| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-44页 |
| 1.1 黑曲霉简介 | 第12-13页 |
| 1.2 丝状真菌次级代谢产物 | 第13-25页 |
| 1.2.1 丝状真菌次级代谢产物及合成途径 | 第13-21页 |
| 1.2.2 曲霉中次级代谢基因簇及其产物研究 | 第21-25页 |
| 1.3 曲霉中次级代谢产物合成的调控 | 第25-35页 |
| 1.3.1 途径特异性转录因子的调控 | 第26-27页 |
| 1.3.2 表观遗传学修饰及其对次级代谢产物的调控 | 第27-34页 |
| 1.3.3 环境条件刺激对次级代谢调控 | 第34-35页 |
| 1.4 高通量测序技术及其在组学中的应用 | 第35-37页 |
| 1.4.1 高通量测序种类及基本原理 | 第35-36页 |
| 1.4.2 高通量测序技术的应用 | 第36-37页 |
| 1.5 黑曲霉基因组及转录组研究概况 | 第37-39页 |
| 1.5.1 黑曲霉基因组及比较分析 | 第37-39页 |
| 1.5.2 黑曲霉转录组学研究进展 | 第39页 |
| 1.6 黑曲霉次级代谢基因簇预测及产物研究 | 第39-41页 |
| 1.7 本课题的研究目的及主要内容 | 第41-44页 |
| 1.7.1 选题背景及研究目的 | 第41-42页 |
| 1.7.2 本研究的主要内容 | 第42-44页 |
| 第二章 黑曲霉 FGSCA1279 全基因组测序及分析 | 第44-59页 |
| 2.1 引言 | 第44页 |
| 2.2 试验材料与仪器 | 第44-45页 |
| 2.2.1 主要仪器设备 | 第44-45页 |
| 2.2.2 菌种及溶液和培养基配制 | 第45页 |
| 2.3 实验方法 | 第45-47页 |
| 2.3.1 黑曲霉 FGSC A1279 培养 | 第45页 |
| 2.3.2 基因组的提取 | 第45-46页 |
| 2.3.3 文库构建及测序 | 第46页 |
| 2.3.4 基因组的组装及注释 | 第46-47页 |
| 2.3.5 同线性分析及 KOG 分类 | 第47页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第47-58页 |
| 2.4.1 FGSC A1279 基因组质量检测 | 第47页 |
| 2.4.2 基因组组装 | 第47-49页 |
| 2.4.3 基因预测与功能注释 | 第49-52页 |
| 2.4.4 同线性分析 | 第52-54页 |
| 2.4.5 次级代谢基因簇分析 | 第54-58页 |
| 2.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 第三章 黑曲霉次级代谢突变株的构建及代谢研究 | 第59-93页 |
| 3.1 引言 | 第59-60页 |
| 3.2 实验仪器和材料 | 第60-68页 |
| 3.2.1 主要仪器设备 | 第60-61页 |
| 3.2.2 菌种和质粒 | 第61-62页 |
| 3.2.3 主要试剂 | 第62-63页 |
| 3.2.4 培养基与溶液的配制 | 第63-65页 |
| 3.2.5 所用引物序列 | 第65-68页 |
| 3.3 实验方法 | 第68-81页 |
| 3.3.1 菌体的培养 | 第68页 |
| 3.3.2 黑曲霉突变株相关质粒的构建 | 第68-77页 |
| 3.3.3 黑曲霉次级代谢相关突变株的构建 | 第77-79页 |
| 3.3.4 黑曲霉突变株的鉴定 | 第79-80页 |
| 3.3.5 黑曲霉突变株代谢产物检测 | 第80-81页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第81-92页 |
| 3.4.1 laeA 基因敲除及过表达载体的构建 | 第81-84页 |
| 3.4.2 组蛋白甲基化和乙酰化基因敲除载体的构建 | 第84-85页 |
| 3.4.3 AnPKSⅢ 和 AnsclR 基因敲除及过量表达载体的构建 | 第85-87页 |
| 3.4.4 黑曲霉的转化及突变株的鉴定 | 第87-90页 |
| 3.4.5 黑曲霉突变株代谢谱图 | 第90-92页 |
| 3.5 本章小结 | 第92-93页 |
| 第四章 黑曲霉 laeA 缺失及过表达的基因组水平表达差异研究 | 第93-122页 |
| 4.1 引言 | 第93-94页 |
