·结构参数的确定 | 第20-21页 |
·数据评估和过滤 | 第21-22页 |
·交互强度的修正 | 第22-23页 |
·空间距离的转化与标准化 | 第23-27页 |
·3D染色质结构预测 | 第27页 |
·ENCODE数据处理 | 第27-29页 |
·选取的ENCODE数据介绍 | 第27-28页 |
·ENCODE数据处理与归一化 | 第28-29页 |
·建模区域的选择与比较 | 第29-32页 |
3 结果与分析 | 第32-46页 |
·测序深度对Hi-C数据的影响 | 第32-37页 |
·选择不同结构参数对染色质结构建模的影响 | 第37页 |
·AutoChrom3D流程总结 | 第37-39页 |
·建模结果的应用 | 第39-46页 |
4 结论 | 第46-48页 |
参考文献 | 第48-53页 |
附录 | 第53-54页 |
致谢 | 第54页 |