| 第一章 枯草杆菌蛋白酶工程研究进展 | 第1-37页 |
| ·前言 | 第12-14页 |
| ·枯草杆菌蛋白酶的三维结构 | 第14-16页 |
| ·底物专一性和催化机理 | 第16-18页 |
| ·作用力与性能预测 | 第18-19页 |
| ·稳定性 | 第19-20页 |
| ·蛋白质工程技术——酶的体外进化 | 第20-27页 |
| ·定向进化的原理 | 第21页 |
| ·随机突变的策略 | 第21-25页 |
| ·易错PCR | 第21-22页 |
| ·DNA改组和外显子改组 | 第22页 |
| ·杂合酶 | 第22页 |
| ·体外随机引发重组 | 第22-23页 |
| ·交错延伸 | 第23页 |
| ·酶法体外随机一定位诱变 | 第23-25页 |
| ·定向进化的选择策略 | 第25-26页 |
| ·定向进化的优势、现状和未来 | 第26-27页 |
| ·蛋白质工程分析技术——生物信息学 | 第27-33页 |
| ·数据库 | 第28-29页 |
| ·基因组 | 第29-30页 |
| ·基因组序列分析 | 第30-31页 |
| ·蛋白质结构与功能预测 | 第31-32页 |
| ·基因多肽分析与药物设计 | 第32页 |
| ·分子进化 | 第32-33页 |
| ·基于遗传的流行病 | 第33页 |
| ·NK研究进展 | 第33-35页 |
| ·问题和前景 | 第35-37页 |
| 第二章 NK的DNA序列分析 | 第37-45页 |
| ·前言 | 第37页 |
| ·方法 | 第37-40页 |
| ·NK的DNA序列的检索 | 第37页 |
| ·NK的DNA序列的基本分析 | 第37-38页 |
| ·分子质量、碱基组成、碱基分布 | 第37-38页 |
| ·限制性酶切分析 | 第38页 |
| ·DNA序列之间的多重比对分析 | 第38-40页 |
| ·基于NCBI／BLAST软件的DNA序列同源性分析 | 第38-39页 |
| ·什么是BLAST中的E-value | 第39-40页 |
| ·进化分析 | 第40页 |
| ·结果 | 第40-42页 |
| ·NK基因的DNA序列 | 第40-41页 |
| ·NK基因的基本性质 | 第41-42页 |
| ·NK基因的同源性和进化 | 第42页 |
| ·讨论 | 第42-45页 |
| 第三章 NK分子三维空间结构的同源模建 | 第45-64页 |
| ·前言 | 第45-47页 |
| ·方法 | 第47-54页 |
| ·NK的基本性质分析 | 第47-48页 |
| ·疏水性分析 | 第47页 |
| ·跨膜区分析 | 第47-48页 |
| ·NK分子结构预测 | 第48-53页 |
| ·PDB数据库 | 第48-49页 |
| ·NK氨基酸序列的同源性分析 | 第49-50页 |
| ·NK分子二级结构预测 | 第50-52页 |
| ·NK分子三级结构预测 | 第52-53页 |
| ·与已知结构的序列做同源比对 | 第52页 |
| ·同源模建 | 第52-53页 |
| ·能量最小化 | 第53页 |
| ·结构合理性评估 | 第53-54页 |
| ·PROCHECK- | 第53-54页 |
| ·PROSA2003 | 第54页 |
| ·WHATIF5 | 第54页 |
| ·结果 | 第54-61页 |
| ·NK的基本性质 | 第54-56页 |
| ·NK的分子结构 | 第56-59页 |
| ·NK分子结构模型的结构合理性 | 第59-61页 |
| ·讨论 | 第61-64页 |
| 第四章 NK的催化机理 | 第64-73页 |
| ·前言 | 第64-65页 |
| ·方法 | 第65-66页 |
| ·结果 | 第66-70页 |
| ·讨论 | 第70-73页 |
| 第五章 NK活性中心附近的氢键对催化活性的影响 | 第73-108页 |
| ·前言 | 第73-74页 |
| ·材料与方法 | 第74-92页 |
| ·材料 | 第74页 |
| ·方法 | 第74-92页 |
| ·NK的克隆与定点突变 | 第74-86页 |
| ·NK基因组DNA的提取 | 第74-75页 |
| ·质粒DNA的小量制备 | 第75页 |
| ·低熔点琼脂糖法回收DNA | 第75-76页 |
| ·DNA的连接反应 | 第76页 |
| ·用CaCl_2法制备和转化大肠杆菌感受态细胞 | 第76-77页 |
| ·NK重组表达载体的构建 | 第77-78页 |
| ·重组蛋白的表达 | 第78-79页 |
| ·重组蛋白的纯化 | 第79页 |
| ·NK提取液活力测定——四肽底物法 | 第79-80页 |
| ·重叠延伸法定点诱变NK成熟肽基因 | 第80-83页 |
| ·NK的酶促反应动力学研究 | 第83-86页 |
| ·NK扰动自由能的计算模拟 | 第86-90页 |
| ·NK分子动力学模拟 | 第90-92页 |
| ·结果 | 第92-101页 |
| ·重组表达质粒pET28a+aprN的鉴定 | 第92-93页 |
| ·重组蛋白NK成熟肽的表达 | 第93-95页 |
| ·野生型NK及其突变型NK的酶动力学常数 | 第95-96页 |
| ·野生型NK及其突变型NK的FEP模拟 | 第96-97页 |
| ·野生型NK及其突变型NK的活性中心的分子动力学轨迹 | 第97-101页 |
| ·自由酶(E)的分子动力学轨迹 | 第97-98页 |
| ·结合底物后的酶(ES)的分子动力学轨迹 | 第98-101页 |
| ·讨论 | 第101-107页 |
| ·突变位点的设计 | 第101-104页 |
| ·S33，D60，S62和T220四个位点对催化活性的影响 | 第104-107页 |
| ·S33位点对NK催化活性的影响 | 第105页 |
| ·S62位点对NK催化活性的影响 | 第105-106页 |
| ·D60位点对NK催化活性的影响 | 第106页 |
| ·T221位点对NK催化活性的影响 | 第106-107页 |
| ·结论 | 第107-108页 |
| 研究总结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-118页 |
| 博士研究生在读期间已发表和待发表的论文 | 第118-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
