细菌转录调控网络的空间结构组织特征
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略语表(Abbreviations) | 第8-9页 |
| 1.前言 | 第9-19页 |
| 1.1 转录调控网络 | 第9-11页 |
| 1.2 转录因子的运动方式及模型 | 第11-13页 |
| 1.3 细菌三维基因组 | 第13-17页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第17-19页 |
| 2.数据和方法 | 第19-27页 |
| 2.1 三维基因组数据分析 | 第19-22页 |
| 2.1.1 数据的来源和处理 | 第19-20页 |
| 2.1.2 交互矩阵的归一化和可视化 | 第20-21页 |
| 2.1.3 重建染色体三维空间结构 | 第21-22页 |
| 2.2 转录调控网络分析 | 第22-25页 |
| 2.2.1 构建转录调控网络 | 第22-23页 |
| 2.2.2 寻找网络关键节点 | 第23页 |
| 2.2.3 划分网络层级 | 第23-24页 |
| 2.2.4 寻找网络模体 | 第24-25页 |
| 2.3 整合转录调控网络和三维基因组数据 | 第25-26页 |
| 2.4 工具软件 | 第26-27页 |
| 3.结果与分析 | 第27-37页 |
| 3.1 转录调控网络正负调控方式 | 第27-30页 |
| 3.2 转录调控网络的关键节点 | 第30-32页 |
| 3.3 转录调控网络的层级结构 | 第32-34页 |
| 3.4 转录调控网络中的模体 | 第34-37页 |
| 4.讨论 | 第37-43页 |
| 4.1 交互矩阵还是结构模型？ | 第37-38页 |
| 4.2 转录调控网络基因组一维排布规律 | 第38-39页 |
| 4.3 转录调控网络的重连 | 第39-40页 |
| 4.4 转录调控网络的动力学验证 | 第40页 |
| 4.5 原核三维基因组实验技术 | 第40-41页 |
| 4.6 总结 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-51页 |
| 附录 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
