| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩略词表 | 第15-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-25页 |
| 1.1 诺如病毒概述 | 第17-22页 |
| 1.1.1 病原学 | 第17-18页 |
| 1.1.2 流行病学特征 | 第18-19页 |
| 1.1.3 基因组学进展 | 第19-21页 |
| 1.1.4 实验室检测 | 第21-22页 |
| 1.1.5 主要问题 | 第22页 |
| 1.2 本研究的目的、内容及技术路线 | 第22-25页 |
| 1.2.1 研究目的 | 第22页 |
| 1.2.2 研究内容 | 第22-24页 |
| 1.2.3 技术路线 | 第24-25页 |
| 第二章 镇江地区肠道诺如病毒感染状况分析 | 第25-41页 |
| 2.1 材料 | 第25-28页 |
| 2.1.1 哨点医院的选择 | 第25页 |
| 2.1.2 病例定义及采样要求 | 第25-26页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第26页 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 | 第26-27页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第27页 |
| 2.1.6 主要网站及相关分析软件 | 第27页 |
| 2.1.7 统计分析 | 第27-28页 |
| 2.2 方法 | 第28-32页 |
| 2.2.1 标本的采集 | 第28页 |
| 2.2.2 临床样本处理 | 第28页 |
| 2.2.3 基因克隆引物的合成 | 第28-29页 |
| 2.2.4 RNA抽提 | 第29页 |
| 2.2.5 实时荧光聚合酶链式（PCR）反应 | 第29-30页 |
| 2.2.6 目的基因的逆转录PCR | 第30-31页 |
| 2.2.7 PCR产物电泳 | 第31页 |
| 2.2.8 序列测定及分析 | 第31页 |
| 2.2.9 相似性分析 | 第31页 |
| 2.2.10 病毒序列号 | 第31-32页 |
| 2.3 结果 | 第32-39页 |
| 2.3.1 病毒感染总体情况 | 第32页 |
| 2.3.2 实时荧光RT-PCR结果 | 第32-34页 |
| 2.3.3 按月份分布情况 | 第34-35页 |
| 2.3.4 按地区分布情况 | 第35页 |
| 2.3.5 按年龄分布情况 | 第35-36页 |
| 2.3.6 按性别分布 | 第36页 |
| 2.3.7 RT-PCR结果 | 第36-37页 |
| 2.3.8 基因型分布 | 第37-39页 |
| 2.3.9 相似性分析 | 第39页 |
| 2.4 讨论 | 第39-41页 |
| 第三章 诺如病毒进化与重组分析 | 第41-57页 |
| 3.1 材料 | 第41-42页 |
| 3.1.1 样本和软件 | 第41页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第41-42页 |
| 3.1.3 主要溶液配制 | 第42页 |
| 3.1.4 主要仪器设备 | 第42页 |
| 3.2 方法 | 第42-47页 |
| 3.2.1 NoV引物 | 第42-43页 |
| 3.2.2 GI/GII序列片段扩增 | 第43-44页 |
| 3.2.3 PCR产物电泳 | 第44页 |
| 3.2.4 核酸序列测定 | 第44页 |
| 3.2.5 序列进化分析 | 第44-45页 |
| 3.2.6 重组株的鉴定 | 第45页 |
| 3.2.7 NoV参考株 | 第45-47页 |
| 3.3 结果 | 第47-55页 |
| 3.3.1 PCR扩增结果 | 第47页 |
| 3.3.2 测序结果 | 第47-48页 |
| 3.3.3 基于RdRp区的进化分析 | 第48-50页 |
| 3.3.4 基于Capsid区（ORF2）的进化分析 | 第50-52页 |
| 3.3.5 GII.17 型的进化分析 | 第52-54页 |
| 3.3.6 重组分析 | 第54-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 第四章 诺如病毒感染与肠道菌群 | 第57-80页 |
| 4.1 材料 | 第57-58页 |
| 4.1.1 临床样本 | 第57-58页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第58页 |
| 4.1.3 主要溶液配制 | 第58页 |
| 4.1.4 主要仪器 | 第58页 |
| 4.1.5 网站及统计分析 | 第58页 |
| 4.2 方法 | 第58-62页 |
| 4.2.1 总DNA的提取 | 第58-59页 |
| 4.2.2 引物设计 | 第59页 |
| 4.2.3 PCR扩增 | 第59页 |
| 4.2.4 凝胶电泳 | 第59-60页 |
| 4.2.5 测序与数据质控 | 第60页 |
| 4.2.6 OTU分析 | 第60-61页 |
| 4.2.7 物种分类和丰度分析 | 第61页 |
| 4.2.8 Alpha多样性分析 | 第61页 |
| 4.2.9 Beta多样性分析 | 第61页 |
| 4.2.10 显著性差异分析 | 第61页 |
| 4.2.11 系统发生进化树 | 第61-62页 |
| 4.2.12 NMDS分析（非度量多维尺度分析） | 第62页 |
| 4.3 结果 | 第62-77页 |
| 4.3.1 凝胶电泳 | 第62-63页 |
| 4.3.2 数据统计 | 第63页 |
| 4.3.3 OTU分析 | 第63-68页 |
| 4.3.4 物种分类和丰度分析 | 第68-70页 |
| 4.3.5 单个样品复杂度分析 | 第70-72页 |
| 4.3.6 样品间复杂度分析 | 第72页 |
| 4.3.7 显著性差异分析 | 第72-74页 |
| 4.3.8 系统发生进化树 | 第74-75页 |
| 4.3.9 NMDS分析 | 第75-77页 |
| 4.4 讨论 | 第77-80页 |
| 第五章 主要结论及展望 | 第80-82页 |
| 5.1 主要结论 | 第80页 |
| 5.2 主要展望 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和参加的课题 | 第91-92页 |
| 发表的论文 | 第91页 |
| 参加的课题 | 第91-92页 |