改进的网络模体发现算法及模体功能分析
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-19页 |
| 1.1 研究背景 | 第15-16页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第16-17页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第17页 |
| 1.4 本文主要工作及内容安排 | 第17-19页 |
| 第二章 改进的网络模体发现算法 | 第19-33页 |
| 2.1 网络模体和模体发现算法回顾 | 第19-24页 |
| 2.1.1 网络模体 | 第19-20页 |
| 2.1.2 网络模体发现问题 | 第20-22页 |
| 2.1.3 模体发现算法回顾 | 第22-24页 |
| 2.2 新的局部结构特征表示法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 问题与动机 | 第24-25页 |
| 2.2.2 改进的局部结构特征表示法 | 第25-27页 |
| 2.2.3 特征表示方法改进后的效果 | 第27-29页 |
| 2.3 基于特征空间的聚类 | 第29-31页 |
| 2.3.1 聚类算法的参数优化 | 第29-31页 |
| 2.3.2 模体判定准则 | 第31页 |
| 2.4 改进的网络模体发现算法步骤 | 第31-32页 |
| 2.5 本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 算法实验分析 | 第33-51页 |
| 3.1 实验平台 | 第33页 |
| 3.2 仿真数据与实验 | 第33-44页 |
| 3.2.1 简单的仿真网络实验与分析 | 第33-36页 |
| 3.2.2 随机网络的生成 | 第36-38页 |
| 3.2.3 复杂的仿真网络实验与分析 | 第38-44页 |
| 3.3 基于真实网络的实验及与其他算法的比较 | 第44-49页 |
| 3.3.1 实验用数据 | 第44-45页 |
| 3.3.2 与其他模体发现算法的运行效率比较 | 第45-46页 |
| 3.3.3 与其他模体发现算法的结果比较 | 第46-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 生物模体功能分析 | 第51-63页 |
| 4.1 生物信息数据库 | 第51-53页 |
| 4.1.1 GO数据库 | 第51-52页 |
| 4.1.2 DAVID数据库 | 第52页 |
| 4.1.3 其他数据库 | 第52-53页 |
| 4.2 模体功能分析方法 | 第53-56页 |
| 4.2.1 功能注释分析 | 第53-54页 |
| 4.2.2 富集分析 | 第54-56页 |
| 4.3 大肠杆菌转录网络模体功能分析 | 第56-61页 |
| 4.4 本章小结 | 第61-63页 |
| 第五章 总结与展望 | 第63-65页 |
| 5.1 总结 | 第63-64页 |
| 5.2 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 作者简介 | 第71-72页 |
