| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| ·生物信息学相关研究内容 | 第9-11页 |
| ·Motif Finding问题 | 第11-13页 |
| ·问题定义 | 第11-12页 |
| ·研究现状 | 第12-13页 |
| ·Closest String问题 | 第13-15页 |
| ·问题定义 | 第14页 |
| ·研究现状 | 第14-15页 |
| ·Motif Finding问题与 Closest String问题的关系及研究意义 | 第15页 |
| ·研究目标与内容 | 第15-16页 |
| ·论文组织结构 | 第16-17页 |
| 第二章 MOTIF FINDING问题求解 | 第17-31页 |
| ·典型算法 | 第17-20页 |
| ·序列模型 | 第17页 |
| ·从序列生成k分图 | 第17-18页 |
| ·在k分图中寻找k-clique | 第18-20页 |
| ·新算法分析与设计 | 第20-24页 |
| ·k分图形成算法 | 第20-23页 |
| ·k-clique寻找算法 | 第23-24页 |
| ·算法分布式处理 | 第24-27页 |
| ·生成k分图 | 第24-25页 |
| ·查找k-clique | 第25-27页 |
| ·关键算法实现技术 | 第27-29页 |
| ·顶点数据结构 | 第27页 |
| ·k分图存储 | 第27-28页 |
| ·随机读写k分图 | 第28-29页 |
| ·整合k分图 | 第29页 |
| ·实验结果及分析 | 第29-30页 |
| ·判断两个顶点间是否有边 | 第29页 |
| ·寻找k-clique | 第29-30页 |
| ·小结 | 第30-31页 |
| 第三章 CLOSEST STRING问题求解 | 第31-47页 |
| ·已有算法 | 第31-33页 |
| ·固定参数算法 | 第31-32页 |
| ·整数规划算法 | 第32-33页 |
| ·下界推导及计算最优上界 | 第33-35页 |
| ·d的下界推导 | 第33-34页 |
| ·计算最优上界 | 第34-35页 |
| ·下界相关算法 | 第35-40页 |
| ·下界相关算法设计 | 第36-38页 |
| ·下界算法相关优化 | 第38-40页 |
| ·应用下界相关算法求所有解 | 第40页 |
| ·关键算法实现技术 | 第40-44页 |
| ·循环产生组合 | 第40-41页 |
| ·下界相关算法优化 | 第41-44页 |
| ·实验结果对比与分析 | 第44-46页 |
| ·计算最优上界 | 第44页 |
| ·与固定参数算法比较 | 第44-45页 |
| ·求解所有解 | 第45-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第四章 分布式计算系统设计 | 第47-53页 |
| ·系统设计 | 第47-50页 |
| ·系统设计方案 | 第48-49页 |
| ·系统模块与流程 | 第49-50页 |
| ·系统关键技术 | 第50-52页 |
| ·分布式算法与分布式系统的信息交流 | 第50-51页 |
| ·容错机制 | 第51-52页 |
| ·分布式系统的配置 | 第52页 |
| ·小结 | 第52-53页 |
| 第五章 总结与展望 | 第53-55页 |
| ·工作总结 | 第53-54页 |
| ·将来进一步的研究工作 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 攻读硕士期间主要的研究成果 | 第60页 |