三种雀形目鸟类线粒体基因组测定及雀形目鸟类系统发生研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-19页 |
| 1 分子系统发生学 | 第11-12页 |
| 2 鸟类线粒体基因组特征 | 第12-13页 |
| 3 雀形目鸟类系统发生研究概况 | 第13-16页 |
| ·雀形目高级阶元分类概况 | 第13-14页 |
| ·雀形目分子系统学研究概况 | 第14-16页 |
| 4 研究物种简介 | 第16-17页 |
| ·中华攀雀简介 | 第16-17页 |
| ·银喉长尾山雀简介 | 第17页 |
| 5 研究的目的和意义 | 第17-19页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第19-33页 |
| 1 实验材料 | 第19-21页 |
| ·标本的采集、鉴定与保存 | 第19页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第19-21页 |
| 2 实验方法 | 第21-26页 |
| ·总DNA提取及检测 | 第21-23页 |
| ·PCR引物设计 | 第23-24页 |
| ·PCR扩增及纯化 | 第24-26页 |
| ·PCR产物测序 | 第26页 |
| 3 数据处理及结果分析 | 第26-28页 |
| ·序列拼接 | 第26-27页 |
| ·基因定位及注释 | 第27页 |
| ·基因组组成情况分析 | 第27页 |
| ·RNA二级结构预测 | 第27-28页 |
| ·控制区结构预测 | 第28页 |
| 4 系统发生分析 | 第28-33页 |
| ·数据来源 | 第28-30页 |
| ·序列处理 | 第30页 |
| ·序列组成和特征分析 | 第30页 |
| ·系统发生信号检测 | 第30-31页 |
| ·系统树模型检验及选择 | 第31-32页 |
| ·系统发生树构建 | 第32-33页 |
| 第三部分 实验结果 | 第33-37页 |
| 1 总DNA提取 | 第33页 |
| 2 L-PCR扩增及纯化结果 | 第33-34页 |
| 3 Sub-PCR扩增及纯化结果 | 第34-35页 |
| 4 序列的拼接 | 第35-37页 |
| 第四部分 3种雀形目鸟类全线粒体基因组组成与分析 | 第37-61页 |
| 1 中华攀雀全线粒体基因组组成与分析 | 第37-45页 |
| ·全基因组结构 | 第37页 |
| ·碱基组成 | 第37-40页 |
| ·蛋白编码基因及其密码子使用和氨基酸组成 | 第40-41页 |
| ·tRNA二级结构预测 | 第41-42页 |
| ·rRNA二级结构预测 | 第42页 |
| ·控制区 | 第42-45页 |
| 2 银喉长尾山雀长江亚种全线粒体基因组组成与分析 | 第45-53页 |
| ·全基因组结构 | 第45页 |
| ·碱基组成 | 第45-49页 |
| ·蛋白编码基因及其密码子使用和氨基酸组成 | 第49页 |
| ·tRNA二级结构预测 | 第49-50页 |
| ·rRNA二级结构预测 | 第50页 |
| ·控制区 | 第50-53页 |
| 3 银喉长尾山雀指名亚种全线粒体基因组组成与分析 | 第53-61页 |
| ·全基因组结构 | 第53页 |
| ·碱基组成 | 第53-57页 |
| ·蛋白编码基因及其密码子使用和氨基酸组成 | 第57页 |
| ·tRNA二级结构预测 | 第57-58页 |
| ·rRNA二级结构预测 | 第58页 |
| ·控制区 | 第58-61页 |
| 第五部分 雀形目鸟类线粒体基因组分析与讨论 | 第61-73页 |
| 1 基因组组成分析 | 第61-62页 |
| 2 基因组结构分析 | 第62页 |
| 3 基因组排列顺序分析 | 第62-65页 |
| 4 密码子使用情况分析 | 第65-66页 |
| 5 氨基酸组成分析 | 第66-67页 |
| 6 tRNA二级结构分析 | 第67页 |
| 7 rRNA二级结构分析 | 第67-70页 |
| ·SrRNA二级结构 | 第67-68页 |
| ·LrRNA二级结构 | 第68-70页 |
| 8 控制区序列与结构分析 | 第70-73页 |
| 第六部分 雀形目鸟类系统发生分析与讨论 | 第73-89页 |
| 1 序列组成和特征 | 第73-74页 |
| 2 序列遗传距离 | 第74页 |
| 3 数据集系统发生信号检测 | 第74-76页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第74-75页 |
| ·树长分布偏斜性检验和PTP检验 | 第75-76页 |
| 4 系统发生树构建结果 | 第76-82页 |
| ·最大似然法建树结果 | 第76-78页 |
| ·最大简约法建树结果 | 第78-80页 |
| ·贝叶斯法建树结果 | 第80-82页 |
| 5 系统发生关系分析与讨论 | 第82-89页 |
| ·科级以上系统发生关系 | 第82页 |
| ·科级系统发生关系 | 第82-84页 |
| ·科下系统发生关系 | 第84页 |
| ·雀形目鸟类的单系性 | 第84-85页 |
| ·两个数据集比较 | 第85-89页 |
| 总结 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-101页 |
| 致谢 | 第101-103页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第103页 |
