| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 符号及缩略语说明 | 第13-15页 |
| 第1章 文献综述 | 第15-35页 |
| 1.1 全基因组测序技术及其在微生物研究中的应用 | 第15-22页 |
| 1.1.1 全基因组测序技术 | 第15-20页 |
| 1.1.2 微生物基因组测序的应用 | 第20-22页 |
| 1.2 放线菌基因组研究进展 | 第22-34页 |
| 1.2.1 放线菌基因组特征 | 第22-24页 |
| 1.2.2 放线菌天然产物的基因组挖掘 | 第24-31页 |
| 1.2.2.1 生物信息学分析预测基因簇 | 第26-28页 |
| 1.2.2.2 隐藏基因簇的基因组挖掘 | 第28-30页 |
| 1.2.2.3 沉默基因簇的基因组挖掘 | 第30-31页 |
| 1.2.3 拟无枝酸菌基因组研究进展 | 第31-34页 |
| 1.2.3.1 已测序的拟无枝酸菌基因组 | 第31-32页 |
| 1.2.3.2 拟无枝酸菌内源质粒的测序及研究进展 | 第32-34页 |
| 1.3 立题依据 | 第34-35页 |
| 第2章 东方拟无枝酸菌HCCB10007基因组与比较基因组分析 | 第35-69页 |
| 2.1 材料 | 第35页 |
| 2.2 方法 | 第35-37页 |
| 2.2.1 东方拟无枝酸菌HCCB10007总DNA提取 | 第35页 |
| 2.2.2 东方拟无枝酸菌HCCB10007基因组测序和拼接流程 | 第35-36页 |
| 2.2.3 东方拟无枝酸菌HCCB10007基因组注释 | 第36页 |
| 2.2.4 次级代谢生物合成基因簇及其产物结构的预测 | 第36页 |
| 2.2.5 AORI_0725敲除质粒pLY0725D构建 | 第36页 |
| 2.2.6 AORI_0725敲除突变株D0725的筛选 | 第36-37页 |
| 2.2.7 突变株D0725与野生菌HCCB10007万古霉素产量的比较 | 第37页 |
| 2.3 结果与分析 | 第37-67页 |
| 2.3.1 东方拟无枝酸菌总DNA提取结果 | 第37-38页 |
| 2.3.2 东方拟无枝酸菌基因组测序和注释结果 | 第38-43页 |
| 2.3.3 东方拟无枝酸菌染色体基因组特征分析及比较基因组研究 | 第43-50页 |
| 2.3.3.1 染色体基因组总体特征 | 第43-45页 |
| 2.3.3.2 与地中海拟无枝酸菌的比较基因组分析 | 第45-50页 |
| 2.3.4 次级代谢生物合成基因簇的预测 | 第50-61页 |
| 2.3.4.1 萜类化合物次级代谢生物合成途径的预测 | 第51-53页 |
| 2.3.4.2 NRPS、PKS次级代谢生物合成基因簇的预测 | 第53-61页 |
| 2.3.5 碳源利用与硝酸盐效应的分析与验证 | 第61-63页 |
| 2.3.6 万古霉素前体D-亮氨酸来源分析与验证 | 第63-67页 |
| 2.3.6.1 万古霉素合成途径以及D-亮氨酸的消旋酶基因的分析 | 第63-65页 |
| 2.3.6.2 AORI_0725消旋酶基因的敲除与发酵验证 | 第65-67页 |
| 2.4 本章小结 | 第67-69页 |
| 第3章 基因组信息在放线菌分类中的应用 | 第69-79页 |
| 3.1 材料 | 第69页 |
| 3.2 方法 | 第69页 |
| 3.3 结果与分析 | 第69-77页 |
| 3.3.1 细胞壁化学成分在基因组中的分子证据 | 第69-74页 |
| 3.3.1.1 阿拉伯糖在基因组中的分子证据 | 第70-71页 |
| 3.3.1.2 甘氨酸在基因组中分子证据 | 第71-72页 |
| 3.3.1.3 二胺基庚二酸在基因组中的分子证据 | 第72-73页 |
| 3.3.1.4 分枝菌酸在基因组中的分子证据 | 第73-74页 |
| 3.3.2 磷酸类脂在基因组中的分子证据 | 第74-76页 |
| 3.3.3 醌在基因组中的分子证据 | 第76-77页 |
| 3.4 本章小结 | 第77-79页 |
| 第4章 东方拟无枝酸菌HCCB10007新次生代谢物的挖掘 | 第79-105页 |
| 4.1 材料 | 第79-80页 |
| 4.1.1 菌株和质粒 | 第79页 |
| 4.1.2 仪器设备 | 第79-80页 |
