| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-40页 |
| 第一节 分子标记技术及其在水产养殖中的应用 | 第15-28页 |
| ·DNA 分子标记技术的类型及代表性分子标记技术简介 | 第16-21页 |
| ·以分子杂交为基础的 DNA 标记技术 | 第16-17页 |
| ·以 PCR 技术为核心的 DNA 标记技术 | 第17-18页 |
| ·基于PCR 与限制性酶切技术结合的DNA 标记 | 第18-19页 |
| ·以测序为基础的新型分子标记 | 第19-21页 |
| ·DNA 分子标记在水产养殖中的研究应用概述 | 第21-28页 |
| ·种群遗传结构与多样性分析 | 第22-24页 |
| ·个体识别与亲缘关系分析 | 第24-25页 |
| ·杂交育种 | 第25-26页 |
| ·标记辅助选择(Marker Assisted Selection, MAS) 育种 | 第26-28页 |
| 第二节 水产养殖动物遗传连锁图谱构建的研究进展 | 第28-36页 |
| ·遗传连锁图谱的作图原理 | 第28-29页 |
| ·遗传连锁图谱构建的基本步骤 | 第29-32页 |
| ·作图标记的选择 | 第29-30页 |
| ·作图群体的建立 | 第30-31页 |
| ·作图群体大小的确定 | 第31页 |
| ·连锁分析 | 第31-32页 |
| ·水产养殖动物遗传连锁图谱构建进展 | 第32-36页 |
| 第三节 仿刺参的遗传学研究概况 | 第36-39页 |
| ·遗传多样性研究 | 第37-38页 |
| ·遗传连锁图谱的构建 | 第38-39页 |
| 第四节 本研究的意义和目的 | 第39-40页 |
| 第二章 仿刺参微卫星标记的筛选与评价 | 第40-70页 |
| 第一节 从EST 文库中筛选仿刺参的微卫星标记 | 第42-51页 |
| ·实验材料 | 第42页 |
| ·实验方法 | 第42-45页 |
| ·DNA 的提取 | 第42-43页 |
| ·仿刺参微卫星序列的查找与分析 | 第43页 |
| ·引物的设计、优化和多态性检测 | 第43-45页 |
| ·实验结果 | 第45-49页 |
| ·微卫星DNA 序列筛查及聚类分析 | 第45-47页 |
| ·引物设计及优化结果 | 第47-48页 |
| ·位点主要遗传学参数的计算 | 第48-49页 |
| ·讨论 | 第49-51页 |
| ·利用EST 文库筛选仿刺参微卫星标记的可行性 | 第49-50页 |
| ·EST 文库中微卫星的重复类型 | 第50页 |
| ·EST-SSR 在应用上的优点 | 第50-51页 |
| 第二节 利用富集文库-菌落原位杂交法筛选仿刺参的微卫星标记 | 第51-70页 |
| ·实验材料 | 第51页 |
| ·仿刺参样品 | 第51页 |
| ·主要试剂和耗材 | 第51页 |
| ·实验方法 | 第51-60页 |
| ·基因组DNA 的提取与检测 | 第51-52页 |
| ·富集文库的构建 | 第52-59页 |
| ·序列的测定及测序结果的处理 | 第59-60页 |
| ·微卫星位点的筛查 | 第60页 |
| ·实验结果 | 第60-65页 |
| ·基因组DNA 的提取 | 第60-61页 |
| ·基因组 DNA 的酶切和回收 | 第61页 |
| ·回收片段的平端接头连接 | 第61-62页 |
| ·阳性克隆的扫描 | 第62页 |
| ·序列分析和引物设计 | 第62-64页 |
| ·微卫星位点的多态性分析 | 第64-65页 |
| ·讨论 | 第65-70页 |
| ·微卫星筛选方法比较 | 第65-67页 |
| ·影响富集文库构建效率的因素 | 第67-68页 |
| ·EST -SSRs 与Genomic-SSRs 的多态性比较 | 第68-70页 |
| 第三章 全基因组扩增技术在仿刺参微卫星位点基因型检测中的应用 | 第70-85页 |
| 第一节 实验材料与实验方法 | 第71-75页 |
| ·实验材料 | 第71页 |
| ·实验方法 | 第71-75页 |
| ·使用全基因组扩增试剂盒扩增子代幼虫DNA | 第71-72页 |
| ·MDA 技术应用于SSR 分型的灵敏度检测 | 第72-73页 |
| ·MDA 技术应用于SSR 分型的准确率检测 | 第73-75页 |
| 第二节 实验结果 | 第75-80页 |
| ·使用MDA 试剂盒扩增仿刺参幼虫DNA | 第75-76页 |
| ·MDA 技术应用于SSR 分型的灵敏度检测 | 第76-77页 |
| ·MDA 技术应用于SSR 分型的准确率检测 | 第77-80页 |
| 第三节 讨论 | 第80-85页 |
| ·多重置换扩增技术 | 第80-81页 |
| ·MDA 技术应用于仿刺参幼虫基因组SSR 分型的可行性分析 | 第81-83页 |
| ·MDA 技术在应用于微卫星位点检测时产生错误扩增的可能原因 | 第83-85页 |
| 第4章 微卫星标记在仿刺参家系鉴定中的应用 | 第85-101页 |
| 第一节 实验材料与实验方法 | 第86-91页 |
| ·实验材料 | 第86-87页 |
| ·仿刺参家系构建 | 第86-87页 |
| ·基因组DNA 的获得 | 第87页 |
| ·实验方法 | 第87-91页 |
| ·PCR 扩增及扩增片段检测 | 第87-88页 |
| ·家系鉴定分析 | 第88-91页 |
| 第二节 实验结果 | 第91-98页 |
| ·微卫星位点在亲本中的扩增 | 第91-92页 |
| ·模拟分析 | 第92-95页 |
| ·微卫星鉴定准确率 | 第95页 |
| ·混养家系的鉴定 | 第95-98页 |
| 第三节 讨论 | 第98-101页 |
| ·仿刺参的亲子鉴定 | 第98-99页 |
| ·模拟分析与实际检验 | 第99页 |
| ·影响亲子鉴定准确率的因素 | 第99-101页 |
| 第五章 仿刺参微卫星遗传连锁图谱的构建 | 第101-116页 |
| 第一节 实验材料与方法 | 第102-106页 |
| ·作图家系构建 | 第102页 |
| ·基因组DNA 的提取 | 第102页 |
| ·微卫星标记分析 | 第102-104页 |
| ·连锁分析与作图 | 第104-106页 |
| ·图谱的构建 | 第104-105页 |
| ·遗传图谱预期长度和覆盖率的计算 | 第105-106页 |
| 第二节 实验结果 | 第106-112页 |
| ·微卫星标记分析 | 第106页 |
| ·连锁图谱概况 | 第106-112页 |
| 第三节 讨论 | 第112-116页 |
| ·用于连锁图谱构建的标记 | 第112页 |
| ·以仿刺参幼虫为材料构建遗传连锁图谱 | 第112-113页 |
| ·连锁群数目与单倍染色体数目 | 第113页 |
| ·偏分离标记 | 第113-114页 |
| ·无效等位基因 | 第114-116页 |
| 第六章 总结 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-132页 |
| 附表 本文开发的仿刺参的微卫星标记 | 第132-158页 |
| 攻读博士学位期间完成的论文、申请的专利和获得的奖励 | 第158-159页 |
| 致谢 | 第159页 |
