| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-15页 |
| ·氨基酸替代矩阵 | 第8-12页 |
| ·研究背景 | 第8页 |
| ·各种氨基酸替代矩阵 | 第8-12页 |
| ·不同范围下的氨基酸替代矩阵 | 第12-15页 |
| ·对替代矩阵的分类研究 | 第13页 |
| ·古细菌的特殊性 | 第13-15页 |
| 第二章 材料和方法 | 第15-22页 |
| ·材料 | 第15-18页 |
| ·物种选取 | 第15-18页 |
| ·数据来源 | 第18页 |
| ·方法 | 第18-22页 |
| ·数据处理以及计数初始统计矩阵 | 第18-19页 |
| ·计算氨基酸替代频数 | 第19页 |
| ·构建EASM | 第19页 |
| ·由EASM 获得ASM 系列矩阵 | 第19-20页 |
| ·计算log-odds 矩阵 | 第20-22页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第22-31页 |
| ·结果 | 第22-29页 |
| ·获得初始统计矩阵 | 第22-23页 |
| ·表观相对突变力，相对含量 | 第23-24页 |
| ·EASM 矩阵和ASM 系列矩阵，Log-odds 打分矩阵 | 第24-25页 |
| ·氨基酸含量比的进化方向 | 第25-26页 |
| ·古细菌生物域与Dayhoff 1978 整体生物圈氨基酸替代模式的比较 | 第26-29页 |
| ·讨论 | 第29-31页 |
| ·含量对构建替代矩阵的影响 | 第29-30页 |
| ·氨基酸替代模式的稳定性及氨基酸的稳定含量比 | 第30页 |
| ·较长进化距离下氨基酸重复替代对比对打分的影响 | 第30-31页 |
| 第四章 结论 | 第31-32页 |
| 参考文献 | 第32-35页 |
| 致谢 | 第35-36页 |
| 作者简介 | 第36页 |