| 4.2 方法 | 第80-85页 |
| 4.2.1 东方拟无枝酸菌HCCB10007及相关突变株的培养 | 第80页 |
| 4.2.2 东方拟无枝酸菌HCCB10007 RNA的提取与RT-PCR | 第80-81页 |
| 4.2.3 PCR扩增 | 第81页 |
| 4.2.4 质粒的酶切与连接 | 第81-82页 |
| 4.2.5 大肠杆菌DH5α的化学转化 | 第82页 |
| 4.2.6 大肠杆菌(JM110或ET12567/pUZ8002)的电转化 | 第82页 |
| 4.2.7 大肠杆菌JM110与东方拟无枝酸菌DVE的电转移 | 第82-83页 |
| 4.2.8 大肠杆菌ET12567/pUZ8002与东方拟无枝酸菌DVE的接合转移 | 第83页 |
| 4.2.9 敲除突变株的筛选与验证 | 第83-85页 |
| 4.2.10 CAS固体双层平板检测法检测嗜铁素 | 第85-83页 |
| 4.2.11 发酵液的预处理和液相检测 | 第83-84页 |
| 4.2.12 代谢产物的液相-质谱检测 | 第84页 |
| 4.2.13 化合物LYXLF2的分离纯化和鉴定 | 第84页 |
| 4.2.14 化合物LYXLF2活性测定 | 第84-85页 |
| 4.3 结果与分析 | 第85-103页 |
| 4.3.1 次级代谢生物合成基因簇的转录分析 | 第85-86页 |
| 4.3.2 新次生代谢物的挖掘 | 第86-94页 |
| 4.3.2.1 n_p2生物合成基因簇及其卤化酶基因的分析 | 第86-88页 |
| 4.3.2.2 AORI_5336基因缺失突变株的构建及代谢图谱的比较 | 第88-91页 |
| 4.3.2.3 次生代谢物LYXLF2的结构鉴定 | 第91-92页 |
| 4.3.2.4 次生代谢物LYXLF2的活性测定 | 第92-94页 |
| 4.3.3 次级代谢生物合成基因簇nrps3代谢产物的检测 | 第94-95页 |
| 4.3.4 其他代谢产物的挖掘及其合成基因的分析 | 第95-103页 |
| 4.3.4.1 卟琳类化合物及其合成基因 | 第95-100页 |
| 4.3.4.2 鸟氨酰脂化合物及其合成基因 | 第100-102页 |
| 4.3.4.3 鼠李糖异黄酮化合物及其合成基因 | 第102-103页 |
| 4.4 本章小结 | 第103-105页 |
| 第5章 东方拟无枝酸菌HCCB10007内源质粒的研究 | 第105-115页 |
| 5.1 材料 | 第105-106页 |
| 5.1.1 菌株与质粒 | 第105-106页 |
| 5.1.2 仪器设备 | 第106页 |
| 5.2 方法 | 第106-108页 |
| 5.2.1 东方拟无枝酸菌HCCB10007内源质粒的提取 | 第106-107页 |
| 5.2.2 内源质粒最小复制区鉴定的质粒构建与转化 | 第107页 |
| 5.2.3 穿梭质粒拷贝数的鉴定 | 第107页 |
| 5.2.4 质粒pLYZWG和pLYZWE的构建与转化 | 第107-108页 |
| 5.3 结果与分析 | 第108-113页 |
| 5.3.1 东方拟无枝酸菌内源质粒复制子的鉴定与分析 | 第108-110页 |
| 5.3.1.1 复制子的鉴定 | 第108-109页 |
| 5.3.1.2 复制子的分析 | 第109-110页 |
| 5.3.2 东方拟无枝酸菌内源质粒复制子的应用 | 第110-113页 |
| 5.3.2.1 穿梭质粒pLYZW7-3的构建 | 第110-111页 |
| 5.3.2.2 穿梭质粒pLYZW7-3的宿主宽泛性考察 | 第111-112页 |
| 5.3.2.3 穿梭质粒pLYZW7-3的应用性考察 | 第112-113页 |
| 5.4 本章小结 | 第113-115页 |
| 全文讨论 | 第115-117页 |
| 全文总结 | 第117-119页 |
| 研究展望 | 第119-121页 |
| 本文的创新之处 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-141页 |
| 附录 | 第141-151页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文和专利 | 第151-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
