| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第7-12页 |
| 1.1 基因序列测序技术的发展 | 第7-8页 |
| 1.2 ChIP-chip与ChIP-Seq技术的发展和比较 | 第8-10页 |
| 1.3 本课题研究的目的以及意义 | 第10页 |
| 1.4 本文的研究内容 | 第10-12页 |
| 第二章 国内DNA模体数据库及基于ChIP-Seq数据挖掘工具的发展现状 | 第12-18页 |
| 2.1 综合性软件：MEMESUIT、RSAT peak-模体、HOMER | 第12-13页 |
| 2.2 单一性性软件：ChIPMunk、SIOMICS | 第13页 |
| 2.3 DNA模体数据库的广泛度的汇总 | 第13-18页 |
| 第三章DNA模体挖掘软件比较 | 第18-22页 |
| 3.1 特征比较 | 第18-20页 |
| 3.2 算法比较 | 第20-22页 |
| 第四章 数据处理流程 | 第22-38页 |
| 4.1 虚拟数据收集及设计 | 第22-24页 |
| 4.2 虚拟数据预处理 | 第24-28页 |
| 4.3 实际数据收集 | 第28-32页 |
| 4.4 实际数据集预处理 | 第32-33页 |
| 4.5 模体挖掘数据处理 | 第33-38页 |
| 第五章 结论及展望 | 第38-46页 |
| 5.1 软件运行时间统计 | 第38-40页 |
| 5.2 挖掘出的模体特征统计 | 第40-42页 |
| 5.3 软件准确度和灵敏度测评 | 第42-46页 |
| 参考文献 | 第46-49页 |
| 附录一 | 第49-53页 |
| 附录二 | 第53-62页 |
| 附录三 | 第62-75页 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
