基于智能计算的蛋白质相互作用预测方法研究
| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-12页 |
| 目录 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-24页 |
| ·引言 | 第15-17页 |
| ·目前国内外研究进展 | 第17-18页 |
| ·蛋白质相互作用研究的意义 | 第18-19页 |
| ·论文的主要工作与创新 | 第19-22页 |
| ·研究内容 | 第19-20页 |
| ·创新点 | 第20-22页 |
| ·本文的组织结构 | 第22-24页 |
| 第二章 相关理论研究的基础 | 第24-41页 |
| ·蛋白质 | 第24-27页 |
| ·蛋白质相互作用 | 第27-36页 |
| ·蛋白质相互作用鉴定的实验方法 | 第27-29页 |
| ·酵母双杂交 | 第27-28页 |
| ·免疫共沉淀 | 第28页 |
| ·串联亲和纯化技术 | 第28-29页 |
| ·蛋白质芯片 | 第29页 |
| ·蛋白质相互作用鉴定的计算方法 | 第29-36页 |
| ·蛋白质相互作用位点预测 | 第30-32页 |
| ·蛋白质相互作用预测 | 第32-36页 |
| ·蛋白质的相关数据库 | 第36-40页 |
| ·PDB | 第36-37页 |
| ·DIP | 第37-38页 |
| ·BIND | 第38页 |
| ·DSSP | 第38-39页 |
| ·BioGrid | 第39-40页 |
| ·本章小结 | 第40-41页 |
| 第三章 基于覆盖算法的蛋白质相互作用位点预测 | 第41-61页 |
| ·引言 | 第41-43页 |
| ·材料和方法 | 第43-52页 |
| ·蛋白质序列特征的提取 | 第43-46页 |
| ·蛋白质相互作用界而 | 第46-47页 |
| ·实验数据集的获取 | 第47页 |
| ·"表面残基"和"界而残基"定义 | 第47-49页 |
| ·性能评估指标 | 第49页 |
| ·算法 | 第49-52页 |
| ·覆盖算法的提出 | 第50-51页 |
| ·覆盖算法 | 第51-52页 |
| ·结果与分析 | 第52-59页 |
| ·特征向量的构造 | 第52-53页 |
| ·预测器的构造 | 第53-54页 |
| ·实验结果 | 第54-58页 |
| ·覆盖算法的性能 | 第54-55页 |
| ·ROC曲线 | 第55-56页 |
| ·与其它方法的比较 | 第56-58页 |
| ·相互作用位点定位的实例 | 第58-59页 |
| ·讨论 | 第59-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第四章 基于GA/SVM的蛋白质相互作用位点预测 | 第61-76页 |
| ·引言 | 第61-62页 |
| ·GA/SVM算法 | 第62-66页 |
| ·特征选择 | 第62-63页 |
| ·GA/SVM算法 | 第63-66页 |
| ·染色体的编码与解码 | 第64页 |
| ·设计适应度函数 | 第64页 |
| ·算法基本步骤 | 第64-66页 |
| ·基于GA/SVM算法的作用位点预测方法 | 第66-73页 |
| ·蛋白质序列特征提取 | 第66-67页 |
| ·蛋白质相互作用数据集 | 第67-68页 |
| ·性能评价指标 | 第68-69页 |
| ·实验 | 第69-70页 |
| ·基于GA/SVM算法的蛋白质特征提取 | 第69页 |
| ·交叉验证 | 第69-70页 |
| ·实验结果 | 第70-73页 |
| ·GA/SVM性能 | 第70-72页 |
| ·与其它方法的比较 | 第72-73页 |
| ·蛋白质相互作用位点定位实例 | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-75页 |
| ·本章小结 | 第75-76页 |
| 第五章 基于氨基酸排序信息的蛋白质相互作用预测 | 第76-97页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·数据集构造 | 第77-78页 |
| ·正样本提取 | 第77页 |
| ·负样本构造 | 第77-78页 |
| ·蛋白质相互作用对表达 | 第78-82页 |
| ·特征表达 | 第78-80页 |
| ·蛋白质序列的伪氨基酸组成 | 第80-82页 |
| ·实验 | 第82-90页 |
| ·评估标准 | 第82-83页 |
| ·模型构造 | 第83-84页 |
| ·实验结果 | 第84-90页 |
| ·不同负样本下的预测性能 | 第84-85页 |
| ·选择最优入 | 第85-88页 |
| ·CC,AC,PseAA和AAC的性能比较 | 第88-89页 |
| ·独立测试集性能评估 | 第89-90页 |
| ·蛋白质相互作用网络预测 | 第90-96页 |
| ·单核心网络 | 第91-93页 |
| ·多核心网络 | 第93-96页 |
| ·讨论 | 第96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 第六章 结论与展望 | 第97-100页 |
| ·主要的研究工作与创新点 | 第97-98页 |
| ·进一步的研究方向 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-111页 |
| 图索引 | 第111-113页 |
| 表索引 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 攻读博士学位期间所从事的科研工作及发表论文 | 第115-117页 |
