蛋白质的蒙特卡罗模拟及生物分子膜行为研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 表格 | 第11-12页 |
| 插图 | 第12-15页 |
| 算法 | 第15-16页 |
| 主要符号对照表 | 第16-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-33页 |
| ·研究背景概述 | 第17-21页 |
| ·蛋白质分子的计算机模拟 | 第17-19页 |
| ·双层膜体系的理论和计算 | 第19-21页 |
| ·经典力学 | 第21-28页 |
| ·基本理论 | 第21-23页 |
| ·分子动力学方法求解牛顿方程 | 第23-25页 |
| ·耗散粒了动力学模拟方法 | 第25-26页 |
| ·求解两端位置约束的正则方程 | 第26-28页 |
| ·统计力学 | 第28-30页 |
| ·微正则系综 | 第29页 |
| ·正则系综 | 第29-30页 |
| ·分子力场 | 第30-32页 |
| ·论文选题及意义 | 第32-33页 |
| 第二章 蒙特卡罗方法 | 第33-45页 |
| ·采样方法 | 第33-37页 |
| ·随机抽样和重要性抽样 | 第33-34页 |
| ·Metropolis算法 | 第34-35页 |
| ·副本交换方法 | 第35-37页 |
| ·移动算法 | 第37-42页 |
| ·内坐标 | 第38页 |
| ·主链移动算法 | 第38-40页 |
| ·侧链移动算法 | 第40-41页 |
| ·测试 | 第41-42页 |
| ·分析方法 | 第42-45页 |
| ·副本交换的WHAM方法 | 第42-43页 |
| ·物理量的热力学平均 | 第43页 |
| ·自由能面 | 第43-45页 |
| 第三章 蛋白分子trpzip2的蒙特卡罗模拟 | 第45-61页 |
| ·Rosetta模型 | 第45-46页 |
| ·模拟参数 | 第46页 |
| ·能量与C_α-RMSD的分布 | 第46-47页 |
| ·Trpzip2的正则系综分析 | 第47-51页 |
| ·Trpzip2的微正则系综分析 | 第51-53页 |
| ·Trpzip2的自由能面 | 第53-56页 |
| ·Trpzip2的折叠路径 | 第56-59页 |
| ·总结 | 第59-61页 |
| 第四章 双层膜的耗散粒子动力学模拟 | 第61-71页 |
| ·双层膜的耗散粒子动力学模拟 | 第62-63页 |
| ·拉伸双层膜的而张力 | 第63-67页 |
| ·基于应力张量的张力 | 第63-64页 |
| ·基于膜涨落的张力 | 第64-67页 |
| ·结果讨沦 | 第67页 |
| ·膜孔的线张力与抗弯刚度 | 第67-71页 |
| 第五章 碟形双层膜到双层膜囊泡的包合动力学 | 第71-83页 |
| ·经典模型 | 第71-72页 |
| ·囊泡包合的耗散粒子动力学模拟 | 第72-75页 |
| ·包合时间与膜大小的关系 | 第75页 |
| ·包合时间与温度和粘度的关系 | 第75-77页 |
| ·二棕榈酰磷脂酰胆碱的囊泡包合过程及胆固醇的影响 | 第77-83页 |
| 第六章 膜管与胶体粒子的作用 | 第83-99页 |
| ·膜管中受限胶体球的数值求解 | 第83-85页 |
| ·蒙特卡罗模拟膜管中受限胶体球 | 第85-91页 |
| ·粗粒化分子动力学模拟管中受限两面神粒子 | 第91-99页 |
| 附录A 打靶法求解两端边值问题 | 第99-103页 |
| 附录B 模拟中表面张力的计算 | 第103-105页 |
| B.1 由应力张量计算面张力 | 第103页 |
| B.2 由涨落计算面张力 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第121-122页 |
