| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 第一章 复杂生命系统研究方法 | 第6-12页 |
| 1.1 代谢系统研究方法 | 第6-7页 |
| 1.1.1 生物信息学 | 第6页 |
| 1.1.2 系统生物学 | 第6-7页 |
| 1.2 代谢网络研究进展 | 第7-8页 |
| 1.3 代谢网络分析研究现状 | 第8-9页 |
| 1.4 低能离子介导技术和沙漠寡营养细菌DOB | 第9-10页 |
| 1.5 本论文主要研究内容与意义 | 第10-12页 |
| 第二章 低能离子束重组DOB代谢网络的构建 | 第12-22页 |
| 2.1 数据库，数据挖掘工具 | 第12-14页 |
| 2.1.1 RAST (快速注释系统) | 第12-13页 |
| 2.1.2 KEGG数据库 | 第13页 |
| 2.1.3 Blast与python | 第13-14页 |
| 2.1.4 Cytoscape可视化 | 第14页 |
| 2.2 DOB沙漠寡营养细菌基因尺度代谢网络的构建方法 | 第14-15页 |
| 2.3 DOB沙漠寡营养细菌基因尺度代谢网络的分析方法 | 第15-16页 |
| 2.4 低能离子束重组DOB基因组注释 | 第16-18页 |
| 2.5 低能离子束重组DOB代谢网络的构建 | 第18-21页 |
| 2.5.1 代谢网络构建 | 第18-19页 |
| 2.5.2 代谢网络可视化 | 第19-21页 |
| 2.6 小结 | 第21-22页 |
| 第三章 离子束重组菌DOB代谢网络的差异性分析 | 第22-26页 |
| 3.1 离子束重组菌DOB代谢网络的网络参数比较 | 第22-23页 |
| 3.2 DOB菌代谢网络度分布 | 第23页 |
| 3.3 DOB菌代谢网络的最短路径 | 第23-24页 |
| 3.4 DOB菌代谢网络的聚类分析 | 第24-25页 |
| 3.5 小结 | 第25-26页 |
| 第四章 离子束重组菌代谢途径差异分析 | 第26-37页 |
| 4.1 碳水化合物代谢途径分析 | 第26-31页 |
| 4.2 氨基酸代谢途径分析 | 第31-36页 |
| 4.3 小结 | 第36-37页 |
| 第五章 结论 | 第37-39页 |
| 附件 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-43页 |
| 在读期间发表论文与参加学术会议 | 第43-44页 |
| 致谢 | 第44-46页 |