| 4.2 试验材料与仪器 | 第94-95页 |
| 4.2.1 主要仪器与设备 | 第94页 |
| 4.2.2 菌种 | 第94页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第94-95页 |
| 4.2.4 培养基和溶液的配制 | 第95页 |
| 4.2.5 所用到的引物 | 第95页 |
| 4.3 实验方法 | 第95-104页 |
| 4.3.1 黑曲霉 RNA 样品的制备 | 第95-99页 |
| 4.3.2 RNA-seq 文库的构建及测序 | 第99-100页 |
| 4.3.3 RNA-seq 数据的生物信息学分析 | 第100-104页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第104-121页 |
| 4.4.1 RNA 的提取及检测 | 第104-106页 |
| 4.4.2 RNA-Seq 测序 reads 在黑曲霉基因组及基因上的匹配统计 | 第106-108页 |
| 4.4.3 黑曲霉全基因组水平的转录谱及转录体结构注释 | 第108-112页 |
| 4.4.4 laeA 缺失与过表达条件下基因差异表达分析 | 第112-121页 |
| 4.5 本章小结 | 第121-122页 |
| 第五章 黑曲霉 laeA 过量表达菌株代谢产物分离鉴定 | 第122-144页 |
| 5.1 引言 | 第122页 |
| 5.2 试验材料与仪器 | 第122-124页 |
| 5.2.1 主要仪器与设备 | 第122-123页 |
| 5.2.2 菌种 | 第123页 |
| 5.2.3 主要试剂 | 第123-124页 |
| 5.2.4 培养基和溶液的配制 | 第124页 |
| 5.3 实验方法 | 第124-127页 |
| 5.3.1 代谢产物的制备 | 第124页 |
| 5.3.2 代谢产物的分离纯化 | 第124-126页 |
| 5.3.3 代谢产物的鉴定 | 第126-127页 |
| 5.4 实验结果与讨论 | 第127-143页 |
| 5.4.1 代谢产物的初步粗分 | 第127-132页 |
| 5.4.2 样品的细分 | 第132-139页 |
| 5.4.3 化合物的结构鉴定 | 第139-142页 |
| 5.4.4 代谢产物分析 | 第142-143页 |
| 5.5 本章小结 | 第143-144页 |
| 第六章 Ⅲ 型 PKS 及菌核调控因子 AnsclR 对黑曲霉代谢产物的影响 | 第144-162页 |
| 6.1 引言 | 第144页 |
| 6.2 实验材料与仪器设备 | 第144-147页 |
| 6.2.1 仪器设备与试剂材料 | 第144-145页 |
| 6.2.2 菌株和质粒 | 第145页 |
| 6.2.3 溶液及培养基的配制 | 第145-146页 |
| 6.2.4 所用的引物序列 | 第146-147页 |
| 6.3 实验方法 | 第147-152页 |
| 6.3.1 菌体的培养 | 第147页 |
| 6.3.2 代谢产物分离鉴定 | 第147-148页 |
| 6.3.3 AnsclR 回补突变株载体的构建 | 第148-149页 |
| 6.3.4 黑曲霉突变株的构建及鉴定 | 第149-151页 |
| 6.3.5 AnsclR 突变株氧化压力下的生长表型 | 第151页 |
| 6.3.6 RNA 的提取及荧光定量分析 | 第151页 |
| 6.3.7 细胞核的提取及 DNase I 高敏感位点分析 | 第151-152页 |
| 6.4 实验结果与讨论 | 第152-161页 |
| 6.4.1 AnPKSⅢ 序列分析 | 第152-153页 |
| 6.4.2 AnPKSⅢ 转录水平检测 | 第153-154页 |
| 6.4.3 AnPKSⅢ 代谢产物分离及含量测定 | 第154-155页 |
| 6.4.4 AnsclR 代谢产物分离鉴定 | 第155-157页 |
| 6.4.5 AnsclR 代谢产物产生原因初步研究 | 第157-161页 |
| 6.5 本章小结 | 第161-162页 |
| 结论与展望 | 第162-165页 |
| 参考文献 | 第165-184页 |
| 附录 | 第184-205页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第205-206页 |
| 致谢 | 第206-207页 |
| 附件 | 第207页 |
