| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| ·论文选题及意义 | 第13-16页 |
| ·DNA的刚柔性 | 第13-14页 |
| ·禽流感病毒聚合酶PA部分N端与RNA的相互作用 | 第14-16页 |
| 参考文献 | 第16-18页 |
| 第二章 分子动力学模拟的基本理论和方法 | 第18-54页 |
| ·经典分子动力学方法的基本理论 | 第19-24页 |
| ·牛顿运动方程 | 第20-22页 |
| ·分子力场 | 第22页 |
| ·经典分子动力学模拟 | 第22-24页 |
| ·第一性原理分子动力学的基本理论 | 第24-40页 |
| ·密度泛函理论 | 第24-32页 |
| ·Ab initio分子动力学 | 第32-39页 |
| ·平面波和赝势 | 第39-40页 |
| ·自由能计算方法介绍 | 第40-45页 |
| ·自由能微扰和热力学积分 | 第41-43页 |
| ·赝动力学 | 第43-44页 |
| ·ABF | 第44页 |
| ·束缚分子动力学 | 第44-45页 |
| ·拉伸分子动力学 | 第45页 |
| ·其它内容 | 第45-47页 |
| ·常用的软件包简介 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-54页 |
| 第三章 配对碱基的刚柔性 | 第54-72页 |
| ·引言 | 第54-56页 |
| ·方法和模拟细节 | 第56-58页 |
| ·未配对下碱基嘧啶环的刚柔性 | 第58-60页 |
| ·配对碱基嘧啶环刚柔性 | 第60-63页 |
| ·咪唑环的刚柔性 | 第63-64页 |
| ·碱基环内和环外原子的振动 | 第64-66页 |
| ·本章小结 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 第四章 碱基对质子转移的反应机理 | 第72-94页 |
| ·引论 | 第72-75页 |
| ·方法和模拟细节 | 第75-77页 |
| ·GC碱基对质子转移 | 第77-82页 |
| ·AT碱基对质子转移 | 第82-86页 |
| ·本章小结 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-94页 |
| 第五章 DNA的刚柔性 | 第94-112页 |
| ·引言 | 第94-96页 |
| ·模拟细节和方法 | 第96-98页 |
| ·DNA周围的离子分布以及其对DNA结构的影响 | 第98-102页 |
| ·DNA周围的离子分布 | 第98-100页 |
| ·DNA“中性化”对其构象的影响 | 第100-102页 |
| ·DNA的刚性讨论 | 第102-108页 |
| ·DNA的弯曲 | 第102-107页 |
| ·主成分析(principle component analysis,PCA)以及构象熵 | 第107-108页 |
| ·螺旋参数以及RMSD | 第108页 |
| ·本章小结 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-112页 |
| 第六章 禽流感病毒聚合酶PA部分N端(PA_N)与RNA的相互作用 | 第112-150页 |
| ·引论 | 第112-114页 |
| ·模拟细节 | 第114-118页 |
| ·PA_N-RNA complex的构造 | 第114-115页 |
| ·模拟体系 | 第115-116页 |
| ·MD模拟细节 | 第116-118页 |
| ·apo PA_N的模拟 | 第118-123页 |
| ·Two-Mg~(2+) apo PA_N | 第118-121页 |
| ·One-Mg~(2-)apo PA_N | 第121-123页 |
| ·宿主mRNA-PA_N,相互作用 | 第123-127页 |
| ·活性中心的结构和动态性质 | 第127-133页 |
| ·PA_N内切作用的反应机理讨论 | 第133-140页 |
| ·K134和K137 | 第133-136页 |
| ·RNA的构象 | 第136-137页 |
| ·活性中心的Mg~(2+)离子 | 第137-140页 |
| ·Nucleophile水分子和general base | 第140页 |
| ·本章小结 | 第140-143页 |
| 参考文献 | 第143-150页 |
| 致谢 | 第150-152页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第152页 |
