| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-23页 |
| ·计算机模拟方法概述 | 第11-12页 |
| ·计算机模拟在生物大分子研究中的应用 | 第12-15页 |
| ·计算机模拟在高分子研究中的应用 | 第15-18页 |
| ·GPU的发展历史与现状 | 第18-20页 |
| ·本论文研究目的和内容 | 第20-23页 |
| 第2章 理论基础 | 第23-51页 |
| ·统计热力学简介 | 第23-26页 |
| ·统计热力学的基本假设 | 第23页 |
| ·体系微观状态的描述 | 第23-24页 |
| ·统计系综与统计平均值 | 第24-25页 |
| ·正则系综 | 第25-26页 |
| ·分子动力学方法 | 第26-32页 |
| ·分子力场 | 第26-30页 |
| ·积分算法 | 第30-32页 |
| ·增强抽样方法简介 | 第32-38页 |
| ·伞状抽样算法 | 第32-34页 |
| ·副本交换算法 | 第34-36页 |
| ·多正则系综算法 | 第36-38页 |
| ·CUDA编程与GPU | 第38-42页 |
| ·GPU加速的分子动力学模拟 | 第42-51页 |
| ·计算短程非键相互作用 | 第45-47页 |
| ·粒子整理 | 第47-48页 |
| ·邻居列表生成方法 | 第48-50页 |
| ·积分 | 第50页 |
| ·成键相互作用 | 第50-51页 |
| 第3章 积分温度算法及应用 | 第51-73页 |
| ·原积分温度算法简介 | 第51-53页 |
| ·改进的积分温度算法 | 第53-72页 |
| ·广义系综 | 第54-55页 |
| ·求解权重因子nk的新方法 | 第55-58页 |
| ·求解温度序列k的新方法 | 第58-60页 |
| ·计算步骤 | 第60页 |
| ·用改进的积分温度算法对Lennard-Jones流体进行研究 | 第60-62页 |
| ·用改进的积分温度算法对ALA-PRO二肽的构象转变进行研究 | 第62-68页 |
| ·用改进的积分温度算法对高分子单链的Coil-Globule转变进行研究 | 第68-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-81页 |
| 致谢 | 第81-83页 |
| 附件 | 第83-84页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第84页 |
