| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第一章 概述 | 第13-36页 |
| 1.1 引言 | 第13-15页 |
| 1.2 禽流感病毒的形态和结构 | 第15-16页 |
| 1.3 禽流感病毒的基因组组成与编码蛋白质的功能 | 第16-24页 |
| 1.3.1 血凝素(Hemagglutinin, HA) | 第17-19页 |
| 1.3.2 神经氨酸酶(Neuraminidase, NA) | 第19-20页 |
| 1.3.3 聚合酶蛋白(Polymerase, PB2、PA 和 PB1) | 第20-21页 |
| 1.3.4 核蛋白(Nucleoprotein, NP) | 第21-22页 |
| 1.3.5 基质蛋白(Matrix Proteins, M1 和 M2) | 第22-24页 |
| 1.3.6 非结构蛋白(Nonstructural Proteins, NS1 和 NS2) | 第24页 |
| 1.4 禽流感病毒的致病性 | 第24-26页 |
| 1.4.1 禽流感的病理特征 | 第24-25页 |
| 1.4.2 H5N1 高致病禽流感的临床特征 | 第25-26页 |
| 1.4.3 高致病禽流感的鉴定标准 | 第26页 |
| 1.5 禽流感致病性的研究现状 | 第26-32页 |
| 1.5.1 HA 是禽流感病毒毒力的主要决定因素 | 第26-30页 |
| 1.5.2 NA 对禽流感病毒的毒力有一定的作用 | 第30页 |
| 1.5.3 PB2、PA、PB1 单个氨基酸的变化就可能导致流感病毒毒力很大的改变 | 第30-31页 |
| 1.5.4 NS1 对于禽流感病毒在细胞水平上与宿主的相互作用起重要作用 | 第31页 |
| 1.5.5 其它基因产物 | 第31-32页 |
| 1.6 论文的目的与意义 | 第32-33页 |
| 1.7 论文的主要研究内容和创新点 | 第33-36页 |
| 1.7.1 主要内容与安排 | 第33-34页 |
| 1.7.2 创新点 | 第34-36页 |
| 第二章 基于元胞自动机基因序列可视化模型的 H5N1-H5 基因序列分析 | 第36-49页 |
| 2.1 NCBI 流感病毒数据库 | 第36-37页 |
| 2.2 元胞自动机 | 第37-40页 |
| 2.2.1 元胞自动机的构成 | 第37-39页 |
| 2.2.2 元胞自动机的特征 | 第39页 |
| 2.2.3 初等元胞自动机 | 第39-40页 |
| 2.3 基于初等元胞自动机的序列可视化模型 | 第40-43页 |
| 2.3.1 核苷酸编码 | 第40-41页 |
| 2.3.2 基因序列时空演化 | 第41-42页 |
| 2.3.3 元胞自动机序列可视化模型应用于生物信息学 | 第42-43页 |
| 2.4 基于元胞自动机基因序列可视化模型的 H5N1-H5 基因序列分析 | 第43-48页 |
| 2.4.1 第 216 号规则 | 第43-45页 |
| 2.4.2 H5N1-H5 基因序列 CA 图的特点 | 第45-48页 |
| 2.4.3 H5N1-H5 指纹的基因序列特征 | 第48页 |
| 2.5 本章小结 | 第48-49页 |
| 第三章 基于同源模拟的 H5N1-H5 切割位点结构分析 | 第49-62页 |
| 3.1 同源模拟(Homologous Modeling) | 第49-50页 |
| 3.2 序列比对(Alignment) | 第50-52页 |
| 3.3 H5N1-Viet04 HA0 结构分析 | 第52-58页 |
| 3.4 H5N1-H5 切割位点片段的进化规律分析 | 第58-61页 |
| 3.5 本章小结 | 第61-62页 |
| 第四章 基于蛋白酶底物选择性的 H5N1 高致病的根本原因及进化规律分析 | 第62-95页 |
| 4.1 分子对接 | 第62-67页 |
| 4.2 蛋白酶 | 第67-74页 |
| 4.2.1 丝氨酸蛋白酶(Serine) | 第67-68页 |
| 4.2.2 胰蛋白酶(Trypsin) | 第68-71页 |
| 4.2.3 弗林蛋白酶(Furin) | 第71-74页 |
| 4.3 不同切割位点片段与胰蛋白酶的对接模拟 | 第74-80页 |
| 4.3.1 九肽‘RERRRKKR↓G’与胰蛋白酶的对接模拟 | 第74-78页 |
| 4.3.2 六肽‘SIQSR↓G’与胰蛋白酶的对接模拟 | 第78-79页 |
| 4.3.3 结论 | 第79-80页 |
| 4.4 不同切割位点片段与弗林蛋白酶的对接模拟 | 第80-90页 |
| 4.4.1 九肽‘RERRRKKR↓G’与弗林蛋白酶的对接模拟 | 第80-90页 |
| 4.4.2 六肽‘SIQSR↓G’与弗林蛋白酶的对接模拟 | 第90页 |
| 4.4.3 结论 | 第90页 |
| 4.5 H5N1-H5 切割位点突变对高致病性产生的影响 | 第90-93页 |
| 4.6 本章小结 | 第93-95页 |
| 第五章 基于大流感基因序列特征的 H5N1 人际传染性研究 | 第95-103页 |
| 5.1 大流感基因序列特征 | 第95-99页 |
| 5.2 H5N1 的人际传染性 | 第99页 |
| 5.3 大流感病毒形成机制预测 | 第99-102页 |
| 5.4 本章小结 | 第102-103页 |
| 第六章 总结和展望 | 第103-107页 |
| 6.1 本文研究总结 | 第103-105页 |
| 6.1.1 元胞自动机在 H5N1-H5 基因序列特征提取中的应用 | 第103页 |
| 6.1.2 H5N1-H5 三维结构的重建 | 第103-104页 |
| 6.1.3 分子对接在分子水平上研究 H5N1 高致病机理中的应用 | 第104页 |
| 6.1.4 H5N1 高致病进化规律分析及预测 | 第104页 |
| 6.1.5 大流感基因序列特征的提取及大流感预测 | 第104-105页 |
| 6.2 课题研究展望 | 第105-107页 |
| 6.2.1 生物实验的验证 | 第105页 |
| 6.2.2 H5N1 血凝素蛋白切割位点与其它蛋白酶的相互作用 | 第105-107页 |
| H5N1-H5 序列信息列表（附录一） | 第107-121页 |
| 参考文献 | 第121-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 攻读博士期间以第一作者完成的学术论文 | 第132-134页 |
