| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| 1.1 葡萄溃疡病及其病原菌研究进展 | 第11-18页 |
| 1.1.1 葡萄溃疡病的发生与危害 | 第11-13页 |
| 1.1.2 引起葡萄溃疡病的病原菌种类 | 第13-15页 |
| 1.1.3 葡萄溃疡病菌的侵染与流行 | 第15-16页 |
| 1.1.4 葡萄溃疡病的防控技术 | 第16-18页 |
| 1.2 基因组测序技术在植物病原菌致病机制中的研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.1 基因组测序技术 | 第18页 |
| 1.2.2 植物病原真菌基因组学研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2.3 RNA-seq技术简介 | 第19-20页 |
| 1.2.4 RNA-seq技术在葡萄—病原真菌互作中的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.3 植物与病原微生物的相互作用 | 第21-25页 |
| 1.3.1 植物先天免疫研究进展 | 第21-24页 |
| 1.3.2 植物代谢产物在植物免疫中的作用 | 第24页 |
| 1.3.3 LysM类效应蛋白在真菌致病过程中的作用研究进展 | 第24-25页 |
| 1.4 本研究的研究内容与意义 | 第25-27页 |
| 第二章 葡萄溃疡病菌对葡萄的侵染适应性 | 第27-57页 |
| 2.1 实验材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 植物材料与葡萄溃疡病菌 | 第28页 |
| 2.1.2 试剂 | 第28页 |
| 2.1.3 主要培养基 | 第28页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第28-29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-34页 |
| 2.2.1 DNA提取方法 | 第29页 |
| 2.2.2 基因组测序与组装 | 第29-30页 |
| 2.2.3 转录组测序与分析 | 第30页 |
| 2.2.4 重复序列分析 | 第30页 |
| 2.2.5 蛋白编码基因的注释 | 第30-31页 |
| 2.2.6 预测基因的功能注释 | 第31页 |
| 2.2.7 比较基因组学分析 | 第31-32页 |
| 2.2.8 分化时间计算 | 第32页 |
| 2.2.9 预测效应蛋白的功能研究 | 第32-34页 |
| 2.3 结果与分析 | 第34-54页 |
| 2.3.1 基因组测序、组装和注释 | 第34-39页 |
| 2.3.2 重复序列分析 | 第39-40页 |
| 2.3.3 比较基因组学和进化 | 第40-44页 |
| 2.3.4 基因家族的扩张和收缩 | 第44-46页 |
| 2.3.5 次生代谢相关基因分析 | 第46-47页 |
| 2.3.6 侵染过程中植物与病原菌的相互作用分析 | 第47-48页 |
| 2.3.7 膜转运蛋白的扩张和表达分析 | 第48-50页 |
| 2.3.8 L.theobromae的分泌蛋白分析 | 第50-51页 |
| 2.3.9 效应蛋白的预测及其在抑制HR反应中的作用 | 第51-52页 |
| 2.3.10 基于基因组和转录组数据分析L.theobromae对植物的潜在适应性 | 第52-54页 |
| 2.4 讨论 | 第54-57页 |
| 第三章 葡萄响应葡萄溃疡病菌侵染早期的转录组分析 | 第57-77页 |
| 3.1 实验材料 | 第57-58页 |
| 3.1.1 植物材料与葡萄溃疡病菌 | 第57-58页 |
| 3.1.2 试剂 | 第58页 |
| 3.1.3 主要培养基 | 第58页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第58页 |
| 3.2 实验方法 | 第58-63页 |
| 3.2.1 葡萄溃疡病菌侵染早期的葡萄-葡萄溃疡病菌互作样品采集 | 第58页 |
| 3.2.2 葡萄-葡萄溃疡病菌互作组织RNA提取方法 | 第58-59页 |
| 3.2.3 RNA样品检测 | 第59页 |
| 3.2.4 文库构建与质检 | 第59页 |
| 3.2.5 测序方法 | 第59-60页 |
| 3.2.6 生物信息学分析流程 | 第60页 |
| 3.2.7 参考序列比对分析 | 第60页 |
| 3.2.8 基因表达水平分析 | 第60页 |
