| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 缩略语 | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 1.1 睾丸发育过程 | 第14页 |
| 1.2 睾丸发育过程基因组学研究进展 | 第14-20页 |
| 1.2.1 睾丸发育不同阶段差异表达mRNA的鉴定 | 第14-17页 |
| 1.2.2 睾丸发育过程miRNA的鉴定及调控 | 第17-19页 |
| 1.2.3 睾丸发育过程piRNA的鉴定及调控 | 第19-20页 |
| 1.3 睾丸发育过程相关蛋白的鉴定 | 第20-23页 |
| 1.3.1 特定时期睾丸组织或细胞蛋白质的鉴定 | 第20-21页 |
| 1.3.2 不同发育期睾丸组织或生殖细胞蛋白质的鉴定 | 第21-23页 |
| 1.4 睾丸大小GWAS研究进展 | 第23-24页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第24-26页 |
| 1.6 研究内容 | 第26页 |
| 1.7 技术路线 | 第26-28页 |
| 第二章 6月龄湖羊不同大小睾丸组织形态学分析 | 第28-33页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-30页 |
| 2.1.1 试验动物及设计 | 第28页 |
| 2.1.2 试剂和仪器 | 第28-29页 |
| 2.1.3 试验方法 | 第29-30页 |
| 2.2 试验结果和分析 | 第30-31页 |
| 2.2.1 HE染色分析 | 第30-31页 |
| 2.2.2 电镜分析 | 第31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-32页 |
| 2.4 小结 | 第32-33页 |
| 第三章 基于RNA-seq技术筛选与湖羊睾丸发育相关的候选基因 | 第33-68页 |
| 3.1 材料与方法 | 第33-41页 |
| 3.1.1 试验动物及设计 | 第33-34页 |
| 3.1.2 试剂和仪器 | 第34页 |
| 3.1.3 试验方法 | 第34-41页 |
| 3.2 试验结果和分析 | 第41-59页 |
| 3.2.1 测序reads的分析 | 第41-42页 |
| 3.2.2 测序reads在参考基因组分布 | 第42页 |
| 3.2.3 差异表达基因的获取 | 第42-45页 |
| 3.2.4 GO富集分析 | 第45-52页 |
| 3.2.5 KEGG富集分析 | 第52-53页 |
| 3.2.6 AS分析 | 第53-55页 |
| 3.2.7 WGCNA分析 | 第55-57页 |
| 3.2.8 qRT-PCR验证差异基因 | 第57-58页 |
| 3.2.9 Western blotting分析差异表达基因在蛋白水平的表达特征 | 第58-59页 |
| 3.3 讨论 | 第59-67页 |
| 3.3.1 测序reads质量 | 第59页 |
| 3.3.2 比对效率 | 第59页 |
| 3.3.3 差异表达基因及蛋白水平特征分析 | 第59-60页 |
| 3.3.4 GO和KEGG富集分析 | 第60-64页 |
| 3.3.5 AS分析 | 第64-65页 |
| 3.3.6 WGCNA分析 | 第65-67页 |
| 3.4 小结 | 第67-68页 |
| 第四章 湖羊不同大小睾丸转录组测序分析 | 第68-83页 |
| 4.1 材料与方法 | 第68-70页 |
| 4.1.1 试验动物及设计 | 第68-69页 |
| 4.1.2 试剂和仪器 | 第69页 |
| 4.1.3 试验方法 | 第69-70页 |
| 4.2 试验结果与分析 | 第70-78页 |
| 4.2.1 测序reads的获取 | 第70页 |
| 4.2.2 差异表达基因获取 | 第70-73页 |
| 4.2.3 GO富集分析 | 第73-74页 |
| 4.2.4 KEGG富集分析 | 第74-75页 |
| 4.2.5 AS分析 | 第75-76页 |
| 4.2.6 SNP分析 | 第76页 |
| 4.2.7 qRT-PCR验证结果 | 第76-77页 |
