| 摘要 | 第5-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 符号说明 | 第17-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-47页 |
| 1.1 DNA表观遗传修饰—碱基修饰 | 第19-25页 |
| 1.1.1 DNA碱基修饰的多样性 | 第19-21页 |
| 1.1.2 DNA碱基修饰的生物学功能—基因表达调控和限制修饰系统 | 第21-24页 |
| 1.1.3 DNA碱基修饰的基因组分布 | 第24-25页 |
| 1.2 DNA新型表观遗传修饰—骨架磷硫酰化修饰的发现历程 | 第25-34页 |
| 1.2.1 修饰导致的DNA电泳异常降解现象 | 第25-26页 |
| 1.2.2 dnd基因簇特征 | 第26-30页 |
| 1.2.3 DNA硫修饰概念的提出 | 第30页 |
| 1.2.4 DNA硫修饰结构鉴定—磷硫酰化修饰 | 第30-34页 |
| 1.3 DNA磷硫酰化修饰研究近期进展 | 第34-43页 |
| 1.3.1 DNA磷硫酰化修饰的序列特异性 | 第34-39页 |
| 1.3.2 DNA磷硫酰化修饰酶学功能研究 | 第39-40页 |
| 1.3.3 DNA磷硫酰化修饰依赖的限制系统 | 第40-43页 |
| 1.3.4 DNA磷硫酰化修饰赋予宿主抗氧化功能 | 第43页 |
| 1.4 本研究的内容和目的 | 第43-47页 |
| 1.4.1 研究的基础和挑战 | 第43-45页 |
| 1.4.2 研究的内容和目的 | 第45-47页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第47-65页 |
| 2.1 实验材料 | 第47-53页 |
| 2.1.1 菌株（表 2-1） | 第47-48页 |
| 2.1.2 质粒（表 2-2） | 第48页 |
| 2.1.3 寡核苷酸 | 第48-51页 |
| 2.1.4 培养基及试剂 | 第51-53页 |
| 2.2 实验方法 | 第53-65页 |
| 第三章 DNA磷硫酰化修饰基因组分布图谱的鉴定 | 第65-92页 |
| 前言 | 第65页 |
| 3.1 定位DNA磷硫酰化修饰位点的策略及原理 | 第65-70页 |
| 3.1.1 DNA单分子实时测序技术简介 | 第65-67页 |
| 3.1.2 DNA磷硫酰化修饰的特异性化学切割 | 第67-69页 |
| 3.1.3 DNA磷硫酰化修饰位点定位策略 | 第69-70页 |
| 3.2 SMRT测序技术定位基因组磷硫酰化修饰位点 | 第70-80页 |
| 3.2.1 SMRT测序检测寡核苷酸上DNA磷硫酰化修饰位点 | 第70-72页 |
| 3.2.2 SMRT测序检测质粒上DNA磷硫酰化修饰位点 | 第72-80页 |
| 3.3 碘切割依赖的深度测序技术定位基因组上磷硫酰化修饰位点 | 第80-85页 |
| 3.3.1 磷硫酰化位点的特异性碘切割反应 | 第80-82页 |
| 3.3.2 ICDS技术定位基因组磷硫酰化位点 | 第82-85页 |
| 3.4 DNA磷硫酰化位点存在高度部分修饰 | 第85-87页 |
| 3.5 高度部分修饰和限制系统共存 | 第87-90页 |
| 本章小结 | 第90-92页 |
| 第四章 DNA磷硫酰化修饰依赖的限制系统作用机理研究 | 第92-113页 |
| 前言 | 第92-94页 |
| 4.1 限制酶的酶学性质分析 | 第94-97页 |
| 4.1.1 限制酶的序列分析 | 第94-95页 |
| 4.1.2 限制酶的酶活性分析 | 第95-97页 |
| 4.2 限制系统对修饰基因突变株的表型影响 | 第97-99页 |
| 4.3 限制系统损伤宿主细胞膜的完整性! | 第99-101页 |
| 4.3.1 细菌细胞膜损伤检测的方法及原理 | 第99页 |
| 4.3.2 限制系统对宿主菌细胞膜造成损伤 | 第99-101页 |
| 4.4 限制系统对修饰基因缺失突变株基因组转录谱的影响 | 第101-106页 |
| 4.4.1 沙门氏菌基因组转录谱芯片设计 | 第101-102页 |
| 4.4.2 限制基因对宿主菌转录谱的影响 | 第102-106页 |
| 4.5 限制系统对修饰基因缺失突变株基因组DNA造成断裂损伤 | 第106-109页 |
| 4.5.1 细菌胞内DNA损伤的检测—TUNEL assay | 第106页 |
| 4.5.2 限制系统对修饰缺失的基因组DNA的损伤作用 | 第106-109页 |
| 4.6 DNA磷硫酰化修饰依赖的限制系统特性总结 | 第109-112页 |
| 本章小结 | 第112-113页 |
| 第五章 DNA磷硫酰化修饰酶催化机理探索 | 第113-124页 |
| 前言 | 第113页 |
| 5.1 DNA磷硫酰化修饰体外催化系统的建立 | 第113-115页 |
| 5.2 DNA磷硫酰化修饰的底物特异性研究 | 第115-117页 |
| 5.2.1 体内未修饰位点可在体外修饰 | 第115-116页 |
| 5.2.2 单链半修饰的DNA可被催化为双链修饰 | 第116-117页 |
| 5.3 DNA磷硫酰化修饰酶复合体的鉴定 | 第117-120页 |
| 5.3.1 DNA磷硫酰化修饰酶的相互作用 | 第117-119页 |
| 5.3.2 Dpt蛋白复合体的组成分析 | 第119-120页 |
| 5.4 DNA磷硫酰化修饰酶复合体的底物结合特异性研究 | 第120-123页 |
| 5.4.1 DNA底物结合活性的方法及原理 | 第120页 |
| 5.4.2 修饰酶复合体与DNA非序列特异性结合实验 | 第120-123页 |
| 本章小结 | 第123-124页 |
| 第六章 本研究的工作总结及展望 | 第124-130页 |
| 6.1 工作总结 | 第124-126页 |
| 6.2 本研究工作的创新点 | 第126-127页 |
| 6.3 本研究工作的进一步展望 | 第127-130页 |
| 参考文献 | 第130-140页 |
| 致谢 | 第140-143页 |
| 攻读学位期间发表学术论文及科研成果 | 第143-146页 |
| 附件 | 第146页 |
