| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-35页 |
| 一 植物基因组学研究概况 | 第9-27页 |
| 1 植物结构基因组学 | 第9-15页 |
| ·DNA文库的构建 | 第9-15页 |
| ·植物基因组测序进展 | 第15页 |
| 2 植物功能基因组研究 | 第15-25页 |
| ·植物的表达序列标签 | 第16-19页 |
| ·植物基因功能的分析方法 | 第19-25页 |
| 3 生物信息学在基因组研究的应用 | 第25-27页 |
| ·获取各种生物的完整基因组,建立相关数据库 | 第26页 |
| ·生物信息学在EST数据分析中的应用 | 第26-27页 |
| ·系统发育研究和基因组的比较研究 | 第27页 |
| 二 木本植物基因组研究进展 | 第27-33页 |
| 1 遗传图谱的构建 | 第28页 |
| 2 比较基因组研究 | 第28-29页 |
| 3 EST研究 | 第29-32页 |
| 4 林木材质相关基因及分枝性状基因的研究 | 第32-33页 |
| ·与材质相关基因的研究 | 第32页 |
| ·与分枝性状相关基因的研究 | 第32-33页 |
| 三 杉木基因组研究及本课题研究的意义 | 第33-35页 |
| 1 已有的研究成果 | 第33-34页 |
| 2 本课题研究的目的和意义 | 第34-35页 |
| 第二章 差异显示法(DDRT-PCR)研究杉木茎段皮层基因表达差异 | 第35-68页 |
| 一 实验材料 | 第35-39页 |
| 1 植物材料 | 第35页 |
| 2 主要实验试剂 | 第35-38页 |
| 3 主要仪器设备 | 第38-39页 |
| 二 实验方法 | 第39-50页 |
| 1 总RNA的提取 | 第40-42页 |
| ·CTAB法 | 第40页 |
| ·Plant RNA Reagent法 | 第40页 |
| ·Trizol Reagant法 | 第40-41页 |
| ·用RQ1 RNase-Free DNase消化DNA | 第41页 |
| ·RNA的过柱纯化 | 第41页 |
| ·RNA的完整性和纯度的检测 | 第41-42页 |
| 2 DDRT-PCR分析 | 第42-50页 |
| ·反转录(第一链的合成) | 第42页 |
| ·DDRT-PCR(第二链PCR扩增) | 第42页 |
| ·差显分析 | 第42-44页 |
| ·差异片段的二次扩增 | 第44-45页 |
| ·二次PCR产物的纯化 | 第45页 |
| ·差异片段与载体的连接与转化 | 第45-46页 |
| ·DDRT-PCR克隆片段的检测 | 第46-47页 |
| ·反向Northern杂交 | 第47-49页 |
| ·差显片段的序列分析 | 第49-50页 |
| 三 结果与分析 | 第50-64页 |
| 1 RNA的完整性和纯度 | 第50-52页 |
| 2 差异片段的获得 | 第52-54页 |
| ·引物筛选 | 第52页 |
| ·差异片段的获得 | 第52-53页 |
| ·差异片段的大小 | 第53-54页 |
| 3 差异片段的二次扩增和纯化 | 第54页 |
| 4 DDRT-RT片段的克隆转化及检测 | 第54-58页 |
| ·差异片段的克隆转化 | 第54-56页 |
| ·菌液PCR检测 | 第56-57页 |
| ·质粒提取和质粒酶切检测 | 第57-58页 |
| 5 反向Northern杂交检测差异阳性片段 | 第58-59页 |
| 6 序列测定与分析 | 第59-64页 |
| ·序列测定 | 第59页 |
| ·序列比对与分析 | 第59-64页 |
| 四 讨论 | 第64-67页 |
| 1 通过改进引物设计和反向Northern克服DDRT-PCR的假阳性 | 第64-65页 |
| 2 不同DDRT-PCR产物显示方法对实验结果的影响 | 第65页 |
| 3 本实验所获得的结果与下一步展望 | 第65-66页 |
| 附录 | 第66-67页 |
| 五 主要结论 | 第67-68页 |
| 第三章 杉木茎段皮层EST分析 | 第68-107页 |
| 一 实验材料 | 第68-69页 |
| 1 植物材料 | 第68页 |
| 2 主要试剂 | 第68-69页 |
| 二 实验方法 | 第69-79页 |
| 1 RNA的提取 | 第70页 |
| 2 mRNA的分离 | 第70页 |
| ·mRNA抽提 | 第70页 |
| ·mRNA的分析 | 第70页 |
| 3 cDNA文库的构建 | 第70-79页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第70-71页 |
| ·cDNA第二链的合成 | 第71页 |
| ·补平cDNA缺口 | 第71-72页 |
| ·连接EcoR Ⅰ接头 | 第72页 |
| ·EcoR Ⅰ末端磷酸化 | 第72页 |
| ·用XhoⅠ消化 | 第72页 |
| ·cDNA大小片段的分级 | 第72-74页 |
| ·cDNA和ZAP表达载体连接 | 第74页 |
| ·包装 | 第74-76页 |
| ·体外切割 | 第76-77页 |
| ·cDNA文库质量测定 | 第77页 |
| ·EST序列测定及生物信息学分析 | 第77-79页 |
| 三 结果与分析 | 第79-100页 |
| 1 RNA的抽提 | 第79-80页 |
| 2 mRNA的分离 | 第80页 |
| 3 凝胶柱层析纯化cDNA | 第80-81页 |
| 4 cDNA样品沉淀纯化后的浓度测定 | 第81页 |
| 5 cDNA文库的质量评价 | 第81-83页 |
| ·文库滴度 | 第81-82页 |
| ·cDNA文库插入片段大小 | 第82-83页 |
| 6 EST序列测定及生物信息学分析 | 第83-100页 |
| ·EST序列质量评估 | 第83-85页 |
| ·EST序列的Blastn及Blastx比对分析 | 第85-86页 |
| ·EST序列聚类及拼接 | 第86页 |
| ·基因表达频率分析 | 第86-87页 |
| ·Unigene比对结果分析 | 第87-88页 |
| ·基因功能注释及同源序列来源分析 | 第88-97页 |
| ·EST基因功能分类 | 第97-98页 |
| ·EST代谢途径分析 | 第98-100页 |
| 7 从EST中开发SSR标记 | 第100页 |
| 四 讨论 | 第100-105页 |
| 1 文库质量 | 第100-101页 |
| 2 EST冗余度及基因表达丰度 | 第101页 |
| 3 不同比对方法对结果分析的影响 | 第101页 |
| 4 杉木茎段皮层文库中的特征基因 | 第101-102页 |
| ·金属硫因蛋白(metallothionein-like protein,MT) | 第101-102页 |
| ·Auxin-repressed protein,ARP | 第102页 |
| ·bZIP转录因子 | 第102页 |
| 5 从EST序列中开发SSR标记 | 第102-103页 |
| 6 结合DDRT-PCR分析 | 第103页 |
| 7 本研究待改进之处及进一步研究展望 | 第103-105页 |
| ·与数据库的同源性不高 | 第103-104页 |
| ·杉木茎段皮层ESTs的特点 | 第104页 |
| ·下一步研究展望 | 第104-105页 |
| 五 主要结论 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-121页 |
| 附录 | 第121-123页 |
| 详细摘要 | 第123-129页 |
