| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-30页 |
| 1 DNA 条形码技术 | 第17-20页 |
| ·传统形态鉴定的局限性 | 第17页 |
| ·新的物种鉴定方法— DNA 条形码技术的提出 | 第17-18页 |
| ·DNA 条形码技术的优势 | 第18页 |
| ·DNA 条形码技术在不同类群的应用 | 第18-19页 |
| ·DNA 条形码研究存在的争议 | 第19-20页 |
| 2 分子系统学 | 第20-22页 |
| ·分子系统学的概念 | 第20页 |
| ·分子系统学的分析方法 | 第20-21页 |
| ·核苷酸序列的比对和分子系统树的构建 | 第21-22页 |
| 3 珍珠贝亚目贝类概况 | 第22-24页 |
| ·外部形态特征 | 第22-23页 |
| ·生态习性与地理分布 | 第23页 |
| ·分类系统演化 | 第23-24页 |
| ·分子系统学研究进展 | 第24页 |
| 4 蚶目贝类概况 | 第24-28页 |
| ·外部形态特征 | 第24-25页 |
| ·生态习性与地理分布 | 第25页 |
| ·分类系统演化 | 第25-26页 |
| ·分类系统存在的问题 | 第26-27页 |
| ·分子系统学研究进展 | 第27-28页 |
| 5 本研究的立题依据、研究内容及其目的意义 | 第28-30页 |
| ·立题依据 | 第28-29页 |
| ·研究内容及其目的意义 | 第29-30页 |
| 第二章 珍珠贝亚目 DNA 条形码与系统发生学研究 | 第30-78页 |
| 第一节 DNA 条形码技术在扇贝科种类鉴定中的应用 | 第30-43页 |
| 0 引言 | 第30-31页 |
| 1 材料与方法 | 第31-36页 |
| ·样品的采集 | 第31页 |
| ·PCR 扩增与 DNA 测序 | 第31-35页 |
| ·数据分析 | 第35-36页 |
| 2 结果 | 第36-41页 |
| 3 讨论 | 第41-42页 |
| ·条形码间隙 | 第41页 |
| ·邻接聚类分析 | 第41-42页 |
| ·系统发生分析 | 第42页 |
| 4 结论 | 第42-43页 |
| 第二节 珍珠贝亚目 DNA 条形码研究 | 第43-61页 |
| 0 引言 | 第43页 |
| 1 材料与方法 | 第43-49页 |
| ·样品的采集 | 第43-48页 |
| ·基因组 DNA 的提取、PCR 扩增与序列测定 | 第48页 |
| ·数据分析方法 | 第48-49页 |
| 2 结果 | 第49-55页 |
| ·序列扩增与特征 | 第49页 |
| ·未知种的鉴定 | 第49-50页 |
| ·种内与种间的遗传差异 | 第50-55页 |
| ·分子系统树 | 第55页 |
| 3 讨论 | 第55-61页 |
| 第三节 珍珠贝亚目系统发生学研究 | 第61-78页 |
| 0 引言 | 第61页 |
| 1 材料与方法 | 第61-69页 |
| ·样品来源 | 第61页 |
| ·PCR 扩增与测序 | 第61-68页 |
| ·序列编辑与分析 | 第68页 |
| ·模型选择和系统发生关系重建 | 第68-69页 |
| 2 结果 | 第69-75页 |
| ·序列特征 | 第69-70页 |
| ·基于单基因数据集的系统发生分析 | 第70-73页 |
| ·基于全基因数据集的系统发生分析 | 第73-75页 |
| 3 讨论 | 第75-76页 |
| ·超科水平的系统发生 | 第75页 |
| ·珍珠贝类目与亚目阶元的重新界定 | 第75-76页 |
| 4 结论 | 第76-78页 |
| 第三章 蚶目 DNA 条形码与系统发生学研究 | 第78-133页 |
| 第一节 蚶目 DNA 条形码研究 | 第78-96页 |
| 0 引言 | 第78页 |
| 1 材料与方法 | 第78-88页 |
| ·样品的采集 | 第78-79页 |
| ·DNA 提取，PCR 扩增与测序 | 第79-87页 |
| ·数据分析 | 第87-88页 |
| 2 结果 | 第88-93页 |
| ·序列特征 | 第88页 |
| ·邻接树与贝叶斯树 | 第88页 |
| ·未知种鉴定 | 第88-91页 |
| ·种内与种间的遗传差异 | 第91-93页 |
| 3 讨论 | 第93-95页 |
| 4 结论 | 第95-96页 |
| 第二节 蚶目系统发生学研究 | 第96-118页 |
| 0 引言 | 第96页 |
| 1 材料与方法 | 第96-105页 |
| ·样品采集 | 第96页 |
| ·PCR 扩增与 DNA 测序 | 第96-102页 |
| ·序列编辑、排序和分析 | 第102-103页 |
| ·模型选择与系统发生树的构建 | 第103-105页 |
| ·最大似然树构建 | 第104页 |
| ·贝叶斯树构建 | 第104-105页 |
| 2 结果 | 第105-114页 |
| ·序列变化及其遗传多样性 | 第105页 |
| ·系统发生关系 | 第105-114页 |
| ·基于单基因数据集的分析 | 第105-106页 |
| ·基于多基因联合数据集的分析 | 第106-114页 |
| 3 讨论 | 第114-117页 |
| ·分子标记和种类的变化对系统发生分析的影响 | 第114页 |
| ·不完整数据对系统发生分析的影响 | 第114-115页 |
| ·蚶超科的界定 | 第115页 |
| ·蚶亚科的分类 | 第115-116页 |
| ·粗饰蚶亚科的分类 | 第116页 |
| ·细饰蚶科、帽蚶科与蚶蜊科的起源与地位 | 第116-117页 |
| 4 结论 | 第117-118页 |
| 第三节 粒帽蚶线粒体基因组全序列分析 | 第118-133页 |
| 0 引言 | 第118页 |
| 1 材料与方法 | 第118-122页 |
| ·样品的采集与 DNA 提取 | 第118页 |
| ·Long-PCR 扩增与 DNA 测序 | 第118-119页 |
| ·序列拼接与基因注释 | 第119-120页 |
| ·系统发生分析 | 第120-122页 |
| 2 结果与讨论 | 第122-132页 |
| ·线粒体基因组的组成 | 第122-124页 |
| ·蛋白质编码基因与密码子的使用 | 第124-127页 |
| ·转运 RNA 与核糖体 RNA | 第127页 |
| ·非编码区 | 第127-128页 |
| ·基因排列比较 | 第128-130页 |
| ·系统发生分析 | 第130-132页 |
| 3 结论 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-144页 |
| 致谢 | 第144-145页 |
| 硕博期间学术成果 | 第145页 |