| 摘要 | 第1-14页 |
| Abstract | 第14-18页 |
| 缩写词表 | 第18-20页 |
| 第一章 前言 | 第20-41页 |
| 1 发菜研究进展 | 第20-32页 |
| ·发菜形态结构与生长繁殖方式 | 第20-22页 |
| ·发菜生境特点 | 第22-25页 |
| ·发菜的生理生化特性 | 第25-28页 |
| ·水分生理 | 第25-26页 |
| ·光合生理 | 第26页 |
| ·固氮生理 | 第26-27页 |
| ·发菜抗性生理 | 第27-28页 |
| ·发菜的人工培养研究进展 | 第28-31页 |
| ·培养方式、培养基、营养条件与发菜的人工培养 | 第28-30页 |
| ·环境因子与发菜人工培养 | 第30-31页 |
| ·植物生长物质与发菜人工培养 | 第31页 |
| ·发菜分子生物学方面的初步研究 | 第31-32页 |
| ·发菜相关蛋白的研究 | 第32页 |
| 2 蓝藻蛋白质组学研究进展 | 第32-39页 |
| ·蛋白质组学研究策略 | 第33页 |
| ·蛋白质组学研究技术 | 第33-35页 |
| ·双向凝胶电泳技术 | 第33-34页 |
| ·质谱鉴定技术 | 第34-35页 |
| ·生物信息学技术 | 第35页 |
| ·蓝藻蛋白质组学研究进展 | 第35-39页 |
| ·蓝藻高通量蛋白质组学研究 | 第35-37页 |
| ·几种模式蓝藻差异蛋白质组学研究 | 第37-39页 |
| ·蓝藻蛋白质组学研究存在的问题及展望 | 第39页 |
| 3 本论文的研究内容及目的意义 | 第39-41页 |
| 第二章 基于双向电泳和串联质谱技术的发菜蛋白质组研究方法的建立 | 第41-60页 |
| 1 材料和方法 | 第41-44页 |
| ·材料 | 第41-42页 |
| ·实验材料 | 第41-42页 |
| ·主要生化试剂 | 第42页 |
| ·主要仪器 | 第42页 |
| ·方法 | 第42-44页 |
| ·溶液配制 | 第42页 |
| ·发菜总蛋白质样品的提取 | 第42-43页 |
| ·蛋白质定量 | 第43页 |
| ·双向电泳 | 第43页 |
| ·凝胶染色及图像分析 | 第43页 |
| ·质谱样品的制备 | 第43页 |
| ·质谱分析 | 第43-44页 |
| ·数据库查询及蛋白质鉴定 | 第44页 |
| ·数据处理 | 第44页 |
| 2 结果和分析 | 第44-57页 |
| ·蛋白质提取方法的优化 | 第44-45页 |
| ·第一向 IEF 等电聚焦pH 范围的选择 | 第45-46页 |
| ·裂解液中 DTT 浓度对蛋白质双向电泳分辩率的影响 | 第46-47页 |
| ·上样量对蛋白质双向电泳分辩率的影响 | 第47-48页 |
| ·发菜2-DE 分离的重复性及其效果 | 第48-49页 |
| ·发菜蛋白质2-DE 分析 | 第49页 |
| ·发菜蛋白的MALDI-TOF-TOF/MS 分析和数据库检索鉴定 | 第49-51页 |
| ·发菜SOD 的MALDI-TOF-TOF /MS 肽质量指纹图谱分析及数据库分析 | 第51-57页 |
| 3 讨论 | 第57-59页 |
| 4 小结 | 第59-60页 |
| 第三章 发菜日生长周期差异蛋白质组学研究 | 第60-78页 |
| 1 材料和方法 | 第60-62页 |
| ·实验材料 | 第60-61页 |
| ·主要生化试剂和仪器 | 第61页 |
| ·方法 | 第61-62页 |
| ·光合活性的检测 | 第61页 |
| ·固氮酶活性的检测 | 第61页 |
| ·谷氨酰胺合成酶（GS）检测 | 第61-62页 |
| ·蛋白质提取 | 第62页 |
| ·双向电泳 | 第62页 |
| ·凝胶染色及图像分析 | 第62页 |
| ·质谱样品的制备 | 第62页 |
| ·质谱分析方法 | 第62页 |
| ·数据库查询及蛋白质鉴定 | 第62页 |
| ·数据处理 | 第62页 |
| 2 结果与分析 | 第62-72页 |
| ·发菜日生长周期光合作用的变化 | 第62-63页 |
| ·发菜日生长周期固氮酶活性和固氨酰胺合成酶活性的变化 | 第63-64页 |
| ·发菜日生长周期不同生长状态蛋白质的2-DE 分析 | 第64-68页 |
| ·发菜差异表达蛋白的鉴定及功能分类 | 第68-72页 |
| 3 讨论 | 第72-76页 |
