| 中文摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 中文文摘 | 第6-11页 |
| 绪论 | 第11-19页 |
| 0.1 蛋白质结构研究现状 | 第11-12页 |
| 0.2 振动光谱在蛋白质结构研究中的应用 | 第12-14页 |
| 0.3 分子模拟手段用于蛋白质动态结构研究 | 第14-17页 |
| 0.4 本论文研究意义 | 第17-19页 |
| 第一章 量子化学计算与分子动力学模拟 | 第19-39页 |
| 1.1 量子化学计算 | 第19-24页 |
| 1.1.1 方法和基组 | 第19-20页 |
| 1.1.2 构型优化 | 第20页 |
| 1.1.3 振动频率计算 | 第20-21页 |
| 1.1.4 势能分布分析 | 第21-22页 |
| 1.1.5 同位素效应 | 第22-23页 |
| 1.1.6 溶剂化效应 | 第23-24页 |
| 1.2 全原子分子动力学模拟 | 第24-30页 |
| 1.2.1 分子力学力场 | 第24-26页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟步骤及初始文件 | 第26-28页 |
| 1.2.3 周期性边界条件 | 第28页 |
| 1.2.4 统计系综 | 第28-29页 |
| 1.2.5 径向分布和空间分布分析 | 第29-30页 |
| 1.3 增强抽样分子动力学模拟 | 第30-39页 |
| 1.3.1 适应性偏力 | 第31-33页 |
| 1.3.2 多元动力学 | 第33页 |
| 1.3.3 蛋白质二级结构分析 | 第33-36页 |
| 1.3.4 聚类分析 | 第36-37页 |
| 1.3.5 主元分析 | 第37-39页 |
| 第二章 β-肽的酰胺-Ⅰ带光谱解析与预测 | 第39-51页 |
| 2.1 计算方法与实验 | 第39-42页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟与密度泛函计算 | 第39-40页 |
| 2.1.2 基于分子力学力场的静电频率转换图的构建 | 第40-41页 |
| 2.1.3 基于密度泛函理论的静电频率转换图的构建 | 第41-42页 |
| 2.1.4 红外光谱模拟 | 第42页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第42-49页 |
| 2.2.1 酰胺-Ⅰ带光谱评估 | 第42-44页 |
| 2.2.2 NEPA酰胺-Ⅰ带光谱的模拟 | 第44-47页 |
| 2.2.3 酰胺-Ⅰ带频移的位点依赖性 | 第47-49页 |
| 2.3 小结 | 第49-51页 |
| 第三章 甘氨酸二肽的酰胺-Ⅰ带静电频率转换图 | 第51-61页 |
| 3.1 计算方法与实验 | 第51-53页 |
| 3.1.1 分子动力学模拟 | 第51-52页 |
| 3.1.2 量子化学计算 | 第52页 |
| 3.1.3 静电频率转换图的构建 | 第52-53页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第53-59页 |
| 3.2.1 水溶液中GLYD的微观结构 | 第53-54页 |
| 3.2.2 酰胺-Ⅰ带光谱与结构相关性 | 第54-58页 |
| 3.2.3 酰胺-Ⅰ带光谱模拟 | 第58-59页 |
| 3.3 小结 | 第59-61页 |
| 第四章 Aβ多肽片段的酰胺-Ⅰ带光谱 | 第61-79页 |
| 4.1 计算方法与实验 | 第61-64页 |
| 4.1.1 分子动力学模拟 | 第61-62页 |
| 4.1.2 量子化学计算 | 第62-63页 |
| 4.1.3 静电频率转换图构建 | 第63-64页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第64-77页 |
| 4.2.1 二肽构象分布 | 第64-65页 |
| 4.2.2 酰胺-Ⅰ带频率与结构相关性 | 第65-68页 |
| 4.2.3 酰胺-Ⅰ带光谱模拟 | 第68-70页 |
| 4.2.4 影响酰胺-Ⅰ带频移的组分 | 第70-72页 |
| 4.2.5 Aβ_(25-35)多肽的酰胺-Ⅰ带模拟光谱 | 第72-77页 |
| 4.3 小结 | 第77-79页 |
| 第五章 Aβ_(25-35)片段单体与二聚体的折叠机制与结构特性 | 第79-91页 |
| 5.1 模型与方法 | 第79-81页 |
| 5.1.1 分子动力学模拟 | 第79-80页 |
| 5.1.2 反应坐标定义 | 第80-81页 |
| 5.1.3 构象分析 | 第81页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第81-89页 |
| 5.2.1 单体的结构成分分析 | 第81-83页 |
| 5.2.2 单体的构象聚类分析 | 第83-84页 |
| 5.2.3 单体的二维平均力势 | 第84-85页 |
| 5.2.4 二聚体的结构成分分析 | 第85-87页 |
| 5.2.5 二聚体的构象聚类分析 | 第87-88页 |
| 5.2.6 二聚体的二维平均力势 | 第88-89页 |
| 5.3 小结 | 第89-91页 |
| 总结 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-115页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第115-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
| 个人简历 | 第119-123页 |