| 3.2.9 RNA-seq整理质量评估 | 第60页 |
| 3.2.10 差异表达分析 | 第60-61页 |
| 3.2.11 差异基因GO富集分析 | 第61页 |
| 3.2.12 KEGG pathway富集分析 | 第61页 |
| 3.2.13 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第61-63页 |
| 3.3 结果与分析 | 第63-74页 |
| 3.3.1 葡萄溃疡病菌侵染葡萄的早期症状 | 第63-64页 |
| 3.3.2 转录组测序RNA样品的检测 | 第64页 |
| 3.3.3 转录组测序数据统计 | 第64-66页 |
| 3.3.4 差异表达基因的筛选 | 第66-68页 |
| 3.3.5 DEGs的GO和KEGG富集分析 | 第68页 |
| 3.3.6 植物与病原菌互作通路中的DEGs | 第68-69页 |
| 3.3.7 植物激素信号转导通路中的DEGs | 第69-70页 |
| 3.3.8 苯丙烷类代谢通路中的DEGs | 第70-71页 |
| 3.3.9 葡萄响应葡萄溃疡病菌侵染特有DEGs | 第71-72页 |
| 3.3.10 实时荧光定量PCR验证 | 第72-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-77页 |
| 第四章 葡萄溃疡病菌遗传转化体系的优化 | 第77-87页 |
| 4.1 实验材料 | 第77-79页 |
| 4.1.1 菌株和质粒 | 第77-78页 |
| 4.1.2 试剂 | 第78页 |
| 4.1.3 主要培养基和溶液 | 第78-79页 |
| 4.1.4 主要仪器 | 第79页 |
| 4.2 试验方法 | 第79-81页 |
| 4.2.1 原生质体的制备 | 第79-80页 |
| 4.2.2 原生质体再生 | 第80页 |
| 4.2.3 葡萄溃疡病菌对潮霉素的敏感性测定 | 第80页 |
| 4.2.4 遗传转化载体的制备 | 第80-81页 |
| 4.2.5 原生质体转化 | 第81页 |
| 4.2.6 转化子筛选 | 第81页 |
| 4.2.7 转化子的PCR验证 | 第81页 |
| 4.2.8 转化子稳定性分析 | 第81页 |
| 4.3 结果与分析 | 第81-86页 |
| 4.3.1 原生质体的制备 | 第81-83页 |
| 4.3.2 原生质体的再生 | 第83-84页 |
| 4.3.3 葡萄溃疡病菌对潮霉素的敏感性测定 | 第84页 |
| 4.3.4 阳性转化子的确认 | 第84-85页 |
| 4.3.5 转化子的稳定性分析 | 第85-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86-87页 |
| 第五章 葡萄溃疡病菌效应因子LysM1的功能分析 | 第87-101页 |
| 5.1 实验材料 | 第88-90页 |
| 5.1.1 植物与菌株材料 | 第88页 |
| 5.1.2 主要实验试剂 | 第88页 |
| 5.1.3 质粒载体 | 第88页 |
| 5.1.4 主要培养基和溶液及其配置方法 | 第88-89页 |
| 5.1.5 主要仪器 | 第89-90页 |
| 5.2 实验方法 | 第90-95页 |
| 5.2.1 RNA提取方法(Trizol) | 第90页 |
| 5.2.2 PCR产物或DNA片段的回收与纯化 | 第90-91页 |
| 5.2.3 序列分析方法 | 第91页 |
| 5.2.4 pSUC2T7M130RI重组质粒的构建 | 第91页 |
| 5.2.5 重组质粒的构建-infusion法 | 第91-92页 |
| 5.2.6 超表达载体的构建 | 第92页 |
| 5.2.7 YTK12酵母感受态的制备及重组质粒的转化 | 第92-93页 |
| 5.2.8 阳性酵母转化子的筛选 | 第93页 |
| 5.2.9 烟草转基因 | 第93-95页 |
| 5.2.10 烟草DNA提取方法 | 第95页 |
| 5.3 结果和分析 | 第95-99页 |
| 5.3.1 LtLysM1的克隆和序列分析 | 第95-97页 |
| 5.3.2 LtLysM1信号肽功能验证 | 第97-98页 |
| 5.3.3 LtLysM1能够轻微抑制B.glumae在烟草上引起的HR反应 | 第98页 |
| 5.3.4 LtLysM1在L.theobromae致病过程中的功能分析 | 第98-99页 |
| 5.4 讨论 | 第99-101页 |
| 第六章 结论 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 作者简历 | 第121页 |