| ·参与分泌和调节作用的相关蛋白 | 第72-73页 |
| ·参与抗氧化作用的相关蛋白 | 第73-74页 |
| ·参与氮代谢相关的蛋白 | 第74-75页 |
| ·参与能量和糖代谢相关的蛋白 | 第75-76页 |
| 4 小结 | 第76-78页 |
| 第四章 干燥和恢复吸水发菜超微结构、生理和蛋白质组学分析 | 第78-103页 |
| 1 材料与方法 | 第78-83页 |
| ·材料 | 第78-79页 |
| ·主要生化试剂和仪器 | 第79-80页 |
| ·方法 | 第80-83页 |
| ·透射电镜（TEM）样品制备及观察 | 第80页 |
| ·自由水与束缚水的检测 | 第80页 |
| ·光合作用与呼吸作用的检测 | 第80页 |
| ·RuBisco 总活性的测定 | 第80页 |
| ·丙二醛、脯氨酸和可溶性糖含量的测定 | 第80-81页 |
| ·超氧阴离子自由基和过氧化氢水平的检测 | 第81页 |
| ·抗氧化酶活性的测定 | 第81-82页 |
| ·固氮酶活性和谷氨酰胺合成酶活性检测 | 第82页 |
| ·氨含量和谷氨酸盐含量的测定 | 第82页 |
| ·蛋白质提取 | 第82页 |
| ·双向电泳(2-DE) | 第82页 |
| ·凝胶染色及图像分析 | 第82页 |
| ·质谱样品的制备 | 第82页 |
| ·MALDI-TOF-TOF /MS 质谱分析方法 | 第82-83页 |
| ·数据库查询及蛋白质鉴定 | 第83页 |
| ·Western blot | 第83页 |
| ·统计学分析 | 第83页 |
| 2 结果与分析 | 第83-97页 |
| ·发菜干燥失水和恢复吸水后形态和超微结构差异 | 第83-85页 |
| ·自由水（FW）含量和自由水/束缚水（FW/BW）的变化 | 第85-86页 |
| ·净光合速率、呼吸速率和RuBisco 总活性的变化 | 第86-87页 |
| ·丙二醛、脯氨酸和可溶性糖含量的变化 | 第87页 |
| ·氨含量、谷氨酸盐含量、固氮酶活性和谷氨酰胺合成酶活性的变化 | 第87-88页 |
| ·ROS 水平和抗氧化酶活性的变化 | 第88-89页 |
| ·蛋白质组表达差异 | 第89-93页 |
| ·差异蛋白鉴定及功能分类 | 第93-97页 |
| ·免疫学分析 | 第97页 |
| 3 讨论 | 第97-101页 |
| ·发菜是一种适应“干燥—吸水”水分节律的复苏植物 | 第97-98页 |
| ·干燥与恢复吸水对发菜能量代谢的影响 | 第98-99页 |
| ·干燥和复吸水条件下发菜氮代谢变化 | 第99-100页 |
| ·干燥和复吸水条件下发菜清除和调节ROS 机制 | 第100-101页 |
| 4 小结 | 第101-103页 |
| 第五章 发菜生长与耐旱相关差异蛋白基因克隆与原核表达 | 第103-153页 |
| 1 材料与方法 | 第104-116页 |
| ·材料 | 第104页 |
| ·试验材料 | 第104页 |
| ·生化试剂 | 第104页 |
| ·主要仪器 | 第104页 |
| ·方法 | 第104-116页 |
| ·发菜基因组DNA 提取 | 第104-105页 |
| ·基因组DNA 纯度、浓度和完整性检测 | 第105页 |
| ·目的基因的PCR 扩增 | 第105-107页 |
| ·PCR 产物的回收 | 第107页 |
| ·目的基因与载体连接 | 第107页 |
| ·CaCl_2 法制备感受态细胞DH5α | 第107-108页 |
| ·转化DH5α感受态细胞及目的片段测序 | 第108页 |
| ·生物信息学分析 | 第108-109页 |
| ·克隆基因原核表达 | 第109-113页 |
| ·发菜日生长周期及干燥（48HAD）和恢复吸水（4HAR）条件下Peroxiredoxins、Mn-CAT、Ferritin 和 Hypothetical protein NXL-01 基因的RT-PCR | 第113-115页 |
| ·数据处理 | 第115-116页 |
| 2 结果与分析 | 第116-150页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 差异表达及质谱分析 | 第116-123页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白MALDI-TOF-TOF/MS 肽质量指纹图谱分析 | 第116-117页 |
