| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第1章 前言 | 第11-15页 |
| 1.1 致病菌对社会健康的威胁 | 第11-12页 |
| 1.2 细菌基因组进化 | 第12页 |
| 1.3 毒力因子致病机制进化的研究进展 | 第12-13页 |
| 1.3.1. 毒力因子分子拟态的研究机制 | 第12-13页 |
| 1.3.2. 伯克氏菌抗自噬的进化机制的研究进展 | 第13页 |
| 1.4 论文的研究内容和创新点 | 第13-15页 |
| 1.4.1. 论文的研究内容 | 第13-14页 |
| 1.4.2. 论文的创新点 | 第14-15页 |
| 第2章 致病菌分子拟态的进化研究 | 第15-37页 |
| 2.1 概述 | 第15-19页 |
| 2.1.1. 细菌的分类 | 第15页 |
| 2.1.2. 毒力因子的定义 | 第15-16页 |
| 2.1.3. 毒力因子的分类 | 第16页 |
| 2.1.4. 分子拟态的作用机制 | 第16-17页 |
| 2.1.5. 分子拟态进化机制的研究进展 | 第17-18页 |
| 2.1.6. 研究对象的选取 | 第18页 |
| 2.1.7. neuB | 第18-19页 |
| 2.1.8. neuB的毒力作用和拟态作用 | 第19页 |
| 2.2 材料与方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1. 数据集的选取 | 第19-20页 |
| 2.2.2. 直系同源蛋白的同源搜索 | 第20页 |
| 2.2.3. 细菌致病性的分类 | 第20-21页 |
| 2.2.4. 分子拟态机制的预测 | 第21页 |
| 2.2.5. 分子拟态探究性数据集的选取 | 第21页 |
| 2.2.6. neuB同源蛋白的搜索 | 第21页 |
| 2.2.7. neuB的物种分布 | 第21页 |
| 2.2.8. 人和细菌neuB的序列相似性分析 | 第21-22页 |
| 2.2.9. neuB的系统发生分析 | 第22页 |
| 2.2.10. 核酸组成的分析 | 第22页 |
| 2.3 探寻潜在分子拟态功能的毒力因子 | 第22-25页 |
| 2.3.1. 对细菌毒力因子进行系统分类 | 第22-23页 |
| 2.3.2. 探寻具有潜在分子拟态功能的毒力因子 | 第23-25页 |
| 2.4 拟态基因neuB进化机制的研究 | 第25-34页 |
| 2.4.1. neuB的分布 | 第25-28页 |
| 2.4.2. 细菌和真核neuB的序列相似性分析 | 第28-29页 |
| 2.4.3. neuB的系统发生分析 | 第29-31页 |
| 2.4.4. neuB基因和其所在基因组的核苷酸组成分析 | 第31-33页 |
| 2.4.5. 不同物种中的neuB产物的功能分析 | 第33-34页 |
| 2.5 讨论与小结 | 第34-37页 |
| 第3章 伯克氏菌抗自噬基因bopA的进化机制 | 第37-50页 |
| 3.1 概述 | 第37-39页 |
| 3.1.1. 宿主的自噬功能 | 第37-38页 |
| 3.1.2. 致病菌抗自噬机制 | 第38页 |
| 3.1.3. 伯克氏菌的抗自噬机制 | 第38-39页 |
| 3.2 材料和方法 | 第39-41页 |
| 3.2.1. 数据集的选取 | 第39页 |
| 3.2.2. BopA菌株分布研究 | 第39-40页 |
| 3.2.3. 序列相似性分析 | 第40页 |
| 3.2.4. 核算组分分析 | 第40页 |
| 3.2.5. Motif的预测 | 第40页 |
| 3.2.6. 系统发生分析 | 第40页 |
| 3.2.7. 正选择分析 | 第40-41页 |
| 3.3 伯克氏菌自噬基因BOPA的进化起源 | 第41-48页 |
| 3.3.1. BopA基因的分布 | 第41-42页 |
| 3.3.2. BopA和其所在基因组核算组分分析 | 第42-44页 |
| 3.3.3. BopA中自噬相关motif的寻找 | 第44-47页 |
| 3.3.4. BopA的正选择分析 | 第47-48页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第48-50页 |
| 第4章 总结 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-58页 |
| 附录 | 第58-68页 |
| 附表一：毒力因子的分类 | 第58-66页 |
| 附录二：具有潜在分子拟态功能的毒力因子 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68页 |