| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 综述与导言 | 第10-26页 |
| 1.1 课题背景 | 第10-12页 |
| 1.1.1 辅酶Q的生物合成 | 第10-11页 |
| 1.1.2 大肠杆菌基因组中的yigP位点:ubiJ基因 | 第11-12页 |
| 1.2 研究基础 | 第12-13页 |
| 1.2.1 yigP位点转录一个252nt的sRNA EsrE | 第12-13页 |
| 1.2.2 esrE基因的自身启动子 | 第13页 |
| 1.3 原核生物基因的转录调控 | 第13-20页 |
| 1.3.1 原核生物启动子 | 第14-15页 |
| 1.3.2 原核生物中的RNA聚合酶 | 第15-16页 |
| 1.3.3 基因组表达调控模式 | 第16-18页 |
| 1.3.4 转录因子 | 第18-20页 |
| 1.3.5 基因组中转录因子结合位点的定位 | 第20页 |
| 1.4 DNA与蛋白质的相互作用 | 第20-24页 |
| 1.4.1 顺式作用与反式作用 | 第20-21页 |
| 1.4.2 DNA-蛋白质相互作用的研究策略 | 第21-24页 |
| 1.5 本文研究思路 | 第24-26页 |
| 1.5.1 在功能片段P4P2的5'端进一步探查esrE启动子的顺式调控元件 | 第24页 |
| 1.5.2 利用点突变确定顺式元件中与反式因子相互作用的关键碱基 | 第24-25页 |
| 1.5.3 筛选与顺式作用元件相结合的反式作用因子 | 第25页 |
| 1.5.4 从候选的DNA结合蛋白中进一步确认反式作用因子 | 第25-26页 |
| 第2章 材料与方法 | 第26-47页 |
| 2.1 材料、试剂与器材 | 第26-33页 |
| 2.1.1 化学药品与生化试剂 | 第26-28页 |
| 2.1.2 培养基 | 第28页 |
| 2.1.3 缓冲液 | 第28-29页 |
| 2.1.4 抗生素和诱导剂 | 第29-30页 |
| 2.1.5 菌种 | 第30页 |
| 2.1.6 质粒 | 第30-32页 |
| 2.1.7 仪器与设备 | 第32-33页 |
| 2.2 微生物学方法 | 第33-34页 |
| 2.2.1 细菌培养条件 | 第33-34页 |
| 2.2.2 菌种的保藏 | 第34页 |
| 2.3 遗传学方法 | 第34-35页 |
| 2.3.1 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第34-35页 |
| 2.3.2 大肠杆菌的钙转化 | 第35页 |
| 2.4 分子生物学方法 | 第35-45页 |
| 2.4.1 大肠杆菌的质粒抽提 | 第36页 |
| 2.4.2 DNA的纯化回收 | 第36页 |
| 2.4.3 重组蛋白的诱导表达 | 第36-37页 |
| 2.4.4 重组蛋白的镍柱纯化 | 第37-38页 |
| 2.4.5 分子筛脱盐 | 第38-39页 |
| 2.4.6 蛋白电泳 | 第39-40页 |
| 2.4.7 G250法蛋白浓度的测定 | 第40-41页 |
| 2.4.8 β-半乳糖苷酶活性的测定 | 第41-42页 |
| 2.4.9 DNA亲和层析 | 第42-43页 |
| 2.4.10 银染 | 第43页 |
| 2.4.11 蛋白质的质谱鉴定 | 第43-44页 |
| 2.4.12 凝胶阻滞实验(EMSA) | 第44-45页 |
| 2.5 软件与数据库 | 第45-47页 |
| 第3章 结果与分析 | 第47-86页 |
| 3.1 esrE启动子上游存在调控序列 | 第47-54页 |
| 3.1.1 验证“P42是esrE启动子的负调控区” | 第47-50页 |
| 3.1.2 P4P2的5'端存在esrE启动子的调控序列 | 第50-54页 |
| 3.2 esrE启动子上游调控序列的关键碱基 | 第54-64页 |
| 3.2.1 鉴定负调控区域P42中影响esrE启动子活性的关键碱基 | 第54-55页 |
| 3.2.2 构建新的单碱基突变株验证负调控区域的作用 | 第55-58页 |
| 3.2.3 回文序列的突变验证 | 第58-64页 |
| 3.3 esrE启动子上游调控元件的结合蛋白 | 第64-69页 |
| 3.3.1 DNA pull down偶联蛋白电泳技术分离DNA结合蛋白 | 第64-66页 |
| 3.3.2 DNA结合蛋白的质谱鉴定 | 第66-69页 |
| 3.4 体内验证esrE启动子上游调控元件的结合蛋白 | 第69-77页 |
| 3.4.1 双质粒系统的构建 | 第70-76页 |
| 3.4.2 报告基因lacZ活性的检测 | 第76-77页 |
| 3.5 体外验证esrE启动子上游调控元件的结合蛋白 | 第77-86页 |
| 3.5.1 蛋白表达载体的构建 | 第77-81页 |
| 3.5.2 DNA结合蛋白的镍柱纯化和电泳分析 | 第81-83页 |
| 3.5.3 凝胶阻滞实验 | 第83-86页 |
| 第4章 结论与展望 | 第86-88页 |
| 4.1 本课题研究结论 | 第86页 |
| 4.2 拓展讨论 | 第86-87页 |
| 4.3 课题展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-94页 |
| 附录 | 第94-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 所发表论文 | 第114页 |
