| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩略词表 | 第14-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-45页 |
| 1.1 植物对病原物的免疫反应 | 第17-19页 |
| 1.2 植物内源RNA Silencing | 第19-24页 |
| 1.2.1 什么是RNA Silencing | 第19-20页 |
| 1.2.2 RNA Silencing信号在植物内的非细胞自主性 | 第20-21页 |
| 1.2.3 植物内源小RNA种类 | 第21-22页 |
| 1.2.4 RNA沉默的抗病毒作用 | 第22-23页 |
| 1.2.5 植物病毒编码的沉默抑制子 | 第23-24页 |
| 1.3 拟南芥内源RNA沉默相关的蛋白 | 第24-32页 |
| 1.3.1 Dicer-like酶 | 第24-26页 |
| 1.3.2 Argonaute(AGO)蛋白 | 第26-30页 |
| 1.3.3 RDR以及其他参与RNA沉默途径的蛋白 | 第30-32页 |
| 1.4 烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV) | 第32-35页 |
| 1.5 Recovery现象 | 第35-38页 |
| 1.6 病毒诱导的基因沉默(Virus-induced gene silencing,VIGS) | 第38-39页 |
| 1.7 凹陷病毒属病毒研究进展 | 第39-44页 |
| 1.7.1 凹陷病毒属病毒分子特征 | 第41-42页 |
| 1.7.2 凹陷病毒属病毒株系分化 | 第42-43页 |
| 1.7.3 凹陷病毒属病毒寄主范围和传播方式 | 第43页 |
| 1.7.4 凹陷病毒属各个病毒之间分子和血清学关系 | 第43-44页 |
| 1.8 研究目的与意义 | 第44-45页 |
| 第二章 源于梨的ASPV分子变异及遗传进化分析 | 第45-73页 |
| 2.1 前言 | 第45-47页 |
| 2.2 材料和方法 | 第47-53页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第47页 |
| 2.2.2 RT-PCR、克隆和测序 | 第47-51页 |
| 2.2.3 序列比对,进化树、遗传距离和重组分析 | 第51页 |
| 2.2.4 选择压力分析 | 第51-53页 |
| 2.3 结果分析 | 第53-69页 |
| 2.3.1 基于ASPV CP进化树分析 | 第53-58页 |
| 2.3.2 基于ASPV TGB进化树分析 | 第58-60页 |
| 2.3.3 基于ASPV RdRP进化树分析 | 第60-63页 |
| 2.3.4 CP 5'端一种新的核苷酸插入方式 | 第63-65页 |
| 2.3.5 ASPV各基因内潜在重组事件分析 | 第65-68页 |
| 2.3.6 ASPV各基因选择压力和群体多样性分析 | 第68-69页 |
| 2.4 讨论 | 第69-73页 |
| 第三章 ASPV梨分离物HB-HN1全长和vsiRNA特性分析 | 第73-84页 |
| 3.1 前言 | 第73页 |
| 3.2 材料和方法 | 第73-75页 |
| 3.2.1 植物毒源材料 | 第73页 |
| 3.2.2 总RNA的提取,RT-PCR以及克隆测序 | 第73页 |
| 3.2.3 5'-RACE,3'-RACE | 第73页 |
| 3.2.4 HB-HN1沙梨样品小RNA测序 | 第73-75页 |
| 3.3 结果与分析 | 第75-83页 |
| 3.3.1 HB-HN1基因组全长分析 | 第75-78页 |
| 3.3.2 HB-HN1与已报道的ASPV全长亲缘关系分析 | 第78-81页 |
| 3.3.3 源于沙梨分离物HB-HN1 ASPV-vsiRNA分析 | 第81-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-84页 |
| 第四章 不同ASPV分离物编码蛋白功能多样性分析 | 第84-107页 |
