| 内容摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 1 引言 | 第12-28页 |
| 1.1 蛋白质组学及其研究现状 | 第12-13页 |
| 1.1.1 蛋白质组学 | 第12-13页 |
| 1.1.2 基于质谱的鸟枪法蛋白质组学分析 | 第13页 |
| 1.2 蛋白质的定性 | 第13-20页 |
| 1.2.1 质谱鉴定技术 | 第14-16页 |
| 1.2.2 蛋白质鉴定方法 | 第16-18页 |
| 1.2.3 常用定性软件——Mascot | 第18-20页 |
| 1.3 蛋白质的定量 | 第20-25页 |
| 1.3.1 非质谱定量分析方法 | 第20-21页 |
| 1.3.2 质谱定量分析方法 | 第21-23页 |
| 1.3.3 常用定量软件——MaxQuant | 第23-25页 |
| 1.4 生物学分析 | 第25-26页 |
| 1.5 蛋白质组学数据分析的挑战 | 第26页 |
| 1.6 本文的研究内容及意义 | 第26-28页 |
| 2 蛋白质定量数据预处理的探究与开发 | 第28-45页 |
| 2.1 现有补值方法 | 第28-32页 |
| 2.1.1 单一值的补值方法 | 第29-30页 |
| 2.1.2 KNN补值 | 第30-31页 |
| 2.1.3 Stepwise补值 | 第31-32页 |
| 2.2 现有标准化方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 Quantile | 第33页 |
| 2.2.2 TMM | 第33-34页 |
| 2.2.3 sva | 第34-35页 |
| 2.3 基于生物学知识的蛋白质组学补值算法(KDI)的开发 | 第35-43页 |
| 2.3.1 先验知识库的建立 | 第36-39页 |
| 2.3.2 KDI补值方法的可行性检验 | 第39-41页 |
| 2.3.3 KDI处理流程 | 第41-43页 |
| 2.4 补值方法与标准化方法的结合——数据预处理 | 第43-45页 |
| 3 结果的评估与讨论 | 第45-64页 |
| 3.1 数据来源 | 第45-46页 |
| 3.1.1 COAD数据集 | 第45页 |
| 3.1.2 Breast Cancer数据集 | 第45-46页 |
| 3.2 技术方法 | 第46-47页 |
| 3.3 KDI与其它补值方法准确性的评估 | 第47-48页 |
| 3.4 KDI补值方法的讨论 | 第48-53页 |
| 3.4.1 单行缺失率对补值结果的影响 | 第49-50页 |
| 3.4.2 不同的先验知识库对补值结果的影响 | 第50-52页 |
| 3.4.3 相关蛋白的个数对补值效果的影响 | 第52-53页 |
| 3.5 预处理方法的统计学评估 | 第53-59页 |
| 3.5.1 箱线图 | 第53-55页 |
| 3.5.2 PCA图 | 第55-57页 |
| 3.5.3 Heatmap图 | 第57-59页 |
| 3.6 处理方法对生物学分析的影响 | 第59-64页 |
| 3.6.1 差异表达分析 | 第59-60页 |
| 3.6.2 KEGG Pathway Mapping | 第60-61页 |
| 3.6.3 Wikipathway富集分析 | 第61-64页 |
| 4 总结与展望 | 第64-66页 |
| 4.1 总结 | 第64-65页 |
| 4.2 展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 附录 | 第72-81页 |
| 1 软件包安装及属性 | 第72-76页 |
| 1.1 软件包安装 | 第72-73页 |
| 1.2 软件包内容 | 第73-76页 |
| 2 软件包的使用 | 第76-81页 |
| 2.1 数据集准备 | 第76-77页 |
| 2.2 执行补值 | 第77-81页 |
| 后记 | 第81-82页 |