| 摘要 | 第7-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 第一章 前言 | 第16-46页 |
| 1.基于质谱的定量蛋白质组学 | 第16-28页 |
| 1.1 绝对定量 | 第16-19页 |
| 1.2 相对定量 | 第19-28页 |
| 2.蛋白质相互作用技术 | 第28-33页 |
| 2.1 酵母双杂交技术(yeast two-hybrid,Y2H) | 第29-30页 |
| 2.2 蛋白片段互补技术(protein fragment complementation assays, PCAs) | 第30-31页 |
| 2.3 串联亲和纯化(tandem affinity purification,TAP) | 第31-32页 |
| 2.4 蛋白质阵列(Protein arrays) | 第32-33页 |
| 3.本论文的选题目的及意义 | 第33-36页 |
| 4.参考文献 | 第36-46页 |
| 第二章 TNF-α引起的14-3-3 epsilon复合物变化及其关键相互作用蛋白对NF-κ B活性的选择性调节 | 第46-90页 |
| 1.引言 | 第46-47页 |
| 2.实验部分 | 第47-55页 |
| 2.1 材料、化学试剂和抗体 | 第47-48页 |
| 2.2 稳定表达饵蛋白flag-14-3-3ε的细胞系的建立 | 第48-49页 |
| 2.3 细胞培养、体内标记和TNF-α处理 | 第49页 |
| 2.4 蛋白提取和14-3-3ε相互作用复合物的纯化 | 第49-50页 |
| 2.5 LC-MS/MS的分离分析 | 第50页 |
| 2.6 数据库搜索与蛋白质鉴定 | 第50-51页 |
| 2.7 功能分类以及TNF-α可诱导的14-3-3ε相互作用网络分析 | 第51页 |
| 2.8 免疫共沉淀和免疫印迹(Co-IP和IB) | 第51-52页 |
| 2.9 免疫印迹条带的灰度定量 | 第52页 |
| 2.10 CFP,GFP,RFP融合蛋白的构建 | 第52-55页 |
| 2.11 细胞转染与免疫荧光 | 第55页 |
| 2.12 NF-κ B迁移/活性测定实验 | 第55页 |
| 3.结果与讨论 | 第55-79页 |
| 3.1 TNF-α诱导的/可诱导的14-3-3ε相互作用蛋白质组筛选 | 第55-63页 |
| 3.2 TNF-α可诱导的14-3-3ε相互作用蛋白的验证 | 第63-66页 |
| 3.3 在TNF-α刺激下,14-3-3ε与MAPK信号通路的关键蛋白存在相互作用 | 第66-72页 |
| 3.4 TNF-α诱导的14-3-3ε与TAK1或PPM1B的动态相互作用变化对于NF-κ B时间依赖的活性变化的协调 | 第72-75页 |
| 3.5 其它TNF-α诱导的14-3-3ε相互作用配体的功能特性及TNF-α诱导的NF-κ B调控信号网络 | 第75-78页 |
| 3.6 鉴定到的TNF-α可诱导的单条肽匹配的14-3-3ε相互作用蛋白 | 第78-79页 |
| 4.结论 | 第79-81页 |
| 5.参考文献 | 第81-90页 |
| 第三章 定量蛋白质组学解析细胞对于TNF-α持久刺激的耐受响应以及在此过程中14-3-3 epsilon复合物的变化 | 第90-133页 |
| 1.引言 | 第90-91页 |
| 2.实验部分 | 第91-94页 |
| 2.1 材料、化学试剂和抗体 | 第91-92页 |
| 2.2 稳定表达饵蛋白flag-14-3-3ε的细胞系的建立 | 第92页 |
| 2.3 细胞培养、体内标记和TNF-α处理 | 第92页 |
| 2.4 蛋白提取和14-3-3ε相互作用复合物的纯化 | 第92-93页 |
| 2.5 LC-MS/MS的分离分析 | 第93页 |
| 2.6 数据库搜索与蛋白质鉴定 | 第93页 |
| 2.7 细胞核的提取 | 第93-94页 |
| 2.8 其余操作步骤可参见第二章 | 第94页 |
| 3.结果与讨论 | 第94-128页 |
| 3.1 SILAC(AACT)标记293T稳定细胞株 | 第94-96页 |
| 3.2 TNF-α重复持续刺激下的细胞响应 | 第96-97页 |
| 3.3 细胞对TNF-α重复持续刺激响应的蛋白质组筛选 | 第97-111页 |
| 3.4 293T细胞中对TNF-α重复持续刺激响应的蛋白功能分类 | 第111-114页 |
| 3.5 TNF-α重复持续刺激过程中与14-3-3ε相互作用发生变化的蛋白研究 | 第114-123页 |
| 3.6 在TNF-α重复持续刺激过程中与14-3-3ε相互作用发生变化的蛋白功能分类 | 第123-124页 |
| 3.7 TNF-α重复持续刺激下14-3-3ε复合物的功能结构域的聚类分析 | 第124-128页 |
| 4.结论与展望 | 第128-129页 |
| 5.参考文献 | 第129-133页 |
| 第四章 TNF-α不同时间点刺激下的14-3-3 epsilon相互作用蛋白的动态变化 | 第133-149页 |
| 1.引言 | 第133页 |
| 2.实验部分 | 第133-136页 |
| 2.1 材料、化学试剂 | 第133-134页 |
| 2.2 稳定表达饵蛋白flag-14-3-3ε的细胞系的建立 | 第134页 |
| 2.3 细胞培养和TNF-α处理 | 第134页 |
| 2.4 蛋白提取和14-3-3ε相互作用复合物的iTRAQ标记 | 第134-135页 |
| 2.5 肽段的分离和质谱分析 | 第135页 |
| 2.6 数据库搜索与蛋白质鉴定 | 第135-136页 |
| 2.7 其余操作步骤可参见第二章 | 第136页 |
| 3.结果与讨论 | 第136-146页 |
| 3.1 样品是否被iTRAQ标签标记的验证 | 第136页 |
| 3.2 TNF-α不同时间点刺激下与14-3-3ε相互作用有动态变化的蛋白质组筛选 | 第136-145页 |
| 3.3 TNF-α不同时间点刺激下与14-3-3ε相互作用有变化的蛋白的功能分类 | 第145-146页 |
| 4. 结论与展望 | 第146-147页 |
| 5. 参考文献 | 第147-149页 |
| 附录 | 第149-157页 |
| 论文发表情况 | 第157-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
