| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-23页 |
| 1 研究背景 | 第14-15页 |
| 2 国内外研究现状 | 第15-18页 |
| ·HLB的危害症状 | 第15-16页 |
| ·HLB的病原研究 | 第16-17页 |
| ·HLB的检测技术 | 第17页 |
| ·柑橘寄主防HLB方面的研究 | 第17-18页 |
| 3 转录组学技术研究与应用 | 第18-21页 |
| ·抑制消减杂交文库在植物抗病性的研究应用 | 第19-20页 |
| ·RNA-Sequencing测序技术与应用 | 第20-21页 |
| 4 植物iTRAQ技术与应用 | 第21页 |
| 5 展望 | 第21-22页 |
| 6 本文研究内容 | 第22-23页 |
| 第二章 Candidatus Las诱导的椪柑SSH文库的构建与分析 | 第23-45页 |
| 1 材料与方法 | 第23-35页 |
| ·材料 | 第23页 |
| ·试剂与仪器 | 第23-24页 |
| ·方法与步骤 | 第24-35页 |
| ·柑橘总DNA提取 | 第24页 |
| ·Nested-PCR检测 | 第24页 |
| ·总RNA的提取与mRNA的分离 | 第24-25页 |
| ·抑制消减杂交(SSH) | 第25-30页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第30-31页 |
| ·差减文库生成 | 第31页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第31页 |
| ·插入片段的扩增 | 第31-32页 |
| ·差减文库检测 | 第32-33页 |
| ·克隆选取 | 第33页 |
| ·序列同源性检索、表达序列分析 | 第33页 |
| ·qPCR验证 | 第33-35页 |
| 2 结果与分析 | 第35-43页 |
| ·DNA质量检测 | 第35页 |
| ·PCR检测 | 第35页 |
| ·Tester和Driver样品总RNA与mRNA质量检测 | 第35-36页 |
| ·文库构建 | 第36-43页 |
| ·酶切效果 | 第36页 |
| ·连接效率 | 第36-37页 |
| ·第2次PCR产物 | 第37页 |
| ·插入片段的大小 | 第37页 |
| ·阳性克隆斑点杂交检测 | 第37-38页 |
| ·ESTs同源序列与蛋白质功能分析 | 第38-41页 |
| ·qPCR验证 | 第41-43页 |
| 3 讨论 | 第43-44页 |
| 4 小结 | 第44-45页 |
| 第三章 Candidatus Las诱导的椪柑数字化基因表达谱分析 | 第45-63页 |
| 1 材料与方法 | 第45-48页 |
| ·材料 | 第45页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第45页 |
| ·方法与步骤 | 第45-48页 |
| ·总DNA、RNA的提取与检测 | 第45-46页 |
| ·样品PCR检测 | 第46页 |
| ·Tag(标签)制备 | 第46-47页 |
| ·序列数据处理与分析 | 第47页 |
| ·基因注释 | 第47页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第47页 |
| ·qPCR分析 | 第47-48页 |
| ·差异基因GO(Gene Ontology)富集分析 | 第48页 |
| ·差异基因Pathway分析 | 第48页 |
| 2 结果与分析 | 第48-60页 |
| ·样品PCR检测结果 | 第48-49页 |
| ·总RNA质量 | 第49页 |
| ·测序质量评估 | 第49-51页 |
| ·测序饱和度分析 | 第51页 |
| ·标签分析与统计 | 第51-52页 |
| ·差异表达基因(DEGs)比较 | 第52-55页 |
| ·qPCR验证 | 第55-56页 |
| ·DEGs的GO功能分析 | 第56-60页 |
| ·DEGs功能富集分析 | 第56-59页 |
| ·抗病相关DEGs | 第59-60页 |
| ·DEGs的Pathway分析 | 第60页 |
| 3 讨论 | 第60-62页 |
| ·DEGs的分析结果概述 | 第60-61页 |
| ·部分发生显著改变的pathways | 第61-62页 |
| ·植株与病原相互作用途径 | 第62页 |
| ·淀粉与蔗糖代谢途径相关DEGs | 第62页 |
| 4 小结 | 第62-63页 |
| 第四章 Candidatus Las诱导的红橘根系转录组分析 | 第63-86页 |
| 1 材料与方法 | 第63-69页 |
| ·材料 | 第63页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第63页 |
| ·方法 | 第63-69页 |
| ·DNA的提取 | 第63页 |
| ·HLB病原菌PCR检测 | 第63-64页 |
| ·总RNA的提取 | 第64-65页 |
| ·RNA-seqencing文库建立 | 第65页 |
| ·clean reads数据处理与评估 | 第65-66页 |
| ·基因表达注释 | 第66页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第66页 |
| ·GO功能分析和KEGG Pathway分析 | 第66页 |
| ·qPCR验证 | 第66-69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-83页 |
| ·样品HLB感染PCR检测 | 第69页 |
| ·总RNA质量检测 | 第69-70页 |
| ·测序评估 | 第70-71页 |
| ·比对统计 | 第70页 |
| ·测序随机性评价 | 第70-71页 |
| ·差异表达基因(DEGs) | 第71-75页 |
| ·GO功能分析 | 第75页 |
| ·KEGG pathways富集性分析 | 第75-77页 |
| ·植物与病原互作相关DEGs | 第77-80页 |
| ·淀粉和蔗糖代谢相关基因 | 第80-82页 |
| ·qPCR验证 | 第82-83页 |
| 3 讨论 | 第83-85页 |
| ·柑橘与HLB原菌互作相关 | 第83-84页 |
| ·激素信号转导相关 | 第84页 |
| ·淀粉、糖代谢相关 | 第84-85页 |
| 4 小结 | 第85-86页 |
| 第五章 Candidatus Las诱导的红橘根系蛋白组学研究 | 第86-100页 |
| 1 材料与方法 | 第86-90页 |
| ·材料 | 第86页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第86页 |
| ·方法 | 第86-90页 |
| ·蛋白提取 | 第86-87页 |
| ·蛋白浓度测定 | 第87页 |
| ·蛋白消化与iTRAQ标记 | 第87-88页 |
| ·强阳离子交换(Strong cation exchange,SCX)分馏 | 第88页 |
| ·应用LTQ-Orbitrap HCD进行LC-ESI-MS/MS定量 | 第88页 |
| ·生物信息分析 | 第88-90页 |
| 2 结果与分析 | 第90-98页 |
| ·标准曲线 | 第90页 |
| ·蛋白质浓度 | 第90-91页 |
| ·蛋白质鉴定 | 第91-93页 |
| ·鉴定基本信息 | 第91页 |
| ·蛋白质相对分子质量分布情况 | 第91-92页 |
| ·肽段序列长度分布 | 第92页 |
| ·鉴定肽段数量分布情况 | 第92-93页 |
| ·差异蛋白统计 | 第93-95页 |
| ·GO分析 | 第95页 |
| ·COG注释 | 第95-96页 |
| ·差异蛋白分析 | 第96-98页 |
| ·鉴定蛋白与转录组的关联性 | 第96页 |
| ·差异蛋白分析 | 第96-98页 |
| 3 讨论 | 第98-99页 |
| 4 小结 | 第99-100页 |
| 下一步工作 | 第100-101页 |
| 本论文创新点 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-117页 |
| 附录Ⅰ： SSH主要试剂及溶液的配制 | 第117-119页 |
| 附录Ⅱ： 差减文库所用接头和引物信息 | 第119-120页 |
| 附录Ⅲ： PMD18-T载体信息 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 个人简介 | 第122-123页 |