| 4.1 前言 | 第84页 |
| 4.2 材料和方法 | 第84-92页 |
| 4.2.1 菌株,载体以及试剂 | 第84页 |
| 4.2.2 本研究所用ASPV各个基因表达载体的构建 | 第84-90页 |
| 4.2.3 ASPV CP的原核诱导表达方法以及SDS-PAGE分析 | 第90页 |
| 4.2.4 不同抗ASPV CP重组外壳蛋白的抗血清的的制备 | 第90页 |
| 4.2.5 间接ELISA(Indirect ELISA,ID-ELISA)检测多克隆抗体效价 | 第90-91页 |
| 4.2.6 农杆菌侵染接种本氏烟和西方烟 | 第91页 |
| 4.2.7 Western blot分析表达的重组外壳蛋白的正确性和抗原性 | 第91-92页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第92-107页 |
| 4.3.1 不同来源ASPV分离物生物学多样性 | 第92-95页 |
| 4.3.2 不同来源ASPV CP融合蛋白制备抗血清多样性分析 | 第95-99页 |
| 4.3.3 不同来源ASPV分离物TGBp3跨膜区域多样性分析 | 第99-103页 |
| 4.3.4 ASPV各基因沉默抑制子分析 | 第103-107页 |
| 第五章 RNA沉默和P-bodies相关组份在病毒Recovery以及VIGS过程中的作用 | 第107-144页 |
| 5.1 前言 | 第107-109页 |
| 5.2 材料和方法 | 第109-118页 |
| 5.2.1 植物和病毒来源 | 第109-113页 |
| 5.2.2 总RNA提取以及Northern blot杂交 | 第113-116页 |
| 5.2.3 Western Blotting分析 | 第116-117页 |
| 5.2.4 核糖体RNA分离 | 第117-118页 |
| 5.2.5 激光共聚焦扫描显微镜观察P-bodies及其定量 | 第118页 |
| 5.3 结果 | 第118-139页 |
| 5.3.1 拟南芥RNA沉默突变体中TRV的Recovery现象 | 第118-127页 |
| 5.3.2 AGO2和AGO4突变体植株对烟草脆裂病毒更易感 | 第127-129页 |
| 5.3.3 拟南芥RNA沉默突变体中TRV诱导的基因沉默(VIGS) | 第129-133页 |
| 5.3.4 温度对dcl2/dcl3/dcl4突变体植株VIGS程度的影响 | 第133-135页 |
| 5.3.5 翻译抑制以及PB参与烟草脆裂病毒的Recovery过程 | 第135-139页 |
| 5.4 讨论 | 第139-144页 |
| 第六章 结论与展望 | 第144-149页 |
| 参考文献 | 第149-168页 |
| 附录1 本研究中使用病毒或病毒载体基因组结构 | 第168-172页 |
| 附录2 RT-PCR方法检测三种常见仁果类果树病毒结果统计表 | 第172-183页 |
| 附录3 本研究中所有测序CP克隆在GenBank上登录号汇总 | 第183-185页 |
| 附录4 本研究中所有测序TGB克隆在GenBank上登录号汇总 | 第185-187页 |
| 附录5 预测ASPV CP 6个分离物的B细胞线性表位 | 第187-189页 |
| 附录6 间接ELISA测定基于CP原核表达融合蛋白制备的多克隆抗血清的效价 | 第189-190页 |
| 附录7 多克隆抗体PAb-HB-HN6-8检测ASPV CP原核表达融合蛋白效价测定 | 第190-191页 |
| 附录8 多克隆抗体PAb-HB-HN9-3检测ASPV CP原核表达融合蛋白效价测定 | 第191-192页 |
| 附录9 多克隆抗体PAb-YN-MRS-17检测ASPV CP原核表达融合蛋白效价测定 | 第192-193页 |
| 附录10 pGEM-T载体信息 | 第193-194页 |
| 附录11 pET-28a(+)载体信息 | 第194-195页 |
| 附录12 本研究使用各类试剂配方 | 第195-199页 |
| 附录13 博士期间发表论文 | 第199-200页 |
| 致谢 | 第200-202页 |
