| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 苏云金芽胞杆菌H-血清型与鞭毛编码基因关系的研究 | 第13-49页 |
| 1 前言 | 第13-26页 |
| 1.1 血清型分型的介绍 | 第13-16页 |
| 1.1.1 血清型的定义和原理 | 第13页 |
| 1.1.2 细菌中的O-抗原 | 第13-14页 |
| 1.1.3 细菌中的H-抗原 | 第14-15页 |
| 1.1.4 细菌中的其它抗原 | 第15页 |
| 1.1.5 细菌中血清型的应用 | 第15-16页 |
| 1.2 苏云金芽胞杆菌简介及分类现状 | 第16-21页 |
| 1.2.1 苏云金芽胞杆菌简介 | 第16-17页 |
| 1.2.2 苏云金芽胞杆菌的Cry分类和鉴定 | 第17页 |
| 1.2.3 苏云金芽胞杆菌的H-血清型分类和鉴定 | 第17-18页 |
| 1.2.4 苏云金芽胞杆菌的分子生物学的分类和鉴定 | 第18页 |
| 1.2.5 H-血清型分型的研究进展 | 第18-21页 |
| 1.3 鞭毛 | 第21-24页 |
| 1.3.1 鞭毛的结构 | 第21-22页 |
| 1.3.2 组成鞭毛各结构的蛋白 | 第22页 |
| 1.3.3 鞭毛的装配 | 第22-23页 |
| 1.3.4 革兰氏阳性细菌鞭毛的合成和组装 | 第23-24页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第24-26页 |
| 1.4.1 研究Bt H-血清型的依据 | 第24-25页 |
| 1.4.2 研究Bt H-血清型分型目的和意义 | 第25-26页 |
| 2 材料和方法 | 第26-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第26-27页 |
| 2.1.1 菌株 | 第26页 |
| 2.1.2 试剂,培养基和仪器 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 鞭毛合成基因簇数据收集 | 第27页 |
| 2.2.2 序列比对提取及系统发育树构建 | 第27-28页 |
| 2.2.3 基因簇作图和比较 | 第28页 |
| 2.2.4 鞭毛蛋白提取 | 第28-30页 |
| 3 结果 | 第30-47页 |
| 3.1 鞭毛合成基因簇ORF结构和hag拷贝数与H-血清型 | 第30-34页 |
| 3.1.1 Bt鞭毛合成基因簇ORF分布的差异与H-血清型无关 | 第30-33页 |
| 3.1.2 hag拷贝数与Bt鞭毛血清型无对应关系 | 第33-34页 |
| 3.2 鞭毛合成簇序列的差异性分析 | 第34-36页 |
| 3.3 鞭毛合成基因簇中结构基因与鞭毛血清型在不同程度上相关 | 第36-45页 |
| 3.3.1 hag不同拷贝之间根据相似性可分为hag1和hag2两种 | 第37-38页 |
| 3.3.2 编码鞭毛胞外结构蛋白的基因对Bt H-血清型分型的贡献 | 第38-39页 |
| 3.3.3 hag2和fliD基因编码的蛋白序列的分析 | 第39-43页 |
| 3.3.4 hag2和fliD编码的蛋白构建的ML系统发育树的比较 | 第43-45页 |
| 3.4 蛋白质谱分析表达水平上的差异 | 第45-47页 |
| 4 总结与讨论 | 第47-49页 |
| 4.1 总结 | 第47-48页 |
| 4.2 鞭毛合成中的调控、装配和修饰是否影响血清型值得研究 | 第48-49页 |
| 第二章 肠道微生物群Bacteroides和Prevotella核心基因组的功能比较分析 | 第49-71页 |
| 1 前言 | 第49-53页 |
| 1.1 肠道微生物群 | 第49-50页 |
| 1.1.1 肠道微生物群简介 | 第49页 |
| 1.1.2 肠道微生物的作用和调节 | 第49-50页 |
| 1.2 肠道菌群的研究 | 第50-51页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第51-53页 |
| 2 材料和方法 | 第53-55页 |
| 2.1 数据收集 | 第53页 |
| 2.2 蛋白聚类分析 | 第53页 |
| 2.3 开放性分析和系统发育树分析 | 第53-54页 |
| 2.4 COG分析 | 第54页 |
| 2.5 代谢酶注释分析 | 第54-55页 |
| 3 结果和分析 | 第55-69页 |
| 3.1 核心基因比较分析 | 第55-60页 |
| 3.1.1 Bacteroides和Prevotella属的菌株基因组大小差异显著 | 第55页 |
| 3.1.2 Prevotella属的基因组是开放的而Bacteroides属可能是闭合的 | 第55-56页 |
| 3.1.3 Prevotella属的菌株有寄生位点的特异性 | 第56-58页 |
| 3.1.4 Bacteroides属的菌株有普遍的适应胃肠道环境的能力 | 第58-60页 |
| 3.2 Core基因组功能聚类分析 | 第60-61页 |
| 3.3 Core基因组中碳代谢酶的注释分析 | 第61-64页 |
| 3.3.1 Core基因组中糖基水解酶和糖基转移酶差异显著 | 第61-62页 |
| 3.3.2 Core基因组中糖基水解酶的比较分析 | 第62页 |
| 3.3.3 Core基因组中碳水化合物酯酶的比较分析 | 第62-63页 |
| 3.3.4 Core基因组中糖基转移酶和糖结合域的比较分析 | 第63-64页 |
| 3.4 Core基因组蛋白酶数据库注释分析 | 第64-67页 |
| 3.4.1 Core基因组的氮代谢酶中,丝氨酸蛋白酶差异显著 | 第65-66页 |
| 3.4.2 金属蛋白酶在core基因中的比较 | 第66页 |
| 3.4.3 丝氨酸蛋白酶在core基因中的比较 | 第66-67页 |
| 3.5 core基因组中Bacteroides和Prevotella代谢酶的比较 | 第67-69页 |
| 4 总结与讨论 | 第69-71页 |
| 4.1 总结 | 第69-70页 |
| 4.2 展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-79页 |
| 附录 | 第79-94页 |
| 附表S1 本论文第一章中用于分析的130株Bt菌株信息 | 第79-83页 |
| 附图S1 基于flgE用极大似然法构建的系统发育树 | 第83-84页 |
| 附图S2 基于flgK用极大似然法构建的系统发育树 | 第84-85页 |
| 附图S3 基于flgL用极大似然法构建的系统发育树 | 第85-86页 |
| 附图S4 基于hag1用极大似然法构建的系统发育树 | 第86-87页 |
| 附图S5 基于flgD用极大似然法构建的系统发育树 | 第87-88页 |
| 附图S6 基于flgG用极大似然法构建的系统发育树 | 第88-89页 |
| 附表S2 第二章中用于分析的Bacteroides属的菌株信息 | 第89-91页 |
| 附表S3 第二章中用于分析的Prevotella属的菌株信息 | 第91-94页 |
| 致谢 | 第94页 |
