| 摘要 | 第7-9页 |
| 第一篇 基于DNA条形码的不同产地连翘及其混伪品鉴定 | 第9-28页 |
| 1 前言 | 第9-15页 |
| 1.1 连翘概述 | 第9-10页 |
| 1.1.1 连翘产地分布 | 第9页 |
| 1.1.2 连翘药理作用 | 第9-10页 |
| 1.2 连翘混伪品概述 | 第10页 |
| 1.3 DNA条形码技术 | 第10-14页 |
| 1.3.1 DNA条形码标准及优势 | 第10-11页 |
| 1.3.2 DNA条形码应用现状及发展前景 | 第11-12页 |
| 1.3.3 植物DNA条形码候选基因研究 | 第12-14页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第14-15页 |
| 2 材料与方法 | 第15-18页 |
| 2.1 试验材料与试剂 | 第15-16页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第15-16页 |
| 2.1.2 试剂 | 第16页 |
| 2.2 试验方法 | 第16-18页 |
| 2.2.1 连翘及混伪品总DNA提取 | 第16页 |
| 2.2.2 总DNA纯度浓度及电泳检测 | 第16页 |
| 2.2.3 DNA条形码PCR扩增 | 第16-17页 |
| 2.2.3.1 PCR扩增体系 | 第16页 |
| 2.2.3.2 PCR引物选择 | 第16-17页 |
| 2.2.4 序列及变异位点分析 | 第17页 |
| 2.2.5 系统进化树构建 | 第17-18页 |
| 3 结果与分析 | 第18-24页 |
| 3.1 连翘及其混伪品总DNA提取结果 | 第18页 |
| 3.2 PCR扩增电泳检测结果 | 第18-19页 |
| 3.3 测序质量评估结果及序列特点分析 | 第19-21页 |
| 3.4 序列变异位点分析 | 第21-23页 |
| 3.4.1 ITS2条形码 | 第22页 |
| 3.4.2 psb-trnH条形码 | 第22页 |
| 3.4.3 matK条形码 | 第22页 |
| 3.4.4 ycf5条形码 | 第22页 |
| 3.4.5 rbcL条形码 | 第22-23页 |
| 3.5 系统进化分析 | 第23-24页 |
| 4 讨论 | 第24-27页 |
| 4.1 候选条形码片段分析 | 第24-25页 |
| 4.1.1 ITS2片段分析 | 第24页 |
| 4.1.2 psb-trnH片段分析 | 第24-25页 |
| 4.1.3 matK片段分析 | 第25页 |
| 4.1.4 ycf5片段分析 | 第25页 |
| 4.1.5 rbcL片段分析 | 第25页 |
| 4.2 基于5种条形码构建系统进化树分析 | 第25-27页 |
| 5 小结 | 第27-28页 |
| 第二篇 连翘叶绿体基因组的鉴定研究 | 第28-50页 |
| 1 前言 | 第28-32页 |
| 1.1 叶绿体基因组研究 | 第28-29页 |
| 1.1.1 叶绿体基因组基本结构特点 | 第28页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组研究进展 | 第28-29页 |
| 1.1.3 叶绿体基因组应用 | 第29页 |
| 1.2 DNA测序技术概述 | 第29-30页 |
| 1.2.1 第一代DNA测序技术 | 第29-30页 |
| 1.2.2 第二代DNA测序技术 | 第30页 |
| 1.2.3 第三代DNA测序技术 | 第30页 |
| 1.3 叶绿体基因组测序方法发展 | 第30-31页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第31-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-37页 |
| 2.1 试验材料与试剂 | 第32页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第32页 |
| 2.1.2 试剂 | 第32页 |
| 2.2 试验方法 | 第32-37页 |
| 2.2.1 叶绿体DNA提取 | 第32-34页 |
| 2.2.1.1 蔗糖密度梯度离心法 | 第32-33页 |
| 2.2.1.2 高盐-低pH法 | 第33页 |
| 2.2.1.3 改良高盐-低pH法 | 第33页 |
| 2.2.1.4 DNase Ⅰ法 | 第33-34页 |
| 2.2.2 叶绿体镜检观察及DNA质量比较 | 第34页 |
| 2.2.3 叶绿体DNA PCR扩增 | 第34页 |
| 2.2.4 叶绿体基因组测序及结构分析 | 第34-35页 |
| 2.2.4.1 叶绿体基因组测序及拼接 | 第34-35页 |
| 2.2.4.2 连翘叶绿体基因组注释 | 第35页 |
| 2.2.4.3 重复序列结构分析 | 第35页 |
| 2.2.5 比较基因组学分析 | 第35-37页 |
| 2.2.5.1 唇形目植物叶绿体基因组及IR边区比较 | 第35页 |
| 2.2.5.2 系统进化分析 | 第35-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-47页 |
| 3.1 叶绿体镜检观察结果 | 第37页 |
| 3.2 叶绿体DNA提取结果 | 第37-39页 |
| 3.3 连翘叶绿体基因组测序及数据分析结果 | 第39-43页 |
| 3.3.1 基因组组装结果 | 第39页 |
| 3.3.2 连翘叶绿体基因组结构与大小 | 第39-41页 |
| 3.3.3 连翘叶绿体基因组基因种类与功能 | 第41-43页 |
| 3.3.4 SSR分析 | 第43页 |
| 3.4 比较基因组学分析结果 | 第43-47页 |
| 3.4.1 唇形目叶绿体基因组特征比较 | 第43-44页 |
| 3.4.2 唇形目叶绿体基因组IR边区比较 | 第44-45页 |
| 3.4.3 系统进化树分析 | 第45-47页 |
| 4 讨论 | 第47-49页 |
| 4.1 连翘叶绿体DNA的提取与分离 | 第47页 |
| 4.2 连翘叶绿体基因组序列组装及结构分析 | 第47-48页 |
| 4.3 连翘叶绿体基因组IR区收缩与扩展分析 | 第48-49页 |
| 5 小结 | 第49-50页 |
| 全文结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| Abstract | 第55-56页 |
| 致谢 | 第57页 |