| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 引言 | 第14-25页 |
| 1 嗜水气单胞菌 | 第14-25页 |
| 1.1 嗜水气单胞菌致病性 | 第14-15页 |
| 1.2 嗜水气单胞菌耐药性 | 第15-16页 |
| 1.3 嗜水气单胞菌耐药机制 | 第16-20页 |
| 1.3.1 固有耐药性 | 第16-17页 |
| 1.3.2 获得耐药性 | 第17-20页 |
| 1.3.2.1 基因突变 | 第17-18页 |
| 1.3.2.2 质粒介导的耐药 | 第18-19页 |
| 1.3.2.3 生物被膜介导的耐药 | 第19-20页 |
| 1.4 基因组测序 | 第20-21页 |
| 1.5 测序在微生物中的应用 | 第21-22页 |
| 1.6 测序与耐药 | 第22-23页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第23-25页 |
| 第一章 嗜水气单胞菌AH10(CCTCC AB2014155)的全基因组测序及比较分析 | 第25-37页 |
| 1 材料与方法 | 第25-27页 |
| 1.1 菌株来源 | 第25页 |
| 1.2 试剂 | 第25页 |
| 1.3 仪器与设备 | 第25页 |
| 1.4 所用软件 | 第25-26页 |
| 1.5 嗜水气单胞菌AH10的全基因组测序 | 第26页 |
| 1.6 ORF预测 | 第26页 |
| 1.7 基因功能注释分析 | 第26页 |
| 1.8 比较基因组学分析 | 第26-27页 |
| 2 结果与分析 | 第27-35页 |
| 2.1 AH10菌株鉴定 | 第27页 |
| 2.2 AH10基因组拼装 | 第27-28页 |
| 2.3 基因的预测 | 第28页 |
| 2.4 基因功能分类 | 第28-29页 |
| 2.5 代谢通路构建 | 第29-30页 |
| 2.6 基因组岛 | 第30页 |
| 2.7 比较基因组学 | 第30-33页 |
| 2.7.1 突变位点分析 | 第30-31页 |
| 2.7.2 核心基因分析 | 第31页 |
| 2.7.3 基因共线性分析 | 第31-33页 |
| 2.7.4 进化树构建 | 第33页 |
| 2.8 嗜水气单胞菌致病性分析 | 第33-35页 |
| 2.8.1 群体感应系统 | 第33-34页 |
| 2.8.2 嗜水气单胞菌主要致病相关基因 | 第34页 |
| 2.8.3 致病相关基因序列比对分析 | 第34-35页 |
| 2.8.4 致病相关氨基酸序列比对分析 | 第35页 |
| 3 讨论 | 第35-37页 |
| 第二章 高度耐药嗜水气单胞菌的定向诱导及其交叉耐药性分析 | 第37-47页 |
| 1 材料与方法 | 第37-40页 |
| 1.1 菌株来源 | 第37页 |
| 1.2 试剂 | 第37页 |
| 1.3 仪器与设备 | 第37页 |
| 1.4 菌株MIC、MPC测定 | 第37-38页 |
| 1.5 耐药菌株获得及耐药获得速率评价 | 第38-39页 |
| 1.5.1 耐药性获得 | 第38页 |
| 1.5.2 耐药获得速率 | 第38-39页 |
| 1.6 耐药菌株对常见抗生素的交叉耐药 | 第39页 |
| 1.6.1 交叉耐药 | 第39页 |
| 1.6.2 交叉耐药比率 | 第39页 |
| 1.6.3 耐药菌株对各种抗生素耐药比率 | 第39页 |
| 1.7 耐药保存条件 | 第39-40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-45页 |
| 2.1 原代菌株AH10体外测试结果 | 第40页 |
| 2.2 供试菌株随传代次数对五种筛选抗生素的平均耐药性及得速率 | 第40-41页 |
| 2.3 耐药菌株交叉耐药 | 第41-43页 |
| 2.4 耐药菌株交叉耐药比率 | 第43-44页 |
| 2.5 耐药菌株对各种抗生素的耐药比率 | 第44页 |
| 2.6 耐药菌株 4℃条件下保存耐药稳定性 | 第44-45页 |
| 3 讨论 | 第45-47页 |
| 第三章 强力霉素诱导的高度耐药嗜水气单胞菌的基因组比对分析 | 第47-55页 |
| 1 材料与方法 | 第47-48页 |
| 1.1 菌株来源 | 第47页 |
| 1.2 试剂 | 第47页 |
| 1.3 仪器与设备 | 第47页 |
| 1.4 耐药菌株获得与MIC测定 | 第47页 |
| 1.5 全基因组测序 | 第47-48页 |
| 1.6 突变位点和缺失 | 第48页 |
| 1.7 比较基因组分析 | 第48页 |
| 2 结果与分析 | 第48-53页 |
| 2.1 测序数据统计 | 第48页 |
| 2.2 耐药性测定及分析 | 第48-49页 |
| 2.3 核心和非核心基因统计 | 第49-51页 |
| 2.4 SNP和INDEL | 第51页 |
| 2.5 拷贝数变异 | 第51-52页 |
| 2.6 结构变异 | 第52页 |
| 2.7 耐药基因比对分析 | 第52-53页 |
| 3 讨论 | 第53-55页 |
| 结论 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录：论文发表情况 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
