| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第8-12页 |
| 第一章 综述 | 第12-29页 |
| 引言 | 第12页 |
| 1.1 测序技术的发展及其应用 | 第12-21页 |
| 1.1.1 第一代测序技术的简介 | 第13-14页 |
| 1.1.2 第二代测序技术及其应用 | 第14-16页 |
| 1.1.3 第二代测序技术简介 | 第16-17页 |
| 1.1.4 基于高通量测序技术的基因组组装 | 第17-19页 |
| 1.1.5 高通量测序带来的生物学大数据处理困难 | 第19-21页 |
| 1.2 基于基因组的群体历史推断与选择分析 | 第21-24页 |
| 1.3 利用基因组学方法研究驯化的进展 | 第24-26页 |
| 1.4 利用基因组学方法研究物种形成的过程 | 第26-27页 |
| 1.5 鸭基因组序列构建和家鸭起源与驯化的研究 | 第27-29页 |
| 第二章 实验材料及分析方法 | 第29-47页 |
| 2.1 实验仪器设备 | 第29页 |
| 2.2 实验试剂与溶液配制 | 第29-30页 |
| 2.2.1 常用缓冲液 | 第29-30页 |
| 2.2.2 质粒提取相关试剂 | 第30页 |
| 2.2.3 细胞培养试剂 | 第30页 |
| 2.3 用于基因组组装的样品提取与建库测序 | 第30-33页 |
| 2.4 用于重测序分析的样品的选取与基因组提取 | 第33-35页 |
| 2.5 基因组组装与功能注释的方法 | 第35-36页 |
| 2.6 遗传变异的鉴定方法 | 第36页 |
| 2.7 群体结构分析方法及原理 | 第36-37页 |
| 2.8 群体历史推断方法及原理 | 第37-39页 |
| 2.8.1 使用(?)a(?)i重构家鸭与野鸭分化的群体历史 | 第37-38页 |
| 2.8.2 使用psmc重构家鸭与野鸭的群体历史 | 第38-39页 |
| 2.9 探测基因组受选择区域的方法 | 第39-42页 |
| 2.9.1 分化早期选择信号的探测方法 | 第39-41页 |
| 2.9.2 驯化过程中受选择区域的探测方法 | 第41-42页 |
| 2.9.3 详细展示受选择区域的情况 | 第42页 |
| 2.10 验证受选择变异位点活性的方法 | 第42-47页 |
| 2.10.1 验证位点的选取 | 第42-43页 |
| 2.10.2 PCR扩增 | 第43页 |
| 2.10.3 PCR扩增产物和酶切片段的回收 | 第43-44页 |
| 2.10.4 连接反应 | 第44页 |
| 2.10.5 转化 | 第44页 |
| 2.10.6 菌落PCR鉴定 | 第44-45页 |
| 2.10.7 去内毒素质粒DNA提取 | 第45页 |
| 2.10.8 细胞复苏、传代培养及冻存 | 第45-46页 |
| 2.10.9 细胞转染 | 第46页 |
| 2.10.10 荧光素酶活性检测 | 第46-47页 |
| 第三章 分析结果 | 第47-85页 |
| 3.1 绿头野鸭和斑嘴野鸭基因组测序、组装与注释 | 第47-54页 |
| 3.1.1 数据过滤和基因组大小估计 | 第47-48页 |
| 3.1.2 绿头野鸭和斑嘴野鸭基因组的组装及supperscaffold构建 | 第48-49页 |
| 3.1.3 利用EST和BAC对基因组组装进行评估 | 第49-52页 |
| 3.1.4 重复序列,基因结构和基因功能注释与比较基因组学分析 | 第52-54页 |
| 3.2 鸭种群的群体多样性和群体结构分析 | 第54-57页 |
| 3.3 家鸭起源分析 | 第57-64页 |
| 3.4 野鸭祖先群体当中受到的自然选择 | 第64-71页 |
| 3.5 绿头野鸭和斑嘴野鸭的种化分析 | 第71-75页 |
| 3.6 家鸭驯化过程中遗传改变的鉴定 | 第75-84页 |
| 3.7 受选择致因变异的功能验证 | 第84-85页 |
| 第四章 自动化分析流程的设计与实践 | 第85-89页 |
| 第五章 结论、讨论与展望 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 附录 | 第97-125页 |
| 个人简历 | 第125页 |
