| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 1 绪论 | 第16-24页 |
| 1.1 脊椎动物体色地理变异与表型特征热调节 | 第16-18页 |
| 1.1.1 体色地理变异与Gloger规律 | 第16-17页 |
| 1.1.2 有鳞类爬行动物的热调节 | 第17-18页 |
| 1.2 高原陆生脊椎动物遗传适应与进化机制 | 第18-24页 |
| 1.2.1 线粒体基因的选择作用与进化研究 | 第18-20页 |
| 1.2.2 转录组的研究应用 | 第20-24页 |
| 2 贵南沙蜥表型特征对其热调节的影响 | 第24-34页 |
| 2.1 前言 | 第24-25页 |
| 2.2 材料与方法 | 第25-26页 |
| 2.2.1 样本采集与饲养 | 第25页 |
| 2.2.2 升温实验 | 第25-26页 |
| 2.2.3 降温实验 | 第26页 |
| 2.2.4 数据处理 | 第26页 |
| 2.3 结果 | 第26-32页 |
| 2.3.1 四肢与躯干的升温速率 | 第26-30页 |
| 2.3.2 四肢与躯干的降温速率 | 第30页 |
| 2.3.3 腹部黑斑区域的升温速率 | 第30-32页 |
| 2.3.4 四肢升温和降温速率的比较 | 第32页 |
| 2.4 讨论 | 第32-34页 |
| 3 沙蜥沿海拔梯度的线粒体基因组蛋白的进化分析 | 第34-49页 |
| 3.1 前言 | 第34页 |
| 3.2 材料与方法 | 第34-40页 |
| 3.2.1 线粒体基因组DNA序列测定与准备 | 第34-36页 |
| 3.2.2 构建系统发育树 | 第36页 |
| 3.2.3 Random-sites分析 | 第36页 |
| 3.2.4 Branch-sites分析 | 第36-37页 |
| 3.2.5 Robustness分析 | 第37页 |
| 3.2.6 TreeSAAP分析 | 第37页 |
| 3.2.7 蛋白选择位点共进化分析 | 第37-40页 |
| 3.3 结果 | 第40-46页 |
| 3.3.1 系统发育树 | 第40-41页 |
| 3.3.2 Random-sites分析 | 第41页 |
| 3.3.3 Branch-sites分析 | 第41-42页 |
| 3.3.4 Robustness分析 | 第42页 |
| 3.3.5 TreeSAAP分析 | 第42页 |
| 3.3.6 蛋白选择位点共进化分析 | 第42-46页 |
| 3.4 讨论 | 第46-49页 |
| 4 西藏沙蜥种群沿海拔梯度MC1R基因的进化研究 | 第49-59页 |
| 4.1 前言 | 第49-50页 |
| 4.2 材料与方法 | 第50-54页 |
| 4.2.1 样本采集 | 第50页 |
| 4.2.2 DNA提取、PCR扩增和测序 | 第50页 |
| 4.2.3 序列分析 | 第50-54页 |
| 4.2.4 选择进化分析 | 第54页 |
| 4.3 结果 | 第54-57页 |
| 4.3.1 西藏沙蜥MC1R基因的基因结构与遗传变异 | 第54页 |
| 4.3.2 MC1R二级结构和氨基酸位点变异 | 第54-55页 |
| 4.3.3 选择进化分析 | 第55-57页 |
| 4.4 讨论 | 第57-59页 |
| 5 不同海拔梯度青海沙蜥种群比较转录组研究 | 第59-73页 |
| 5.1 前言 | 第59页 |
| 5.2 材料与方法 | 第59-63页 |
| 5.2.1 样本采集 | 第59-60页 |
| 5.2.2 Illumina测序 | 第60页 |
| 5.2.3 数据筛选，de novo组装和基因表达分析 | 第60页 |
| 5.2.4 基因注释和GO分类 | 第60-61页 |
| 5.2.5 直系同源基因的确定 | 第61页 |
| 5.2.6 正选择作用分析 | 第61页 |
| 5.2.7 候选基因功能分析 | 第61-63页 |
| 5.3 结果 | 第63-71页 |
| 5.3.1 测序、de novo组装和基因注释 | 第63页 |
| 5.3.2 GO类群和潜在直系同源基因的确定 | 第63-65页 |
| 5.3.3 正选择作用分析 | 第65-66页 |
| 5.3.4 候选基因功能分析 | 第66-67页 |
| 5.3.5 基因表达分析 | 第67-71页 |
| 5.4 讨论 | 第71-73页 |
| 6 结论、创新点与展望 | 第73-75页 |
| 6.1 结论 | 第73页 |
| 6.2 创新点 | 第73-74页 |
| 6.3 展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-92页 |
| 附录 | 第92-130页 |
| 附录一 线粒体基因组研究采样点信息与Genbank登录号 | 第92-94页 |
| 附录二 ND2，ND3，COXIII，ND4，ND5，ND6基因氨基酸全序列比对 | 第94-107页 |
| 附录三 正选择位点SCA藕联进化分析结果散点图 | 第107-112页 |
| 附录四 西藏沙蜥样本信息与基因型 | 第112-115页 |
| 附录五 西藏沙蜥核苷酸与氨基酸位点变异 | 第115-120页 |
| 附录六 青海沙蜥转录本的注释 | 第120-121页 |
| 附录七 玛多和玛曲种群转录本GO类群（level 2）分布图 | 第121-122页 |
| 附录八 每个GO类群的平均Ka/Ks值 | 第122-126页 |
| 附录九 14个潜在候选基因（1≥Ka/Ks>0.5）及其GO注释 | 第126-129页 |
| 附录十 玛多和玛曲种群基因表达水平统计 | 第129-130页 |
| 作者简历 | 第130-131页 |
