| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-23页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状及相关背景知识 | 第9-21页 |
| 1.2.1 国内外研究现状 | 第9-13页 |
| 1.2.2 相关背景知识 | 第13-21页 |
| 1.3 本文主要内容 | 第21-22页 |
| 1.4 论文内容安排 | 第22-23页 |
| 第2章 PAIR END READS与参考基因组进行比对（PEM） | 第23-35页 |
| 2.1 比对工具选择及比对过程 | 第23-29页 |
| 2.1.1 比对工具选择 | 第23-26页 |
| 2.1.2 比对过程 | 第26-29页 |
| 2.2 分析记录比对结果SAM文件 | 第29-32页 |
| 2.3 向SAM文件中加入标签 | 第32-33页 |
| 2.4 SAM文件转换成BAM格式文件 | 第33-34页 |
| 2.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第3章 基于PEM的多供体植物基因组结构变异检测算法 | 第35-50页 |
| 3.1 数据获取和数据的处理 | 第35-36页 |
| 3.2 关键参数计算 | 第36-39页 |
| 3.3 基因组结构变异的识别方法 | 第39-45页 |
| 3.3.1 插入变异的识别方法 | 第39-40页 |
| 3.3.2 删除变异的识别方法 | 第40-42页 |
| 3.3.3 逆置变异的识别方法 | 第42-43页 |
| 3.3.4 易位变异的识别方法 | 第43-45页 |
| 3.4 植物基因组结构变异的异常区间识别算法 | 第45-47页 |
| 3.4.1 确定异常区间 | 第45-46页 |
| 3.4.2 建立异常区间联系检测结构变异 | 第46-47页 |
| 3.5 大豆基因组上的实验结果 | 第47-49页 |
| 3.6 本章小结 | 第49-50页 |
| 第4章 实验结果验证以及对比实验 | 第50-57页 |
| 4.1 仿真实验 | 第50-51页 |
| 4.2 与其他方法在大豆基因组结构变异检测上的比较 | 第51-54页 |
| 4.3 在千人基因组计划（THE 1000 GENOMES PROJECT）上的对比 | 第54-56页 |
| 4.4 本章小结 | 第56-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
