| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 缩略词表 | 第16-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-31页 |
| 1 研究进展 | 第18-30页 |
| 1.1 病原物与植物互作研究 | 第18-25页 |
| 1.1.1 分泌蛋白的生物信息学预测与试验验证 | 第18页 |
| 1.1.2 丝状病原菌中效应因子与寄主植物靶标互作系统 | 第18-22页 |
| 1.1.3 丝状病原物效应因子的转运 | 第22-23页 |
| 1.1.4 病原菌中效应因子与寄主植物靶标的互作模式 | 第23-24页 |
| 1.1.5 植物抗病蛋白的类型 | 第24-25页 |
| 1.2 核盘菌及其危害与防治 | 第25-26页 |
| 1.3 核盘菌菌核形成相关基因的功能研究 | 第26页 |
| 1.4 核盘菌致病相关基因的功能研究 | 第26-27页 |
| 1.5 基因功能研究技术 | 第27-29页 |
| 1.5.1 基因失活与基因表达调控 | 第27-28页 |
| 1.5.2 蛋白质的亚细胞定位 | 第28页 |
| 1.5.3 蛋白质互作研究技术 | 第28-29页 |
| 1.6 高通量基因表达分析 | 第29-30页 |
| 2 本研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 比较基因组揭示转座在核盘菌基因组进化过程中起作用 | 第31-50页 |
| 引言 | 第31-32页 |
| 2.1 材料和方法 | 第32-34页 |
| 2.1.1 基因组数据来源 | 第32页 |
| 2.1.2 基因组功能注释 | 第32页 |
| 2.1.3 基因组中重复序列和转座元件的注释 | 第32-33页 |
| 2.1.4 核盘菌中类似CENP-B的DDE超家族核酸内切酶和反转录酶的遗传发育分析 | 第33页 |
| 2.1.5 核盘菌中类似CENP-B的DDE超家族核酸内切酶和反转录酶的蛋白结构域和模体结构以及基因结构分析 | 第33页 |
| 2.1.6 核盘菌中转座元件与类似CENP-B的DDE超家族核酸内切酶和反转录酶编码基因间的关系分析 | 第33-34页 |
| 2.2 结果与分析 | 第34-49页 |
| 2.2.1 基因组功能注释及比较基因组分析结果 | 第34-39页 |
| 2.2.2 转座原件及重复序列比较分析结果 | 第39页 |
| 2.2.3 核盘菌中类似CENP-B的DDE超家族核酸内切酶和反转录酶的进化 | 第39-43页 |
| 2.2.4 核盘菌中类似CENP-B的DDE超家族核酸内切酶和反转录酶的蛋白结构域和模体结构以及基因结构 | 第43-48页 |
| 2.2.5 核盘菌中类似CENP-B的DDE超家族核酸内切酶和反转录酶家族成员的扩增和核盘菌基因组中转座元件的关系 | 第48-49页 |
| 2.3 小结 | 第49-50页 |
| 第三章 核盘菌数字基因表达谱分析 | 第50-69页 |
| 引言 | 第50页 |
| 3.1 材料和方法 | 第50-53页 |
| 3.1.1 菌株和培养条件 | 第50页 |
| 3.1.2 试剂、仪器及DGE测序样品准备 | 第50-51页 |
| 3.1.3 核盘菌数字表达谱的构建 | 第51-52页 |
| 3.1.4 差异表达基因的鉴定 | 第52页 |
| 3.1.5 数字表达谱的q RT-PCR验证 | 第52-53页 |
| 3.1.6 数字表达谱分析 | 第53页 |
| 3.2 结果与分析 | 第53-68页 |
| 3.2.1 核盘菌的数字表达谱数据及质量评估 | 第53-55页 |
| 3.2.2 差异表达基因的鉴定结果 | 第55-58页 |
| 3.2.3 数字表达谱的q RT-PCR验证结果 | 第58-60页 |
| 3.2.4 致病和菌核形成过程中主要的蛋白家族和结构域 | 第60页 |
| 3.2.5 功能谱分析 | 第60-65页 |
| 3.2.6 基因功能富集分析 | 第65-68页 |
| 3.3 小结 | 第68-69页 |
| 第四章 功能谱分析揭示碳固定循环相关基因在核盘菌的发育过程中发挥重要功能 | 第69-91页 |
| 引言 | 第69-70页 |
| 4.1 材料和方法 | 第70-74页 |
| 4.1.1 菌株和培养条件 | 第70页 |
| 4.1.2 基因沉默载体的构建和核盘菌的转化 | 第70页 |
| 4.1.3 基因表达动态检测 | 第70-73页 |
| 4.1.4 核盘菌基因沉默转化子的表型检测 | 第73页 |
| 4.1.5 数据来源 | 第73页 |
| 4.1.6 KEGG功能谱分析 | 第73页 |
| 4.1.7 碳固定相关基因的遗传发育分析 | 第73-74页 |
| 4.2 结果与分析 | 第74-90页 |
| 4.2.1 KEGG功能谱 | 第74页 |
| 4.2.2 q RT-PCR证实数字表达谱中碳固定相关基因的相对表达量 | 第74-79页 |
| 4.2.3 核盘菌中的碳固定相关基因 | 第79-83页 |
| 4.2.4 碳固定相关基因在核盘菌的不同发育阶段受到显著调控 | 第83-84页 |
| 4.2.5 碳固定相关基因在核盘菌的致病力和菌核发育过程中发挥重要作用 | 第84-86页 |
