| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-21页 |
| ·研究背景 | 第14-16页 |
| ·蛋白质结构和功能关系研究 | 第16-18页 |
| ·系统发生分析 | 第18-19页 |
| ·本文工作及创新之处 | 第19-21页 |
| 第二章 基于二级结构元比对核方法预测蛋白质结构类 | 第21-37页 |
| ·基础知识及研究背景 | 第21-26页 |
| ·基础知识 | 第21-24页 |
| ·研究背景及动机 | 第24-26页 |
| ·数据集与方法 | 第26-33页 |
| ·数据集 | 第26-27页 |
| ·二级结构元比对核的构造 | 第27-28页 |
| ·支持向量机 | 第28-32页 |
| ·性能评估 | 第32-33页 |
| ·结果与讨论 | 第33-36页 |
| ·基准数据集上的预测性能 | 第33-34页 |
| ·与已有方法的比较 | 第34-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 基于递归定量分析和 Hilbert 黄变换预测凋亡蛋白的亚细胞位置 | 第37-58页 |
| ·基础知识及研究背景 | 第37-40页 |
| ·基础知识 | 第37-39页 |
| ·研究背景 | 第39-40页 |
| ·模型与方法 | 第40-52页 |
| ·氨基酸组分 | 第40-41页 |
| ·递归图和递归定量分析 | 第41-46页 |
| ·Hilbert-Huang变换 | 第46-50页 |
| ·特征选择方法 | 第50-51页 |
| ·支持向量机 | 第51-52页 |
| ·预测性能评估 | 第52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-57页 |
| ·数据集 | 第52页 |
| ·凋亡蛋白亚细胞位置定位 | 第52-56页 |
| ·与已有方法比较 | 第56-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 基于蛋白质一级结构和两阶段支持向量机方法的亚细胞核定位研究 | 第58-79页 |
| ·引言及研究背景 | 第58-60页 |
| ·方法与模型 | 第60-65页 |
| ·基于氨基酸分类的特征提取方法 | 第60-61页 |
| ·基于物理化学性质的特征提取方法 | 第61-65页 |
| ·结果与讨论 | 第65-78页 |
| ·数据集 | 第65-66页 |
| ·系统构造 | 第66-67页 |
| ·性能评估 | 第67-68页 |
| ·特征提取方法比较：网格搜索vs自动搜索 | 第68-69页 |
| ·与已有方法比较 | 第69-73页 |
| ·特征贡献分析 | 第73页 |
| ·和其它流行分类子的比较 | 第73-76页 |
| ·置换分析评价分类模型的可靠性 | 第76-78页 |
| ·本章小结 | 第78-79页 |
| 第五章 基于马尔科夫链模型和线粒体基因组的脊椎动物系统发生分析 | 第79-90页 |
| ·引言及研究动机 | 第79-80页 |
| ·数据和方法 | 第80-84页 |
| ·基因组数据集 | 第80页 |
| ·马尔科夫链模型模拟线粒体基因组的CGR | 第80-82页 |
| ·基于线粒体基因组的CGR和简单相关距离法的脊椎动物系统发生分析 | 第82-84页 |
| ·结果和讨论 | 第84-89页 |
| ·本章小结 | 第89-90页 |
| 第六章 总结和工作展望 | 第90-93页 |
| 参考文献 | 第93-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 附录 | 第113-114页 |
