| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1、绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 植物转录资源相关知识背景 | 第10-12页 |
| 1.2.1 mRNA(信使核糖核酸)的概念 | 第10页 |
| 1.2.2 miRNA(micro RNA)的形成和生物学功能 | 第10-11页 |
| 1.2.3 lncRNA(长链非编码RNA)的形成和生物学功能 | 第11-12页 |
| 1.2.4 phasiRNA的形成和生物学功能 | 第12页 |
| 1.3 转录组测序原理及应用 | 第12-15页 |
| 1.3.1 RNA-seq(RNA sequencing)测序、分析及应用 | 第12-14页 |
| 1.3.2 sRNA-seq(small RNA sequencing)测序、分析及应用 | 第14-15页 |
| 1.4 研究内容及结构安排 | 第15-16页 |
| 1.4.1 研究目的及意义 | 第15页 |
| 1.4.2 研究内容及结构安排 | 第15-16页 |
| 2 、丹参转录资源分析 | 第16-28页 |
| 2.1 丹参poly(A)RNA-seq数据分析 | 第16-18页 |
| 2.1.1 丹参poly(A)RNA-seq数据采集 | 第16-17页 |
| 2.1.2 poly(A)RNA数据预处理 | 第17页 |
| 2.1.3 poly(A)RNA数据分析流程 | 第17-18页 |
| 2.1.3.1 序列拼接 | 第17-18页 |
| 2.1.3.2 poly(A)RNA分类和功能注释 | 第18页 |
| 2.1.3.3 转录组表达量分析 | 第18页 |
| 2.2 丹参小RNA (sRNA-Seq)数据分析 | 第18-19页 |
| 2.2.1 丹参sRNA-Seq数据采集 | 第18页 |
| 2.2.2 sRNA的分析流程 | 第18-19页 |
| 2.2.2.1 miRNA鉴别分析流程 | 第18-19页 |
| 2.2.2.2 小干扰RNA(siRNA)鉴别及注释分类 | 第19页 |
| 2.3 丹参酮和丹酚酸的Pathway | 第19-21页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第21-28页 |
| 2.4.1 丹参转录组分析结果 | 第21-24页 |
| 2.4.1.1 丹参转录组的拼接结果 | 第21页 |
| 2.4.1.2 组装序列长度分析 | 第21页 |
| 2.4.1.3 丹参酮及丹酚酸合成途径中的关键基因的表达序列 | 第21-23页 |
| 2.4.1.4 对编码RNA的GO注释 | 第23-24页 |
| 2.4.2 丹参小RNA分析结果 | 第24-26页 |
| 2.4.2.1 miRNA分类及表达量计算 | 第24-25页 |
| 2.4.2.2 siRNA分类 | 第25-26页 |
| 2.4.3 讨论 | 第26-28页 |
| 2.4.3.1 poly(A)RNA数据及分析方法选择 | 第26-27页 |
| 2.4.3.2 小RNA结果讨论 | 第27-28页 |
| 3、丹参数据库构建 | 第28-39页 |
| 3.1 搭建LAMP框架 | 第28-29页 |
| 3.1.1 安装Apache服务 | 第28-29页 |
| 3.1.2 安装MariaDB服务数据库 | 第29页 |
| 3.1.3 安装PHP服务 | 第29页 |
| 3.2 丹参转录资源数据导入MariaDB库 | 第29页 |
| 3.3 RNA的总览browse页面的构建 | 第29-35页 |
| 3.3.1 coding RNA浏览界面的构建 | 第30-31页 |
| 3.3.2 lncRNA浏览界面的构建 | 第31-32页 |
| 3.3.3 miRNA浏览界面的构建 | 第32-33页 |
| 3.3.4 phasiRNA浏览界面的构建 | 第33-34页 |
| 3.3.5 Pathway浏览界面构建 | 第34-35页 |
| 3.4 构建转录组资源搜索页面及实现blast功能 | 第35-37页 |
| 3.4.1 coding RNA搜索页面的构建及blast功能的实现 | 第36-37页 |
| 3.4.2 lncRNA搜索页面的构建及blast功能的实现 | 第37页 |
| 3.4.3 miRNA搜索页面的构建及blast功能的实现 | 第37页 |
| 3.4.4 phasiRNA搜索页面的构建及blast功能的实现 | 第37页 |
| 3.5 Download页面的构建 | 第37-38页 |
| 3.6 Document页面的构建 | 第38页 |
| 3.7 结果与讨论 | 第38-39页 |
| 4、总结和展望 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-44页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第44-45页 |
| 致谢 | 第45页 |