| 4.2.8 Western blotting分析差异表达基因在蛋白水平的表达特征 | 第77-78页 |
| 4.3 讨论 | 第78-82页 |
| 4.3.1 测序reads质量 | 第78页 |
| 4.3.2 差异基因的分析 | 第78-79页 |
| 4.3.3 GO、KEGG功能富集分析 | 第79-80页 |
| 4.3.4 AS分析 | 第80-81页 |
| 4.3.5 SNP分析 | 第81-82页 |
| 4.4 小结 | 第82-83页 |
| 第五章 绵羊不同大小睾丸小RNA测序及相关miRNA的验证 | 第83-107页 |
| 5.1 材料与方法 | 第83-87页 |
| 5.1.1 试验动物及设计 | 第83页 |
| 5.1.2 试剂和仪器 | 第83-84页 |
| 5.1.3 试验方法 | 第84-87页 |
| 5.2 试验结果和分析 | 第87-103页 |
| 5.2.1 测序reads的分析 | 第87-88页 |
| 5.2.2 测序reads在参考基因组分布 | 第88-89页 |
| 5.2.3 miRNA序列特征分析 | 第89-91页 |
| 5.2.4 piRNA序列特征分析 | 第91-93页 |
| 5.2.5 small RNA相关性分析 | 第93页 |
| 5.2.6 DE miRNA获取 | 第93-96页 |
| 5.2.7 DE piRNA获取 | 第96-99页 |
| 5.2.8 DE miRNA靶基因预测及靶基因注释 | 第99-101页 |
| 5.2.9 piRNA靶基因预测及靶基因注释 | 第101页 |
| 5.2.10 DE miRNAGO富集分析 | 第101-102页 |
| 5.2.11 DE piRNAGO富集分析 | 第102页 |
| 5.2.12 qRT-PCR检测DE miRNA | 第102-103页 |
| 5.3 讨论 | 第103-106页 |
| 5.3.1 测序reads序列特征分析 | 第103-104页 |
| 5.3.2 DE miRNA、piRNA分析 | 第104-105页 |
| 5.3.3 DE miRNA、piRNA靶基因功能分析 | 第105-106页 |
| 5.4 小结 | 第106-107页 |
| 第六章 绵羊不同大小睾丸mRNA-miRNA-piRNA联合分析 | 第107-122页 |
| 6.1 材料与方法 | 第107-108页 |
| 6.1.1 试验设计 | 第107页 |
| 6.1.2 试验方法 | 第107-108页 |
| 6.2 试验结果和分析 | 第108-119页 |
| 6.2.1 TDETGs的获取 | 第108-116页 |
| 6.2.2 mRNA-miRNA调控网络的构建 | 第116页 |
| 6.2.3 miRNA-mRNA-piRNA调控关系构建 | 第116-119页 |
| 6.3 讨论 | 第119-121页 |
| 6.4 小结 | 第121-122页 |
| 第七章 湖羊睾丸大小性状GWAS研究 | 第122-135页 |
| 7.1 材料与方法 | 第122-123页 |
| 7.1.1 试验材料 | 第122页 |
| 7.1.2 基因组DNA提取及检测 | 第122页 |
| 7.1.3 基因组重测序 | 第122页 |
| 7.1.4 测序数据统计及指控 | 第122-123页 |
| 7.1.5 比对参考基因组 | 第123页 |
| 7.1.6 变异检测与注释 | 第123页 |
| 7.1.7 GWAS分析 | 第123页 |
| 7.2 结果与分析 | 第123-133页 |
| 7.2.1 重测序测序结果 | 第123-124页 |
| 7.2.2 SNPs检测及注释结果 | 第124页 |
| 7.2.3 GWAS分析结果 | 第124-133页 |
| 7.3 讨论 | 第133-134页 |
| 7.4 小结 | 第134-135页 |
| 第八章 全文结论 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-152页 |
| 附录Ⅰ 文中相关的表格 | 第152-188页 |
| 附录Ⅱ 文中相关的图片 | 第188-198页 |
| 在读期间的研究成果 | 第198-199页 |
| 致谢 | 第199页 |