| 4.2.6 碳固定相关基因的进化 | 第86-90页 |
| 4.3 小结 | 第90-91页 |
| 第五章 比较基因组和转录分析揭示碳水化合物活性酶类在植物病原真菌侵染和发育过程中发挥重要作用 | 第91-109页 |
| 引言 | 第91-92页 |
| 5.1 材料与方法 | 第92-93页 |
| 5.1.1 菌株及培养条件 | 第92页 |
| 5.1.2 碳水化合物活性酶类及其CBMs的功能注释 | 第92页 |
| 5.1.3 数据来源 | 第92-93页 |
| 5.1.4 基因表达聚类分析 | 第93页 |
| 5.2 结果与分析 | 第93-108页 |
| 5.2.1 植物病原真菌中碳水化合物活性酶类及其CBMs的比较基因组分析 | 第93-98页 |
| 5.2.2 核盘菌中碳水化合物活性酶类及其CBMs的编码基因的表达模式 | 第98-101页 |
| 5.2.3 禾谷镰刀菌中碳水化合物活性酶类及其CBMs的编码基因在侵染、有性发育和分生孢子萌发过程中的表达模式 | 第101-105页 |
| 5.2.4 青杨叶锈菌和麦类杆锈菌中碳水化合物活性酶类及其CBMs的编码基因在侵染过程中的转录分析 | 第105-108页 |
| 5.3 小结 | 第108-109页 |
| 第六章 核盘菌候选效应因子的鉴定和小分泌蛋白Ss CVNH的功能研究 | 第109-127页 |
| 引言 | 第109页 |
| 6.1 材料和方法 | 第109-112页 |
| 6.1.1 候选效应因子的筛选 | 第109-110页 |
| 6.1.2 菌株及其培养条件 | 第110-111页 |
| 6.1.3 本章所用引物 | 第111-112页 |
| 6.1.4 载体构建 | 第112页 |
| 6.1.5 蛋白印迹（Western blotting）分析 | 第112页 |
| 6.1.6 生物信息学分析 | 第112页 |
| 6.2 结果与分析 | 第112-125页 |
| 6.2.1 核盘菌各个发育阶段显著上调的分泌蛋白编码基因的功能富集分析 | 第112-115页 |
| 6.2.2 核盘菌中鉴定出的候选效应因子 | 第115-118页 |
| 6.2.3 SsCVNH预测的蛋白结构 | 第118-120页 |
| 6.2.4 SsCVNH的表达模式 | 第120-121页 |
| 6.2.5 SsCVNH是分泌蛋白 | 第121-123页 |
| 6.2.6 SsCVNH与核盘菌致病力和菌核发育密切相关 | 第123-125页 |
| 6.3 小结和讨论 | 第125-127页 |
| 第七章 核盘菌中小分泌蛋白SsSSVP1的功能研究 | 第127-163页 |
| 引言 | 第127-128页 |
| 7.1 材料和方法 | 第128-135页 |
| 7.1.1 菌株、植物及其培养条件 | 第128页 |
| 7.1.2 本章所用引物 | 第128页 |
| 7.1.3 载体构建 | 第128-134页 |
| 7.1.4 蛋白质沉淀、透析和浓缩 | 第134页 |
| 7.1.5 蛋白印迹（Western blotting）分析 | 第134-135页 |
| 7.2 结果与分析 | 第135-160页 |
| 7.2.1 SsSSVP1的特性 | 第135-136页 |
| 7.2.2 SsSSVP1在核盘菌侵染过程中的表达模式 | 第136-137页 |
| 7.2.3 SsSSVP1的沉默导致核盘菌致病力下降和菌核形成延迟 | 第137-140页 |
| 7.2.4 SsSSVP1超表达转化子的生物学特性 | 第140-142页 |
| 7.2.5 SsSSVP1~(?SP)定位于植物细胞的细胞质且能够引起本氏烟的细胞坏死 | 第142-145页 |
| 7.2.6 SsSSVP1能够以不依赖于病原菌的方式被植物细胞内化吸收 | 第145-149页 |
| 7.2.7 SsSSVP1~(?SP)能够形成同源二聚体并能够与植物中的QCR8蛋白互作 | 第149-152页 |
| 7.2.8 SsSSVP1中半胱氨酸残基的点突变影响其结构和功能 | 第152-156页 |
| 7.2.9 SsSSVP1~(?SP)和QCR8之间的互作干扰QCR8在线粒体上的定位 | 第156-158页 |
| 7.2.10 QCR8的沉默导致植物发育异常和细胞坏死 | 第158-160页 |
| 7.3 小结和讨论 | 第160-163页 |
| 第八章 全文结论和展望 | 第163-169页 |
| 8.1 论文的主要结论 | 第163-166页 |
| 8.1.1 比较基因组和转录组分析揭示核盘菌基因组特性和发育调控机制 | 第163页 |
| 8.1.2 功能谱分析及功能研究表明植物碳固定循环“印迹”在核盘菌的发育过程中发挥重要功能 | 第163-164页 |
| 8.1.3 比较基因组和转录分析揭示植物病原真菌中碳水化合物活性酶类及其CBMs在侵染和发育过程中发挥重要作用 | 第164-165页 |
| 8.1.4 分泌蛋白组分析及候选效应因子功能研究证实核盘菌中小分泌蛋白在其与寄主植物的互作中发挥重要作用 | 第165-166页 |
| 8.2 展望 | 第166-169页 |
| 参考文献 | 第169-188页 |
| 附录 1：附表 | 第188-308页 |
| 附录 2：论文发表情况 | 第308-310页 |
| 致谢 | 第310-312页 |
