| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号与缩略语说明 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-30页 |
| 1.1 四氢呋喃简介 | 第15-18页 |
| 1.1.1 四氢呋喃的性质 | 第15-16页 |
| 1.1.2 国内外四氢呋喃的生产和应用 | 第16-18页 |
| 1.2 四氢呋喃对环境的污染及其危害 | 第18-19页 |
| 1.2.1 四氢呋喃对环境的影响 | 第18页 |
| 1.2.2 四氢呋喃的毒性探究 | 第18-19页 |
| 1.3 国内外对环境中四氢呋喃去除的研究进展及方法 | 第19-22页 |
| 1.3.1 环境中四氢呋喃去除的研究 | 第19-20页 |
| 1.3.2 四氢呋喃的物理去除方法及其效果 | 第20-21页 |
| 1.3.3 四氢呋喃的化学去除方法及其效果 | 第21-22页 |
| 1.4 微生物降解四氢呋喃的研究现状及其降解代谢研究 | 第22-28页 |
| 1.4.1 微生物降解四氢呋喃的降解特性 | 第22-26页 |
| 1.4.1.1 THF的厌氧降解研究 | 第22-23页 |
| 1.4.1.2 THF的好氧降解 | 第23-26页 |
| 1.4.2 四氢呋喃降解途径的研究进展 | 第26-28页 |
| 1.5 本研究的目的、意义及其主要内容 | 第28-30页 |
| 1.5.1 研究的目的和意义 | 第28-29页 |
| 1.5.2 研究的主要内容 | 第29-30页 |
| 第二章 四氢呋喃降解菌DT4质粒的消除及其特性研究 | 第30-39页 |
| 2.1 引言 | 第30-31页 |
| 2.2 实验材料 | 第31-32页 |
| 2.2.1 试剂和所用仪器 | 第31-32页 |
| 2.2.2 培养基 | 第32页 |
| 2.3 实验方法 | 第32-34页 |
| 2.3.1 菌株DT4的活化及其质粒检测方法： | 第32页 |
| 2.3.2 提取质粒 | 第32-33页 |
| 2.3.3 菌株DT4质粒的消除 | 第33页 |
| 2.3.4 变温培养经消除剂处理过的菌株DT4 | 第33-34页 |
| 2.3.5 菌株DT4消除质粒后对THF的降解研究 | 第34页 |
| 2.3.6 质粒消除后菌株DT4对抗生素的抗性研究 | 第34页 |
| 2.4 结果与分析 | 第34-38页 |
| 2.4.1 质粒的检测及其验证 | 第34-35页 |
| 2.4.2 质粒消除的最佳条件和消除效果 | 第35-37页 |
| 2.4.3 质粒消除后的菌株DT4对THF的降解研究 | 第37页 |
| 2.4.4 质粒消除后的菌株DT4对抗生素的抗性研究 | 第37-38页 |
| 2.5 本章小结 | 第38-39页 |
| 第三章 Pseudomonas oleovorans DT4全基因组测序及功能注释分析 | 第39-55页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第40-44页 |
| 3.2.1 菌株、试剂与培养基 | 第40页 |
| 3.2.2 基因组DNA提取 | 第40页 |
| 3.2.3 全基因组序列上机文库的构建 | 第40-41页 |
| 3.2.4 基因组序列的组装 | 第41-43页 |
| 3.2.5 生物信息学分析 | 第43-44页 |
| 3.2.5.1 基因预测 | 第43页 |
| 3.2.5.2 ncRNA预测 | 第43页 |
| 3.2.5.3 基因功能注释 | 第43-44页 |
| 3.3 结果与分析 | 第44-54页 |
| 3.3.1 菌株DT4基因组DNA提取 | 第44页 |
| 3.3.2 测序数据与基因组拼接 | 第44-45页 |
| 3.3.2.1 测序数据量 | 第44-45页 |
| 3.3.2.2 基因组序列的组装 | 第45页 |
| 3.3.3 菌株DT4基因组注释 | 第45-54页 |
| 3.3.3.1 预测基因结果 | 第46页 |
| 3.3.3.2 Non-coding ribonucleic acid（ncRNA）的预测结果 | 第46-48页 |
| 3.3.3.3 基因功能注释结果 | 第48-49页 |
| 3.3.3.4 COG功能分类 | 第49-51页 |
| 3.3.3.5 GO分类 | 第51-52页 |
| 3.3.3.6 KEGG通路 | 第52-53页 |
| 3.3.3.7 THF降解代谢相关基因分析 | 第53-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 转座子突变文库的构建和突变株的筛选 | 第55-65页 |
| 4.1 引言 | 第55-56页 |
| 4.2 实验材料 | 第56页 |
| 4.2.1 菌株和质粒 | 第56页 |
| 4.2.2 试剂、实验仪器及培养基 | 第56页 |
| 4.3 实验方法 | 第56-61页 |
| 4.3.1 菌株的培养 | 第56-57页 |
| 4.3.2 转座子随机插入突变 | 第57-58页 |
| 4.3.3 四氢呋喃降解失活突变株的选育 | 第58-59页 |
| 4.3.4 转座子上特异性标签的PCR验证 | 第59-60页 |
| 4.3.5 四氢呋喃降解失活突变株降解种子液的制备 | 第60-61页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第61-64页 |
| 4.4.1 菌株DT4转座子突变的最适条件 | 第61-62页 |
| 4.4.2 菌株DT4转座突变的效率 | 第62-64页 |
| 4.4.3 代表性突变菌株的表型分析 | 第64页 |
| 4.5 本章小结 | 第64-65页 |
| 第五章 四氢呋喃相关降解基因的克隆及其功能鉴定 | 第65-77页 |
| 5.1 引言 | 第65页 |
| 5.2 实验材料与方法 | 第65-72页 |
| 5.2.1 试剂与培养基 | 第65页 |
| 5.2.2 菌株、质粒以及实验仪器 | 第65-66页 |
| 5.2.3 菌株活化培养 | 第66页 |
| 5.2.4 分子生物学实验方法 | 第66-67页 |
| 5.2.5 SEFA-PCR法克隆突变基因 | 第67-70页 |
| 5.2.5.1 引物设计方案 | 第67页 |
| 5.2.5.2 SEFA-PCR反应体系与运行程序 | 第67-70页 |
| 5.2.6 克隆基因序列的测定、组装和分析 | 第70页 |
| 5.2.7 orfB基因的功能互补 | 第70-72页 |
| 5.3 实验结果与讨论 | 第72-76页 |
| 5.3.1 SEFA-PCR法克隆突变基因 | 第72页 |
| 5.3.2 克隆基因片段的测序、组装和分析 | 第72-74页 |
| 5.3.3 orfB基因的功能回补 | 第74-76页 |
| 5.4 本章小结 | 第76-77页 |
| 第六章 论文总结 | 第77-79页 |
| 6.1 研究结论 | 第77-78页 |
| 6.2 创新点 | 第78页 |
| 6.3 不足与展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 作者简介 | 第86-87页 |
| 1 作者简介 | 第86页 |
| 2 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第86-87页 |
| 学位论文数据集 | 第87页 |
