| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 目录 | 第6-7页 |
| 第一部分 引言 | 第7-10页 |
| 第二部分 实验材料和方法 | 第10-15页 |
| 2.1 小分子测试集的准备 | 第10-11页 |
| 2.2 虚拟筛选流程的候选软件 | 第11-12页 |
| 2.2.1 Surflex-Dock v2.5.1 | 第11页 |
| 2.2.2 Autodock v4.2.3 | 第11页 |
| 2.2.3 Autodock Vinav1.1.2 | 第11页 |
| 2.2.4 FRED v2.2.5 | 第11-12页 |
| 2.2.5 DOCK v6.5 | 第12页 |
| 2.3 配体结合模式预测 | 第12-13页 |
| 2.3.1 对小分子配体的准备和聚类 | 第12页 |
| 2.3.2 对不同类别的配体的结合模式预测 | 第12-13页 |
| 2.4 针对 NCI 数据库进行虚拟筛选 | 第13-14页 |
| 2.5 用 GROMACS 软件计算 PMF 曲线 | 第14-15页 |
| 第三部分 实验结果与分析 | 第15-29页 |
| 3.1 虚拟筛选流程的设计 | 第15-19页 |
| 3.2 结合模式预测流程的设计 | 第19-23页 |
| 3.3 虚拟筛选流程和结合模式预测流程的应用 | 第23-29页 |
| 3.3.1 从 NCI 数据库中筛选 IGF1R 的潜在特异性抑制剂 | 第23-26页 |
| 3.3.2 通过 PMF 标准曲线的计算来估计配体对 IRG1R 和 IR 的结合力 | 第26-29页 |
| 第四部分 结语 | 第29-31页 |
| 4.1 实验讨论 | 第29-30页 |
| 4.2 实验结论 | 第30-31页 |
| 参考文献 | 第31-34页 |
| 致谢 | 第34页 |
