| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-35页 |
| 1. 马铃薯病毒概述 | 第13-21页 |
| 1.1 马铃薯Y病毒(PVY)简介 | 第13-14页 |
| 1.2 PVY粒体特征 | 第14-15页 |
| 1.3 PVY基因组结构及蛋白功能 | 第15-17页 |
| 1.4 PVY的株系分化及基因组结构特征 | 第17-19页 |
| 1.5 PVY的检测及株系鉴定 | 第19-21页 |
| 2. 马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的群体遗传学研究进展 | 第21-27页 |
| 2.1 群体遗传结构研究 | 第21-24页 |
| 2.1.1 遗传多样性 | 第22页 |
| 2.1.2 群体遗传分化 | 第22-23页 |
| 2.1.3 群体历史事件的推断 | 第23-24页 |
| 2.2 Potyvirus病毒进化的遗传机制研究 | 第24-27页 |
| 2.2.1 突变 | 第24页 |
| 2.2.2 重组 | 第24-25页 |
| 2.2.3 自然选择 | 第25-26页 |
| 2.2.4 基因流 | 第26-27页 |
| 2.3 国内群体Potyvirus群体遗传学的研究存在的问题 | 第27页 |
| 3. 分子系统发育 | 第27-30页 |
| 3.1 重建系统发育关系的方法 | 第27-28页 |
| 3.1.1 邻接法(NJ) | 第27-28页 |
| 3.1.2 最大简约法(MP) | 第28页 |
| 3.1.3 最大似然法(ML) | 第28页 |
| 3.1.4 贝叶斯法(BI) | 第28页 |
| 3.2 进化模型 | 第28-30页 |
| 3.3 PVY的系统发育研究概况 | 第30页 |
| 4. 本研究的意义和研究内容 | 第30-35页 |
| 4.1 研究意义 | 第30-32页 |
| 4.2 研究内容 | 第32-35页 |
| 第二章 中国马铃薯Y病毒的遗传多样性及遗传机制 | 第35-71页 |
| 第一节 中国马铃薯Y病毒的遗传多样性 | 第35-55页 |
| 1. 引言 | 第35-36页 |
| 2. 材料与方法 | 第36-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第36-38页 |
| 2.1.1 毒源采集 | 第36页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第36-37页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第37页 |
| 2.1.4 克隆载体 | 第37-38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-43页 |
| 2.2.1 ELISA检测 | 第38页 |
| 2.2.2 目的基因克隆 | 第38-42页 |
| 2.2.3 目的基因序列测定 | 第42页 |
| 2.2.4 序列的比对和校正 | 第42页 |
| 2.2.5 PVY群体的遗传多样性及群体分化 | 第42-43页 |
| 3. 结果与分析 | 第43-51页 |
| 3.1 PVY样品检测 | 第43-44页 |
| 3.2 PVY遗传多样性及群体分化 | 第44-50页 |
| 3.2.1 PVY群体的遗传多样性 | 第44-46页 |
| 3.2.2 群体遗传分化 | 第46-50页 |
| 3.3 错配分布与中性检验 | 第50-51页 |
| 4. 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 马铃薯Y病毒的检测 | 第51-52页 |
| 4.2 我国PVY群体的遗传变异特点 | 第52-55页 |
| 第二节 马铃薯Y病毒进化的遗传机制 | 第55-71页 |
| 1. 引言 | 第55-56页 |
| 2. 材料与方法 | 第56-59页 |
| 2.1 实验材料 | 第56页 |
| 2.2 实验方法 | 第56-59页 |
| 2.2.1 变异分析 | 第56页 |
| 2.2.2 基因重组分析 | 第56页 |
| 2.2.3 自然选择 | 第56-58页 |
| 2.2.4 基因流 | 第58-59页 |
