| 论文提要 | 第1-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-19页 |
| ·G-四链体的结构 | 第11-13页 |
| ·金属阳离子对G-四链体的影响 | 第13-14页 |
| ·与G-四链体相互作用的小分子 | 第14-15页 |
| ·配体与G-四链体作用的基本模式 | 第15-16页 |
| ·G-四链体的生物学功能 | 第16-17页 |
| ·论文内容 | 第17-19页 |
| 第二章 理论计算方法简介 | 第19-48页 |
| ·分子力场 | 第19-22页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第19-20页 |
| ·力场的组成和定义 | 第20-21页 |
| ·能量表示 | 第21页 |
| ·力场参数化 | 第21-22页 |
| ·分子力学 | 第22-25页 |
| ·优化的概念 | 第22-23页 |
| ·优化算法 | 第23-24页 |
| ·优化中注意事项 | 第24-25页 |
| ·分子动力学模拟 | 第25-34页 |
| ·基本步骤 | 第26-27页 |
| ·积分算法 | 第27-29页 |
| ·微正则系综的分子动力学 | 第29-31页 |
| ·正则系综的分子动力学 | 第31-32页 |
| ·等温等压系综的分子动力学 | 第32-34页 |
| ·分子对接 | 第34-38页 |
| ·基本原理 | 第35页 |
| ·分子对接中的重要问题 | 第35-36页 |
| ·对接种类 | 第36-38页 |
| ·自由能计算 | 第38-42页 |
| ·主成分分析 | 第42-44页 |
| ·DNA 的结构参数的定义 | 第44-48页 |
| ·DNA的碱基对序列参数 | 第44-45页 |
| ·DNA 的主链参数 | 第45-48页 |
| 第三章 关于HIV-1 整合酶的抑制剂G-四链体三维结构的理论研究 | 第48-71页 |
| ·引言 | 第48-49页 |
| ·计算方法 | 第49-53页 |
| ·模型构建 | 第49-51页 |
| ·水溶液中的分子动力学模拟 | 第51页 |
| ·气相中的分子动力学模拟 | 第51-52页 |
| ·轨迹分析 | 第52-53页 |
| ·主成分分析 | 第53页 |
| ·结果与讨论 | 第53-70页 |
| ·水溶液模拟中G-四链体结构的稳定性 | 第53-61页 |
| ·气相模拟中G-四链体结构的稳定性 | 第61-70页 |
| ·本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 关于G-四链体二聚体的三维结构及其与平面配体相互作用的分子动力学模拟研究 | 第71-88页 |
| ·引言 | 第71-72页 |
| ·计算方法 | 第72-75页 |
| ·模型构建 | 第72-73页 |
| ·分子对接 | 第73-74页 |
| ·分子动力学模拟 | 第74页 |
| ·自由能计算 | 第74-75页 |
| ·主成分分析 | 第75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-87页 |
| ·二聚体的结构 | 第75-78页 |
| ·二聚体和配体形成的1:1 复合物结构 | 第78-80页 |
| ·二聚体和配体形成的1:2 复合物结构 | 第80-83页 |
| ·自由能计算 | 第83-85页 |
| ·主成分分析 | 第85-87页 |
| ·本章小结 | 第87-88页 |
| 第五章 卟啉与两个反平行的人类端粒G-四链体相互作用的分子动力学模拟研究 | 第88-110页 |
| ·引言 | 第88-89页 |
| ·计算方法 | 第89-93页 |
| ·模型构建 | 第89-91页 |
| ·分子对接 | 第91页 |
| ·分子动力学模拟 | 第91-93页 |
| ·自由能计算 | 第93页 |
| ·主成分分析 | 第93页 |
| ·结果与讨论 | 第93-109页 |
| ·三个G-tetrads的G-四链体及其与TMPyP4 形成的复合物 | 第93-99页 |
| ·两个G-tetrads的G-四链体及其与TMPyP4 形成的复合物 | 第99-104页 |
| ·自由能计算 | 第104-106页 |
| ·主成分分析 | 第106-109页 |
| ·本章小结 | 第109-110页 |
| 第六章 四个G-四链体分子的分子动力学模拟研究 | 第110-126页 |
| ·引言 | 第110页 |
| ·计算方法 | 第110-114页 |
| ·模型构建 | 第110-113页 |
| ·分子动力学模拟 | 第113-114页 |
| ·结果与讨论 | 第114-125页 |
| ·结构 | 第114-119页 |
| ·基本结构参数 | 第119-125页 |
| ·本章小结 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-154页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成论文 | 第154-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
| 中文摘要 | 第156-159页 |
| ABSTRACT | 第159-162页 |
