| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要符号表 | 第10-12页 |
| 第1章 综述 | 第12-28页 |
| 1.1 遗传标记与分子标记 | 第12-14页 |
| 1.1.1 遗传标记概述 | 第12页 |
| 1.1.2 分子标记的特点和应用 | 第12-13页 |
| 1.1.3 分子标记的分类 | 第13-14页 |
| 1.2 SNP分子标记及应用 | 第14-21页 |
| 1.2.1 SNP概念及特点 | 第14-15页 |
| 1.2.2 SNP检测方法 | 第15-20页 |
| 1.2.3 SNP在水产动物中的应用 | 第20-21页 |
| 1.3 新一代高通量测序技术与生物信息学 | 第21-23页 |
| 1.3.1 新一代高通量测序技术 | 第21-23页 |
| 1.3.2 生物信息学 | 第23页 |
| 1.4 鱼类组学研究进展 | 第23-24页 |
| 1.4.1 鱼类基因组的研究 | 第23-24页 |
| 1.4.2 鱼类转录组的研究 | 第24页 |
| 1.5 大黄鱼研究背景 | 第24-27页 |
| 1.5.1 大黄鱼概述及养殖现状 | 第24-25页 |
| 1.5.2 大黄鱼分子标记的研究进展 | 第25-27页 |
| 1.6 本研究内容、目的及意义 | 第27-28页 |
| 第2章 基于二代测序数据的cSNP开发流程的探讨与优化 | 第28-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-29页 |
| 2.1.1 数据和流程 | 第28页 |
| 2.1.2 RNA-seq数据模拟 | 第28-29页 |
| 2.1.3 序列比对 | 第29页 |
| 2.1.4 SNP开发 | 第29页 |
| 2.2 结果与分析 | 第29-39页 |
| 2.2.1 比对软件的比较 | 第29-30页 |
| 2.2.2 SNP开发软件的比较分析 | 第30-33页 |
| 2.2.3 不同参考序列对SNP挖掘的影响 | 第33-35页 |
| 2.2.4 测序量和测序质量对SNP calling的影响 | 第35-39页 |
| 2.3 讨论 | 第39-43页 |
| 2.3.1 SNP calling时比对和开发软件的选择 | 第39-40页 |
| 2.3.2 SNP calling时参考序列的选择 | 第40-41页 |
| 2.3.3 测序量和测序质量在SNP发掘中的作用 | 第41-43页 |
| 第3章 大黄鱼基因组SNP标记挖掘 | 第43-52页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 3.1.1 实验材料及DNA提取 | 第43页 |
| 3.1.2 建库及测序 | 第43-45页 |
| 3.1.3 SNP发掘及统计分析 | 第45页 |
| 3.2 结果与分析 | 第45-50页 |
| 3.2.1 建库抽样分析 | 第45-48页 |
| 3.2.2 GBS测序结果统计 | 第48页 |
| 3.2.3 SNP统计分析 | 第48-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-52页 |
| 3.3.1 简化基因组文库构建 | 第50页 |
| 3.3.2 基于基因组开发SNP标记 | 第50-52页 |
| 第4章 大黄鱼转录组SNP标记开发与验证 | 第52-62页 |
| 4.1 材料与方法 | 第52-54页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第52页 |
| 4.1.2 RNA提取 | 第52-53页 |
| 4.1.3 RNA-seq | 第53页 |
| 4.1.4 SNP开发 | 第53-54页 |
| 4.2 结果与分析 | 第54-60页 |
| 4.2.1 Illumina测序结果与分析 | 第54-56页 |
| 4.2.2 454 测序结果与分析 | 第56-60页 |
| 4.3 讨论 | 第60-62页 |
| 4.3.1 RNA-seq测序 | 第60页 |
| 4.3.2 基于转录组开发SNP | 第60-62页 |
| 第5章 大黄鱼生长性状的QTL定位 | 第62-67页 |
| 5.1 材料与方法 | 第62-63页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第62页 |
| 5.1.2 基于连锁分析的QTL定位 | 第62页 |
| 5.1.3 基于全基因组关联分析的性状研究 | 第62-63页 |
| 5.2 结果与分析 | 第63-65页 |
| 5.2.1 基于连锁分析的QTL定位 | 第63页 |
| 5.2.2 基于关联分析的性状研究 | 第63-65页 |
| 5.3 讨论 | 第65-67页 |
| 5.3.1 QTL定位 | 第65页 |
| 5.3.2 生长性状标记的定位 | 第65-66页 |
| 5.3.3 GWAS在鱼类中的应用前景 | 第66-67页 |
| 第6章 研究结论、创新点及展望 | 第67-69页 |
| 6.1 研究结论 | 第67页 |
| 6.2 创新点 | 第67页 |
| 6.3 展望 | 第67-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-80页 |
| 在校期间发表的论文 | 第80页 |