| 3. 结果与分析 | 第59-67页 |
| 3.1 变异分析 | 第59-61页 |
| 3.2 基因重组 | 第61-63页 |
| 3.3 选择压力分析 | 第63-65页 |
| 3.3.1 选择压力位点检测 | 第63-64页 |
| 3.3.2 寄主和地区适应性检验 | 第64-65页 |
| 3.4 基因流 | 第65-67页 |
| 4. 讨论 | 第67-71页 |
| 4.1 突变与PVY遗传多样性 | 第67-68页 |
| 4.2 基因重组与PVY遗传多样性 | 第68页 |
| 4.3 自然选择与PVY遗传多样性 | 第68-69页 |
| 4.4 基因流与PVY遗传多样性 | 第69-71页 |
| 第三章 马铃薯Y病毒的分子进化及其应用 | 第71-99页 |
| 第一节 PVY pipo基因的分子特征及系统发育分析 | 第71-83页 |
| 1. 引言 | 第71-72页 |
| 2. 材料与方法 | 第72-75页 |
| 2.1 毒源采集及检测 | 第72页 |
| 2.2 RNA提取及pipo基因克隆 | 第72页 |
| 2.3 pipo基因的核苷酸序列分析 | 第72-73页 |
| 2.4 PIPO蛋白的结构特征分析 | 第73页 |
| 2.5 系统发育分析 | 第73-75页 |
| 3. 结果与分析 | 第75-80页 |
| 3.1 pipo基因扩增与序列分析 | 第75-77页 |
| 3.2 PIPO蛋白质分析 | 第77-79页 |
| 3.3 系统发育分析 | 第79-80页 |
| 4. 讨论 | 第80-83页 |
| 4.1 pipo基因的分子变异与分子进化 | 第80-81页 |
| 4.2 PIPO蛋白的结构与功能 | 第81-82页 |
| 4.3 Potyvirus的系统发育分析 | 第82-83页 |
| 第二节 PVY的多基因联合系统发育分析及其应用 | 第83-99页 |
| 1. 引言 | 第83-84页 |
| 2. 材料与方法 | 第84-87页 |
| 2.1 PVY参考分离物的选择 | 第84页 |
| 2.2 序列比对和数据集划分 | 第84页 |
| 2.3 不同数据集的BaTS分析 | 第84-86页 |
| 2.4 联合多基因系统发育分析的应用 | 第86-87页 |
| 3. 结果与分析 | 第87-97页 |
| 3.1 模型选择 | 第87页 |
| 3.2 联合不同基因系统发育及关联性分析 | 第87-96页 |
| 3.2.1 联合P1、HC-Pro和VPg基因分析 | 第87-88页 |
| 3.2.2 联合P1、HC-Pro和CP基因分析 | 第88-90页 |
| 3.2.3 联合P1、VPg和CP基因分析 | 第90-92页 |
| 3.2.4 联合HC-Pro、VPg和CP基因分析 | 第92-93页 |
| 3.2.5 联合P1、、HC-Pro、VPg和CP基因分析 | 第93-96页 |
| 3.3 联合多基因系统发育分析的应用及多重RT-PCR验证 | 第96-97页 |
| 4. 讨论 | 第97-99页 |
| 第四章 马铃薯Y病毒新重组分离物GF_YL20的全基因组序列分析 | 第99-109页 |
| 1. 引言 | 第99页 |
| 2. 材料与方法 | 第99-102页 |
| 2.1 材料 | 第99-100页 |
| 2.2 实验方法 | 第100-102页 |
| 3. 结果与分析 | 第102-108页 |
| 3.1 PVY GF_20分离物的全基因组序列特征 | 第102-105页 |
| 3.2 PVY GF_20分离物的重组特征 | 第105-106页 |
| 3.3 PVY GF_20分离物的系统发育关系 | 第106-108页 |
| 4. 讨论 | 第108-109页 |
| 第五章 全文总结与创新 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-119页 |
| 附表1 本研究所用的PVY中国分离物 | 第119-127页 |
| 附录2 本文中的术语及其缩写与中英文对照 | 第127-129页 |
| 附录3 本文所用到的生物学软件及在线工具 | 第129-131页 |
| 附录4 攻读博士期间文章发表情况 | 第131-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
