| 摘要 | 第2-3页 |
| ABSTRACT | 第3-4页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第5-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-18页 |
| 1. 关于CRISPR研究的回顾 | 第8页 |
| 2. CRISPR的基本结构 | 第8-11页 |
| 2.1 重复序列 | 第9-10页 |
| 2.2 间隔序列 | 第10页 |
| 2.3 前导序列 | 第10页 |
| 2.4 Cas基因 | 第10-11页 |
| 3. CRISPR系统的作用机制 | 第11-13页 |
| 3.1 适应阶段:新间隔序列的获取 | 第11页 |
| 3.2 表达阶段:CRISPR的转录和加工 | 第11-12页 |
| 3.3 干扰阶段:crRNA干扰入侵核酸 | 第12页 |
| 3.4 区分自我和非我 | 第12-13页 |
| 4. CRISPR-Cas系统与细菌和噬菌体的共进化 | 第13-14页 |
| 4.1 CRISPR系统与细菌-噬菌体相互作用关系 | 第13-14页 |
| 4.2 噬菌体针对CRISPR/cas系统的逃逸机制 | 第14页 |
| 5. CRISPR系统的应用 | 第14-16页 |
| 5.1 利用CRISPR位点进行细菌分型 | 第14-15页 |
| 5.2 基于CRISPR位点的细菌进化分析 | 第15页 |
| 5.3 基于CRISPR/cas9系统的基因编辑技术 | 第15页 |
| 5.4 利用CRISPR/Cas系统改造抵抗噬菌体感染的工业用菌 | 第15-16页 |
| 6. CRISPR/Cas系统与细菌毒力的相关性研究 | 第16-17页 |
| 7. CRISPR研究的网络资源 | 第17页 |
| 8. 展望 | 第17-18页 |
| 引言 | 第18-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-22页 |
| 1 实验材料 | 第20页 |
| 1.1 数据来源和菌种信息 | 第20页 |
| 1.2 采用的生物信息学软件及网络服务器 | 第20页 |
| 2 实验方法 | 第20-22页 |
| 2.1 病原菌菌株的确定 | 第20-21页 |
| 2.2 CRISPR结构的识别与分析 | 第21页 |
| 2.3 间隔序列的获取 | 第21页 |
| 2.4 间隔序列来源分析 | 第21页 |
| 2.5 病原菌菌株CRISPR侧翼序列的选取与分析 | 第21页 |
| 2.6 病原菌菌株重复序列RNA二级结构的预测 | 第21-22页 |
| 第三章 结果与分析 | 第22-40页 |
| 1. 病原菌菌株与CRISPR数据库中菌株CRISPR的对比分析 | 第22-23页 |
| 1.1 菌株中CRISPR结构的分布比较 | 第22页 |
| 1.2 CRISPR结构中间隔序列的特征 | 第22-23页 |
| 1.3 细菌间隔序列来源分析 | 第23页 |
| 2. 病原菌菌株CRISPR结构信息 | 第23-32页 |
| 2.1 病原菌菌株间隔序列来源 | 第23-24页 |
| 2.2 病原菌菌株CRISPR结构的分布 | 第24-32页 |
| 3. 病原菌菌株CRISPR侧翼序列的多序列比对 | 第32-34页 |
| 4. 病原菌菌株CRISPR重复序列的二级结构预测 | 第34-40页 |
| 第四章 讨论 | 第40-42页 |
| 1. 病原菌菌株与CRISPR数据库中菌株CRISPR的对比分析 | 第40页 |
| 2. 病原菌菌株CRISPR结构分析 | 第40-42页 |
| 第五章 全文总结 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-52页 |
| 附录一 | 第52-68页 |
| 附录二 | 第68-71页 |
| 硕士期间已发表及待发表论文 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
