| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-20页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第16-17页 |
| 1.2 蛋白质磷酸化修饰与疾病关系的研究现状 | 第17页 |
| 1.3 肺癌标记物识别研究现状 | 第17-18页 |
| 1.4 论文的研究内容 | 第18页 |
| 1.5 论文组织结构 | 第18-20页 |
| 第二章 理论基础及相关数据 | 第20-38页 |
| 2.1 图 | 第20-21页 |
| 2.2 复杂网络 | 第21-23页 |
| 2.2.1 网络的模块性 | 第21-22页 |
| 2.2.2 网络的无标度特性 | 第22-23页 |
| 2.3 图的最大匹配 | 第23-24页 |
| 2.4 疾病模块识别研究基础 | 第24-25页 |
| 2.4.1 基于基因的差异表达 | 第24-25页 |
| 2.4.2 差异网络分析 | 第25页 |
| 2.5 支持向量机分类模型 | 第25-28页 |
| 2.5.1 支持向量机的定义及推导 | 第25-26页 |
| 2.5.2 支持向量机的核函数 | 第26-28页 |
| 2.6 相关生物数据介绍 | 第28-38页 |
| 2.6.1 蛋白质磷酸化修饰 | 第28-29页 |
| 2.6.2 蛋白质激酶与底物的关系 | 第29-30页 |
| 2.6.3 基因调控网络 | 第30-32页 |
| 2.6.4 突变数据 | 第32-33页 |
| 2.6.5 基因表达数据 | 第33-35页 |
| 2.6.6 基因本体数据 | 第35-36页 |
| 2.6.7 致病基因数据库 | 第36-38页 |
| 第三章 蛋白质磷酸化与疾病 | 第38-44页 |
| 3.1 识别磷酸化突变 | 第38-39页 |
| 3.2 蛋白质磷酸化修饰与疾病的关系 | 第39-40页 |
| 3.3 磷酸化修饰的蛋白质与疾病之间的关系 | 第40页 |
| 3.4 其他翻译后修饰与磷酸化的协同作用与疾病的关系 | 第40-41页 |
| 3.5 实验结果显著性分析 | 第41-44页 |
| 3.5.1 Fisher精确检验 | 第42页 |
| 3.5.2 生物富集分析 | 第42-44页 |
| 第四章 肺癌疾病标记物识别方法 | 第44-52页 |
| 4.1 疾病模块识别算法思想 | 第44页 |
| 4.2 肺癌网络的构建 | 第44-45页 |
| 4.2.1 识别磷酸化的重连 | 第44-45页 |
| 4.2.2 构建肺癌的疾病网络 | 第45页 |
| 4.3 肺癌网络中蛋白质节点及连边权重的计算 | 第45-49页 |
| 4.3.1 蛋白质的权值 | 第45-47页 |
| 4.3.2 连边的差异共表达分数 | 第47页 |
| 4.3.3 网络可控性及随机化的匈牙利算法 | 第47-49页 |
| 4.3.4 构建加权肺癌网络 | 第49页 |
| 4.4 疾病模块识别算法 | 第49-50页 |
| 4.5 疾病相关蛋白质的预测 | 第50-52页 |
| 第五章 实验结果与分析 | 第52-66页 |
| 5.1 实验数据 | 第52-54页 |
| 5.1.1 蛋白质磷酸化修饰 | 第52页 |
| 5.1.2 突变数据 | 第52-53页 |
| 5.1.3 蛋白质激酶与底物的关系 | 第53-54页 |
| 5.1.4 组织特异的基因调控网络 | 第54页 |
| 5.1.5 基因表达数据 | 第54页 |
| 5.1.6 已知致病基因 | 第54页 |
| 5.2 蛋白质磷酸化与疾病关系的结果分析 | 第54-58页 |
| 5.2.1 磷酸化位点附近的突变与疾病的关系 | 第54-56页 |
| 5.2.2 磷酸化协同作用位点附近的突变与疾病的关系 | 第56-57页 |
| 5.2.3 磷酸化位点与致病突变之间的关系 | 第57-58页 |
| 5.3 肺癌疾病标记物识别的结果分析 | 第58-66页 |
| 5.3.1 肺癌网络的构建结果 | 第58页 |
| 5.3.2 模块识别算法的参数调优 | 第58-60页 |
| 5.3.3 肺癌的疾病模块识别结果分析 | 第60-62页 |
| 5.3.4 肺癌相关蛋白质预测结果 | 第62-66页 |
| 第六章 总结与展望 | 第66-68页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第66页 |
| 6.2 进一步的研究方向 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-74页 |
| 致谢 | 第74-76页 |
| 作者简介 | 第76-78页 |