| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第8-10页 |
| 1.1.1 课题背景 | 第8-9页 |
| 1.1.2 研究目的与意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-13页 |
| 1.3 本文的研究内容 | 第13-15页 |
| 第2章 从DNA-seq和ChIP-seq数据中识别SNP | 第15-28页 |
| 2.1 识别SNP的基本原理 | 第15-16页 |
| 2.2 数据准备 | 第16-17页 |
| 2.3 FASTQ文件与质量分数 | 第17-19页 |
| 2.4 序列比对 | 第19-22页 |
| 2.5 对BAM文件进行处理 | 第22-24页 |
| 2.6 SNP的识别 | 第24-27页 |
| 2.7 本章小结 | 第27-28页 |
| 第3章SNP对转录因子结合影响的分析 | 第28-40页 |
| 3.1 识别等位基因特异性结合现象的基本原理 | 第28-30页 |
| 3.2 识别出现特异性结合现象的SNP | 第30-31页 |
| 3.3 SNP的位置对转录因子结合强度的影响 | 第31-38页 |
| 3.3.1 模体与PWM | 第31-32页 |
| 3.3.2 RNA聚合酶II结合位点的识别 | 第32-36页 |
| 3.3.3 SNP分组及检验 | 第36-38页 |
| 3.4 SNP的类型对转录因子结合强度的影响 | 第38-39页 |
| 3.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章SNP对基因表达影响的分析 | 第40-51页 |
| 4.1 数据准备 | 第40页 |
| 4.2 序列比对 | 第40-41页 |
| 4.3 基因表达差异分析 | 第41-49页 |
| 4.3.1 基因表达水平的度量 | 第41-43页 |
| 4.3.2 Cufflinks | 第43-45页 |
| 4.3.3 组装转录组本 | 第45-47页 |
| 4.3.4 分析基因表达差异 | 第47-49页 |
| 4.4 SNP对基因表达的影响 | 第49-50页 |
| 4.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58页 |