| ·发菜锰过氧化氢酶MALDI-TOF-TOF/MS 肽质量指纹图谱分析 | 第117-119页 |
| ·发菜铁氧还蛋白 MALDI-TOF-TOF/MS 肽质量指纹图谱分析 | 第119-121页 |
| ·发菜Hypothetical protein NXL-01 的MALDI-TOF-TOF-MS/MS 肽质量指纹图谱分析 | 第121-123页 |
| ·发菜基因组DNA 的提取 | 第123页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 基因的PCR 扩增 | 第123-125页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白基因的PCR 扩增 | 第123页 |
| ·发菜锰过氧化氢酶基因的PCR 扩增 | 第123-124页 |
| ·发菜铁氧还蛋白基因的PCR 扩增 | 第124页 |
| ·发菜Hypothetical protein NXL-01 基因的PCR 扩增 | 第124-125页 |
| ·目的片段的克隆 | 第125-127页 |
| ·过氧化物氧还蛋白基因目的片段的克隆 | 第125页 |
| ·锰过氧化氢酶基因目的片段的克隆 | 第125-126页 |
| ·铁氧还蛋白基因目的片段的克隆 | 第126页 |
| ·Hypothetical protein NXL-01 目的片段的克隆 | 第126-127页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 生物信息学分析 | 第127-142页 |
| ·过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 基因序列测定及同源分析 | 第127-132页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 疏水性分析 | 第132-135页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 二级结构预测 | 第135-137页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 跨膜区分析 | 第137-139页 |
| ·发菜过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 磷酸化位点分析 | 第139-142页 |
| ·过氧化物氧还蛋白、锰过氧化氢酶、铁氧还蛋白和 Hypothetical protein NXL-01 在E.coli 中的表达 | 第142-148页 |
| ·过氧化物氧还蛋白在E.coli 中的表达 | 第142-144页 |
| ·锰过氧化氢酶在E.coli 中的表达 | 第144-145页 |
| ·铁氧还蛋白在E.coli 中的表达 | 第145-146页 |
| ·Hypothetical protein NXL-01 在E.coli 中的表达 | 第146-148页 |
| ·锰过氧化氢酶和过氧化物氧还蛋白Western blotting 鉴定 | 第148页 |
| ·发菜日生长周期及干燥（48HAD）和恢复吸水（4HAR）条件下Peroxiredoxins、Mn-CAT、Ferritin 和 Hypothetical protein NXL-01 基因的RT-PCR 分析 | 第148-150页 |
| ·发菜总RNA 的提取 | 第148-149页 |
| ·发菜日生长周期中Peroxiredoxins、Mn-CAT、Ferritin 和 Hypothetical protein NXL-01 基因的表达特征 | 第149-150页 |
| ·发菜干燥（48HAD）和恢复吸水（4HAR）条件下Peroxiredoxins、Mn-CAT、Ferritin 和 Hypothetical protein NXL-01 基因的表达特征 | 第150页 |
| 3 讨论 | 第150-151页 |
| 4 小结 | 第151-153页 |
| 结论 | 第153-154页 |
| 本论文的创新点 | 第154-155页 |
| 参考文献 | 第155-169页 |
| 附录 | 第169-177页 |
| 在读博士期间发表的相关论文 | 第177-178页 |
| 致谢 | 第178页 |
