| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第9-17页 |
| 1.1 LncRNA 参与癌症基因调控 | 第10-12页 |
| 1.2 CRISPR/Cas9 技术与lncRNA | 第12-15页 |
| 1.2.1 CRISPR/Cas9 技术简介 | 第12-14页 |
| 1.2.2 CRISPR/Cas9 在 lncRNA 方面的应用 | 第14-15页 |
| 1.3 随机游走算法 | 第15-17页 |
| 1.3.1 网络拓扑结构 | 第15页 |
| 1.3.2 马尔科夫链 | 第15-16页 |
| 1.3.3 基于网络图的重启随机游走 | 第16-17页 |
| 2 材料和方法 | 第17-25页 |
| 2.1 数据来源 | 第17-18页 |
| 2.1.1 CRISPR/Cas9 全基因组高通量筛选数据 | 第17-18页 |
| 2.1.2 蛋白编码基因—lncRNA 关系数据 | 第18页 |
| 2.1.3 基因注释信息 | 第18页 |
| 2.2 数据预处理 | 第18页 |
| 2.3 蛋白编码基因—lncRNA 关系网络 | 第18-19页 |
| 2.4 LncRNA 调控关系的预测 | 第19-20页 |
| 2.5 统计学方法 | 第20-23页 |
| 2.5.1 t检验 | 第20页 |
| 2.5.2 皮尔森相关 | 第20-21页 |
| 2.5.3 超几何分布检验 | 第21-22页 |
| 2.5.4 Bootstrap 分析 | 第22页 |
| 2.5.5 Wilcoxon 秩和检验 | 第22-23页 |
| 2.6 基于蛋白编码基因—lncRNA 关系网络的随机游走算法 | 第23-24页 |
| 2.7 软件及工具 | 第24页 |
| 2.8 本研究中的难点 | 第24-25页 |
| 3 实验及预测结果 | 第25-42页 |
| 3.1 筛选癌症重要的蛋白编码基因 | 第25-31页 |
| 3.1.1 癌症重要基因的网络特征 | 第27-28页 |
| 3.1.2 癌症重要基因在各癌症中的表达特点 | 第28-29页 |
| 3.1.3 基因功能和通路富集分析 | 第29-31页 |
| 3.2 鉴定癌症相关的 lncRNA | 第31-37页 |
| 3.2.1 基于蛋白编码基因—lncRNA 关系网络的超几何分布检验 | 第31-32页 |
| 3.2.2 基于蛋白编码基因—lncRNA 关系网络的随机游走 | 第32-35页 |
| 3.2.3 预测癌症相关的 lncRNA | 第35-37页 |
| 3.3 预测 lncRNA 的调控因子 | 第37-38页 |
| 3.4 注释癌症相关 lncRNA 的功能 | 第38-42页 |
| 3.4.1 富集分析注释 lncRNA 的功能 | 第38-42页 |
| 4 讨论 | 第42-46页 |
| 4.1 LncRNA 功能的重要性 | 第42页 |
| 4.2 CIRSPR 筛选数据鉴定重要基因 | 第42-43页 |
| 4.3 预测方法的评价 | 第43-44页 |
| 4.4 LncRNA 功能的注释评价 | 第44-46页 |
| 5 结论及展望 | 第46-48页 |
| 5.1 结论 | 第46页 |
| 5.2 展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 附录A 本研究鉴定与预测癌症相关的 lncRNA | 第54-63页 |
| 附录B 综述 | 第63-79页 |
| 参考文献( | 第74-79页 |
| 在学研究成果 | 第79-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
